地球は次元ゲートの彼方より襲い来る無人機「アブダクター」の脅威にさらされていた。対するは、ネオディーヴァが運用する「アクエリア」。男女の合体が禁止されている神聖なる合体兵器のみであった・・・。かりそめの平穏な日常の中「アクエリアの舞う空」という映画を上映していた少年アマタは、ガランとした映画館の中で少女ミコノに出逢う。アマタはとっさにミコノをデートに誘う。その出逢いが運命的なものであるとは知らずに・・・。公式HPより有人型アブダクターの襲来から身を守るため、禁断の男女合体を成し「アクエリオンEVOL」を目覚めさせたアマタとミコノ。彼らはネオディーヴァがエレメントを養成するために運営している学園に連れてこられることとなる。ベルリン」という高い高い壁により、男女が隔てられている学園であった。禁断の力を目覚めさせたアマタとミコノは、その学園で一躍注目の的となっていた・・・。主人公アマタと、彼が運命的なモノを感じた少女・ミコノとの出会いそして本当に2人が運命の渦に巻き込まれていくところまで。地球が救われてから、1万2000年後の世界その頃の事はおとぎ話とされ、映画化されたモノ(「アクエリアの舞う空」)で伝えられるのみしかし、それもアマタのリクエストで流れているもののほとんど見る人もいないそんな中、ゴミの掃除をしていると映画が終わったにもかかわらず立ち上がらず涙を流している少女が。その少女に、アマタの記憶の中に出てくる少女と重ね合わせてしまい、思わず声をかけてしまう。思わぬ誘いにドキドキするアマタ彼には秘密があったドキドキすると身体が浮き上がるというエレメント能力があった。靴の中に重りを入れて周囲には悟られないようにして生きてきたのだ小さかった頃のアマタが目にした眩い光。運命を見送るしか出来なかったあの頃の自分。今は違う待ち合わせの場所へと行き、デートをするアマタ現在、堕天翅族ではなくアルテア界に侵略を受けているアブダクターが度々攻撃を仕掛けてきていたそのせいで、この街も人口が減っているようだそしてそれを守っているのがアクエリア聖天使学園(アクエリアに選ばれた者のみが入れる)の生徒が乗っている(男子部、女子部に完全に別れている)アクエリオンとの決定的な違いは、名前がアクエリオンからアクエリアに変わっている事。合体も、以前はいろんなパターンが可能だったのに対し、12000年後は男女の合体はご法度になっている。※グイゼ・ストーンというもので男女の合体が出来ないようにされている女子部がまるで修道院のようなのに対して、男子部はまるで軍隊のよう。自分なんかに出来っこないと言うアマタに自分もそうだと微笑むミコノそれを見て、また宙に浮かびそうになるアマタでも、なんかイイ雰囲気だが、突然のアブダクターの出現により、イイ雰囲気どころでは無くなってしまう。倒すため、出てきたアクエリアも数の多さに苦戦する。アクエリアが動けなくされてしまう。教官含めて仲の悪い女子と男子。そんな中でそれなりに協力して敵を倒すために必死に戦っているが、その戦いにアマタとミコノが巻き込まれてしまう。像の下敷きになってしまった2人。アクエリアに攻撃していたカグラが突然方向を変える。ターゲットはミコノそれに気付いたカイエンだったが、ミコノを呼ぶ声にカグラから止めを刺され合体が解除されてしまう。それを見たアマタはとうとう、自分の秘密を晒す決意をする。ミコノを守る為にーーーそれだけでなく、合体解除後アクエリアに強制排出させられたパイロット達アマタは靴に忍ばせていた重りを取り去る。