概要シミュレーションを実行するにあたり、まずはじめに扱う対象の系やシミュレーション方などを設定する。具体的には以下の項目を設定する必要がある。積分法(integrator)最終的に、これらの情報をすべて含んだSimulationクラスのインスタンスを作成することが目標となる。これを用意するにはいくつかの方法がある。PDB+任意の力場を使用する場合シミュレーション設定からMD計算までを行うサンプルコードは以下。temperature=True))simulation.step(10000)Amber形式のファイルを使用する場合シミュレーション設定からMD計算までを行うサンプルコードは以下。International。