「伝説編」は原作のストーリーを追体験できる本作のメインモードである。ゲームはコミックテイストのデモシーン、ザコや中ボス的な敵との戦い、そして強敵(とも)との死闘を軸として展開し、プレイヤーは主人公のケンシロウを操作することになる。原作でケンシロウと共に行動した同行者がいたエピソードにおいては、操作キャラを選択することができるので、ケンシロウ以外のキャラを使って闘うこともできる。伝説編では、エピソードに設定された目的を達成していくと最後に強敵が出現し、そのキャラクターを倒すとクリア。次のエピソードヘ進むことができる。収録エピソード・ふたつの凶星/岩を砕く拳ある村の用心棒として雇われたケンシロウは、そこで最愛の恋人ユリアに瓜ふたつの女戦士マミヤ、そして南斗水鳥拳の使い手であるレイと出会う。村を襲う「牙一族」を倒すため、ふたりとともにそのアジトに乗り込むケンシロウだったが、牙一族たちによる卑劣な罠が仕掛けられていた!伝説編のVSジャギ収録エピソード・死闘への旅立ち!北斗神拳伝承者を目指した男・ジャギ。伝承者に選ばれなかったジャギは、ケンシロウを逆恨みし、ケンシロウの名を騙って悪事を働く。それを止めるため、立ち上がったケンシロウ。同門拳士であるふたりの闘いは、さらなる激闘の幕開けに過ぎなかった。伝説編のVSアミバ、カサンドラ収録エピソード・悲しき天才!/静かなる巨人!死んだはすの敬愛するトキが、悪事を働いているという噂を聞きつけたケンシロウ。その旅先で見たものは、トキの名を騙って人体実験を行うアミバの姿だった。怒りの挙でこれを倒したケンシロウは、本物のトキが収監されているという牢獄、カサンドラヘ向かう!伝説編のレイVSユダ収録エピソード・死兆星の蒼光!/最後の炎!着々と勢力を伸ばし、暴力で世界を飲み込みつつあったラオウ。その手はついに、ケンシロウの強敵(とも)であるレイに及ぶ。ラオウに敗れ、命の期限を3日に定められたレイ。その3日間を、愛する女性マミヤのために投げ打つと決めたレイは、彼女の命運を握る男。収録エピソード・めざめる仁星!/愛ゆえに!トキやケンシロウと闘い、負傷したラオウ。そのスキを縫うかのように勢力を拡大した、サウザー率いる聖帝軍は、シュウが取りまとめるレジスタンスたちと激しい攻防を繰り広げていた。シュウとともにサウザーと闘うことを決心したケンシロウだったが、サウザーの罠によって、シュウを失ってしまう。伝説編のトキVSラオウ収録エピソード・絆熱く哀しく!/天狼の涙!ラオウ完治の報を受けたトキは、ラオウとの命を賭した闘いに臨む。長きにわたる北斗神拳の歴史の中でも、すば抜けた実力を持つふたりの拳士の闘いは、トキの病が明暗を分けた。これでラオウを阻める者は、ケンシロウを残すのみ。どちらが乱世を治めるべきか、その力を量るため、リュウガはみすからの命を賭けてケンシロウと相対する。伝説編のケンVSラオウ収録エピソード・南斗ついに起つ!/その時は来た!/こころを血に染めて!/さらば強敵よ!ラオウとの闘いを目前に、ケンシロウの前に現れる五車星たちと、南斗最後の将。彼らは、ラオウ軍に反旗を翻した最後の勢力だった。ラオウの勢いは止まらず、五車星の拳士たちはつぎつぎと撃破されていく。哀しみを背負い、ケンシロウはラオウとの最後の闘いの場、北斗練気闘座へ向かう。前作にも搭載されていた「幻闘編」は、使用キャラクターが大幅に増加してリニューアルしている。「伝説編」のコミックテイストのデモシーンは、ゲームオリジナルのストーリーで描かれ、真・北斗無双ならではの「if」を再現できる。使用キャラクターはストーリーのグループごとに「幻闘編」のストーリーはグループごとに、6つに分けられている。そのグループに属するキャラクターをプレイヤーキャラクターとして使用可能となっている。ストーリー中のクエスト(1つのステージ)によっては、特定キャラのみ使用可能な場合もある。世紀末が訪れる少し前のラオウ、トキ、ジャギ、ゲンシロウの北斗四兄弟の伝承者争いのストーリー。師・リュウケンが見守るなか、北斗四兄弟による北斗神拳の壮絶な伝承者争いである。「幻闘編」は、ステージに点在する拠点を制圧していくシステムを採用している。拠点のうち5つを制圧すると完全制圧状態となり、ステージのボスが登場する。拠点にはそれぞれレベルが設定されており、高レベルな拠点ほど制圧が困難になるが、拠点を制圧すると、隣接する拠点のレベルが下がるようになっているので、攻略する順序が重要となる。