花粉を抗原とした一種のあれるぎー疾患で、花粉の飛び散る季節に一致して起こります。花粉症を引き起こす花粉としてはすぎ、ブタクサ、ヨモギなどが知られています。花粉症以外の抗原によって起こる結膜炎をアレルギー性結膜炎とする場合もありますが、起こる過程は同じです。植物の花粉により生体側に抗体(IgE)が出来ます。組織内の肥満細胞表面のIgE抗体にに抗原(花粉)が結合すると、肥満細胞から化学物質(ヒスタミン、SRS-Aなど)が分泌され、これにより目のかゆみ、異物感、充血、むくみ、流涙などが起こり目やにが出ます。鼻粘膜でも同様のことが起こり、くしゃみ、鼻汁分泌、鼻閉などが起こります。原因スギ、ヒノキ、アカマツ、カモガヤ、イネ、ヨモギ、ブタクサ、カナムグラなどが頻度の高いアレルゲンですが、その多くは花粉が風にのって運ばれる風媒花です。早春から春にはスギ、ついでにヒノキ、マツ、ブナ、などの樹木、初夏から夏にはいね、カモガヤなどのイネ科植物、夏から秋にはヨモギ、ブタクサなどのキク科植物、カナムグラが飛散して花粉症の原因となります。発症のしくみ花粉に対するIgE抗体による型アナフィラキシー型反応が、花粉にさらされる鼻粘膜、眼結膜で起こるために発症します。