前シーズンから主任になったD・B・ラッセルや、かつてシアトルの警察で彼のチームの一員だったジュリー・フィンレイらは、前シーズンの最終話で誘拐されたラッセルの孫娘を救出するべく、捜査を始めるところから今シーズンは幕を開ける。拉致されたラッセルの孫ケイティの安否は!?また銃撃されたエクリーの運命はいかに?など、衝撃的な事件から始まるシーズン13から目が離せない。あらすじ殉死した元CSI捜査官ウォリック・ブラウンの墓前で近くの教会のリック・レンケン牧師の死体が見つかる。死亡推定時刻は深夜0時で、死因は頭部の銃弾。ウォリックがかつて住んでいたその街は、地元ギャングの親玉アーロン・ボスが牛耳る荒んだスラムで、ウォリックの元妻のティーナも息子イーライと共に今もそこに暮らしてた。