Sheldlickが開発した強力な位相決定ツール。ここではHKL2MAPを利用せず(HKL2MAPを使ってみよう)硬派にスクリプトを利用する場合を述べます。やっていることは同じ・・・はず・・・です。C/D/Eを用いた初期位相の決定このページではSHELXを用いて最初の電子密度をゲットする方法に関して述べます。これから重原子位置を発見するための準備をいたします。polishオプションで反射ファイルを作ってください。"eofがあるまで入力行でそこまでをshelxcに食わせるよ、という意味。-iSHELXCで使用するコマンドSHELXCはSHELXDを利用するための反射ファイルやインプットスクリプトなどの準備を行います。FOOFOOの部分はこのプロジェクト共通で利用するプレフィックス。重原子発見用の反射ファイルや重原子の位置情報などのアウトプットファイルはこのプレフィクスで出力される。CELL格子定数SPAG空間群FIND探し出す重原子の数を指定。SHELXDで使用するコマンドSHELXDはSHELXCに続けて走らせる必要がある。SHELXCに必要ないコマンドを入れておくと、それをSHELXD用スクリプトに足してくれる。8ジスルフィド結合を8個探せ(結合距離2.06Aとして)。PEAK自体は各S原子について拾ってはくるが、距離が近い重原子についてそれらをジスルフィド結合(super-sulfer)として認識させる場合に使用。-3.5PATSやFINDコマンドで見つかってきた重原子サイトが近い場合、どの程度の距離までを「別のピーク」として認識させるか。値は「負」で入れておくとPATFOMの計算を行い、.lstファイルに最良解を出力してくれる。NTRY重原子発見するための計算を何回繰り返すか?を指定。100くらいでよいでしょう。.phsファイルに書き込まれます。SHELX系では電子密度の改良が(マニュアルにも載っていますが)貧弱だそうで、さらには構造精密化にSHELXLを使用しない場合、MTZファイルへ一度変換しておく方が楽でしょう。この場合、.phsファイルはテキスト形式で書き出されておりますのでこいつをCCP4-f2mtzを用いてMTZファイルへ変換する必要があります。一応、HKL2MAPのHPからphs2mtzというスクリプトをダウンロードできるが簡単にしたものをアップしておきます。スクリプトの利用ご注意いただきたいことは、uniqueifyの部分です。勝手にFree-Rフラッグを立てます(5%)。嫌な人は最後のuniqueifyを削除しましょう。以上を適宜編集後、スクリプトを実行。連携例.phs->MTZファイルへの変換をした場合の連携例ですが、ARP/wARPに突っ込むもよし、RESOLVEに突っ込むもよし。FOM)がMTZファイルに含まれておればその仕事を遂行してくれます。上記、phs2mtz.comを利用した場合、RESOLVEへの連携は以下のように行います。FOM=FOM........などとしてresolveを走らせちゃいましょう。これでうまく行けばモデルをゲットできます。いずれかDMの結果から良い方を選択(choose_shelxe_chiral)SHELXEのDM結果グラフを.psファイルへ出力。