EmbeddedをOSとするPCベースとなった。USBを介した入力方式の影響から、一時期ボタン入力と画面表示・発音にわずかな遅延が生じるようになったことで、前作とは判定が明らかに違うことを体感したプレイヤーは多いだろう。アップデートによってこの判定はCOOL判定が甘めに調整された事で、高スコアを出せるようになったと感じる場合も。画面の描画数もハードウェア交換によって向上して、より繊細に表現が可能になった。その分、ファットポップ君やキャラクターポップを設定したときの大きさが描画数の影響から相対的に小さくなっているといった違いも生じている。従来の筐体からのコンバージョンの場合、画面比率を調整しないとプレイ画面下のクレジット数表示や、判定別カウント表示が見えないといったこともあり、非常にやりづらく感じることが多くなるだろう。以前よりも画面比率を意識しなければならなく、筐体ごとの相性が人によって分かれやすくなったといえる。ポップンミュージック11以来となる入力無反応バグが発生したことにより、上記の遅延の影響もあって稼動初期はストレスを感じた人も多いのでは。ネット対戦が登場した後は、その副作用からか空BADの発生する割合が極端に少なくなる現象が発生したことで、今までクリアできなかった譜面がクリアできるようになるという事態も発生していた。システム面で不安定な部分が多かった作品といえる。システム新筐体の登場により、画面の描画数が増加し、より細かい描写が可能になった。従来の筐体からのコンバージョンの場合、画面比率でおかしい場合もあるため、店舗で調整してもらう必要がある。調整しないと画面下の判定数表示が見えないといったことになる羽目に。ハイスピードのオプションが×1.5~6.0まで、0.5段階調整が可能になった。これにより合わせづらかった高BPM帯の一部が合わせやすくなり、オジャマとの組み合わせでさらに調整がしやすくなった。画面比率が変わった影響で、以前よりも体感速度が速く感じる場合もあるので、その点ではある程度の考慮が必要か。オジャマ背景はポップン14のものがベースだが描画数の向上に伴ってか、レーン全体よりも相対的に少し小さめになっている。微妙な仕様変更もあり、DANGER!の文字の色は固定され、外周の表示が少し内側になっていたのが等間隔になっており、内側に行くにつれて文字が潰れて見づらかったDANGER文字がくっきりと見えるようになった。ラピストリアでオジャマ背景がなくなるまでこの仕様だった。TO画面で、音声ボイスが出なくなった。撫子ロックが空前の大ヒットを引き起こし、さまざまなBEMANI機種への移植も行われている。Cawaii!とのコラボレーションによる楽曲が登場した。容量上の都合による削除以外で削除された楽曲が、初めて復活した初の作品となる。新曲リスト★印はAC版ポップンシリーズの現行稼動機種で削除曲となっている曲。有キャラクターリスト【C】マークはポップンミュージックカードでノーマルカード(派生版含める)になったことを示す。※版権曲関連の衣装のデータも扱っているが、ミミニャミのみミミ(版権)・ニャミ(版権)を参照。【C】MZD(*1)Bボーン先生(*2)ホーン(*3)シルビア(*4)フロウフロウ(*5)シャラ(*6)一部隠し要素のデータ解析を行った問題への警鐘を鳴らすwacのコラムがアルカディアに掲載されたことがある。