より占拠されつつある地球を救うため、再び999に乗って旅に出る星野鉄郎の活躍を描く。地球に帰りついた星野鉄郎を待ちうけていたのは、機械化人間と、わずかに生き残った人間との血みどろの戦いだった。戦いに参加した鉄郎のもとに、メーテルから「スリーナインに乗りなさい」とのメッセージが届いた。コンピューター操作になった999に乗った鉄郎は機械の体をもつウエイトレスメタルメナに出会う。最初の停車駅ラーメタルという星に着いた。この星こそメーテルの生まれ故郷とメタルメナに教えられた鉄郎は999から降りたが、機械化兵に見つかってしまう...。