菌に対する一般的なイメージは、そんな悪いものばかりでしょう。農業面からみても、菌類は有用植物に病気を起こす困った微生物です。その一方で、味噌などの発酵食品に有効利用されたり、ペニシリンなどで知られる医薬品の原料を産出したりと、人間にもたらす利益も数多くあります。このように多才な菌類ですが、実は総種数の95%が未知のままです。日の当たることがない生物群ですが、顕微鏡下にみえる菌類は非常に綺麗です。その美しい姿を眺めながら、菌類の分類や、機能、植物との関わりについて、研究しています。うち、とくに菌類についての系統分類を行っています。菌類の総数は少なくとも150万種と見積もられていますが、今のところその5%(約8万種)しか確認できていません。残りの95%を効率よく認識していくためには、各グループのモノグラフ(図鑑)を作り、分類体系を整備する必要があります。菌類の大部分を占める子のう菌類は、植物病原菌を多数含む重要なグループですが、分類体系が不安定なために分類・同定が困難となっています。これまでに我が国では調査不足であった淡水中の植物腐生菌類、といった独特の環境下で生息する植物腐生菌等も対象として分類研究を進めています。