触媒として最適化された微生物群の種菌とすることを特徴とする、種菌の製造方法。水温が15~37°Cの条件。曝気、振盪、又は曝気及び振盪により好気的条件を維持する条件。1~14日あたり前記水1Lに対して乾燥重量換算で0.01~10gずつの以下(D)に記載の有機物が添加される条件。前記水中に生成される硝酸イオン濃度が10~50mg/Lに達した場合には、前記有機物の添加が停止される条件。選ばれた1以上の有機物。前記バイオフィルムは、以下(E-1)に記載の固体表面に形成されることを特徴とする、請求項3に記載の種菌の製造方法。