開園は1882年3月20日で、日本の動物園では最も古い。上野恩賜公園内にあり、上野駅(公園口)から徒歩5分の場所にゲートがある。敷地は西園と東園に分かれており、両園を結ぶ都営モノレール(上野懸垂線)は日本初のモノレールである。スマトラトラ、ニシローランドゴリラ等の希少動物をはじめ、500種あまりの動物を飼育している。月間入園者数で上回る月もあるものの、年間入園者でみると当園が日本1位である。2006年度では上野動物園が350万人であったのに対し、旭山動物園は304万人(前年比98万人増)、また、2008年度は後述のパンダの死亡の影響等もあり、約290万人にまで急減。旭山動物園が約277万人となり、差が急激に縮まっている[3]。1990年代以降は、多摩動物公園で行われたような、飼育環境をできるだけ自然な状態に近づける取り組みが行われている。スマトラトラのコーナーでは密林の雰囲気が演出されている。頭自然文化園等の都立動物園とともに「ズーストック計画」(動物保管計画)を実施。この計画により、恩賜上野動物園で飼育していたライオンは1991年に多摩動物公園に移され、ライオンがしばらく不在となった。来場者の要望に応え、2002年3月27日からは横浜市のよこはま動物園ズーラシアから貸与を受けて、インドライオン(メス)を公開している。1950年代に、コウテイペンギンなどの飼育が行われた。以来1970年代頃まで、南極産ペンギンを飼育する数少ない動物園の1つであった。1936年、園内からクロヒョウが逃げ出し、警視庁の特別警備隊が出動する騒ぎとなった(上野動物園黒ヒョウ脱走事件)。あわせて「昭和11年の三大事件」[4]と呼ばれている。このヒョウは排水溝に隠れていたところを捕獲されたが、後の戦時中における園飼育動物の殺害決定にはこの事件が影響したといわれている[5]。エゾヒグマ、ニホンツキノワグマ、ニホンアナグマ、マレーグマ、コツメカワウソ、ハクビシンなどゾウのすむ森(2004年オープン)アジアゾウ(雌:ダヤー、スーリヤ、ウタイ。雄:アティ)サル山(1931年10月15日完成)下北半島産のニホンザル「北限のサル」を展示。アビシニアコロブス、ジェフロイクモザル、ニホンザル、シロガオサキ、ブラッザグエノンサル山の入れ換え前にいたニホンザルの群れの一部を展示。当初は1ヘクタールの広さであった[2]。アジアゾウ、トラ、ヒョウ、シフゾウ、ハリモグラ、ニホンオオカミ、アホウドリ、ウシウマ、トキ、シマフクロウなどが来園。黒川義太郎、最初の動物園獣医として採用[6]。日清戦争で旅順を陥落させた山地元治第1師団長からフタコブラクダ2頭が皇太子に献上され飼育された[2]。ドイツ帝国ハンブルクのハーゲンベック動物園からライオン(バーバリーライオン)[2]、ダチョウ、ホッキョクグマなどが来園。キリン、カバ[7]、チンパンジー、ゴールデンライオンタマリン、テングザル、メガネザル、レッサーパンダ、ナマケモノ、センザンコウ、タイマイ、クロツラヘラサギ、モリバトなどが来園。キリンが2頭来園(ファンジとグレー)。当初ラクダ小舎の天井を除き、柱を継ぎ足した仮設キリン舎で飼育された。この年入場者数が初めて100万人を超えた[2]。管理者が東京市となる(皇太子御成婚記念による特旨)。タイの少年団から親善のためゾウ(ワンリー)が寄贈され来園。クロヒョウ脱走事件、12時間後に無事捕獲。日本で初めてキリンが繁殖する(ただし、この時点で繁殖賞は存在しない)。爬虫類室が完成[2]。日本で初めてカバが繁殖する。命により、ゾウ(ワンリーとトンキー)、ヒグマ、ツキノワグマ、ライオン、ヒョウ、クロクマ、トラ、チーター、ホッキョクグマ、ガラガラヘビ、ニシキヘビ、マレーグマ、アメリカバイソンなど14種27頭が戦時猛獣処分される。1944-1945年には餌不足により一部動物が処分される[8]。ゾウ「インディラ」と「はな子」来園。国内で初めてノドジロオマキザルの繁殖に成功する(これ以降、繁殖賞を受賞)。捕鯨団が持ち帰ったヒゲペンギンが来園[2]。開園70周年を記念して、ディック・クレメンスによるライオンショーが行われた[2]。アフリカ生態園完成(1979年まで)。2年前に来園したトラのワンとシュフが繁殖に成功、11年間で12回43頭を出産した[2]。国内で初めてオランウータン、カリフォルニアアシカの繁殖に成功する。国内で初めてジャガー、コビトカバの繁殖に成功する。アジアゾウのインディラが運動場から脱走。休職中のベテラン飼育員が駆けつけてなだめ、無事収容された[9]。1972年ジャイアントパンダの「カンカン」と「ランラン」来園。パンダブームが起こる[10](以下、特筆の無い“パンダ”はジャイアントパンダを指す)。世界で初めてニシアフリカコビトワニの繁殖に成功する。国内で初めてマナヅルの人工授精に成功する。国内で初めてチンパンジーの人工授精に成功する。国内で初めてジャイアントパンダの人工授精に成功するが出産2日後に母親の下敷きになり死亡。パンダ「トントン」が誕生。ズーストック計画実施。国内で初めてアムールヤマネコ、ベルツノガエルの繁殖に成功する。ゴリラ・トラのすむ森完成。世界最高齢のゴリラの雄「ブルブル」(推定44歳)が死亡。アイアイ、オカピ来園。国内で初めてアカガシラカラスバト、ハダカデバネズミなどの繁殖に成功する。国内で初めてアイアイ、タテガミオオカミの繁殖に成功する。国内で初めてオグロヅルの繁殖に成功する。パンダ「リンリン」慢性心不全により死亡(22歳)、最大5頭飼育されていたパンダがいなくなる。アイアイのすむ森オープン。東京都が、上野動物園で2011年にもパンダを復活させると公表。中国からの借り受けにより、パンダの雄「比力(ビーリー)、5歳5か月」と雌「仙女(シィエンニュ)、5歳7か月」が来日。来日にあたっては、中国当局に対するレンタル料および研究資金として、諸外国の同種施設と比べて約10倍の金銭の投資(日本8千万円、アメリカ4千万円、イギリス9百万円、東南アジア諸国5百万円­ほど)をしたことが奏功し、およそ3年振りにパンダが復活することになった。東京都が、パンダの日本名と一般公開日を発表。雄は「リーリー(力力)」、雌は「シンシン(真真)」に、公開日は3月22日の13時。った被害は無し[11]。東日本大震災の影響で「節電への協力や余震が続く中で来園者の安全確保が困難」である事を理由に、この日より当分の間休園。これにより、22日のパンダ一般公開も無期限延期となった。動物園が再開(節電のため開園時間は当分の間通常より1時間半短縮)。延期していたパンダ2匹の一般公開開始。東日本大震災が遠因の怪我や内臓機能障害により、カバの「サツキ」が死亡[12]。パンダのシンシンに妊娠の兆候が確認されたため、展示を中止。パンダのシンシンが同日12時27分、リーリーとの間に第1子(オス・体重133.1グラム)を出産[13]。前述の第1子が同日午前8時30分、シンシンの母乳を誤嚥したことによる肺炎のため死亡[14]。中華民国の新竹市立動物園と、友好交流協議書に調印する[15]。(午前11時52分)パンダ・リーリーの妻シンシンが第2子(メス)を出産。飼育していたマーラが死亡。前述のパンダの名前が「シャンシャン(香香)」に決まる。同年12月18日、報道公開される[16]。(オカピ)が24歳で死亡。満2歳を迎える時期に中国に返還される予定だったシャンシャンの返還時期が、2020年12月31日に延長されたことが発表された。モハン(インドライオン)が17歳で死亡。