以前のリビジョンバックリンク文書の先頭へNAMDのディレクトリ構成インストール済みのNAMDはNAMD_バージョン名_Source/NAMD_バージョン名_アーキテクチャ名/のように命名されたディレクトリに存在する。ディレクトリ構成は以下である。namd2charmrunflipbinpdbflipdcdsortreplicaspsfgenlib/分子動力学を行うプログラムはnamd2と呼ばれるものである。各プログラムの使用方法を以下で簡易的に解説する。1.namd2分子動力学を実行するプログラム。作成した設定ファイルをこのプログラムが読み込むことで分子動力学が実行される。hoge.conf内に書かれた設定を用いて100コア並列で分子動力学計算を実行したい場合、並列計算プログラムcharmrunを用いて以下のようなコマンドで実行する。output.loghoge.confには、アンサンブルや初期構造などの設定や出力先の設定が記述される。設定内容については別記事で解説を行う。2.charmrunCharmcによってコンパイルされたcharm++プログラムを実行するコマンド。以下の用に+pオプションを用いてプロセス数を指定して実行する。hogehoge3.flipbinpdbflipbinpdbはバイナリ形式のpdbのエンディアン(バイト順)の反転をするコマンドである。file4.flipdcdflipdcdはDCDトラジェクトリファイルのエンディアンの変換を行うコマンドである。オプションを指定しない場合はバイト順を反転させる処理を行う。その他のオプションは以下の通りである。変更をせずに各ファイルのバイト順の状態を表示する。読み込んだファイルをビッグエンディアンに並び替える。読み込んだファイルをリトルエンディアンに並び替える。リトルエンディアンであった場合はそのまま5.sortreplicasレプリカ交換分子動力学法の結果を各温度毎に並び替えるコマンド。以下のオプションから構成される。レプリカ交換回数に対するトラジェクトリファイルへの書き込み頻度。106.psfgen分子動力学計算に使用するpsfファイルを作成するコマンド。psfファイルは、タンパク質構造ファイルとも呼ばれ、ある力場を分子系に適用するために必要なすべての原子固有の情報を持っている。psfファイルはpdbファイルとtopologyファイルを用いて作成される。psfgenはVMDのプラグインから使用することが多く、psfファイルは計算に必要なファイルのひとつであるため、別途記事を立てて解説を行う。7.libディレクトリレプリカ交換分子動力学等を実装したtclスクリプトファイルを持つディレクトリ。temperingを実装したスクリプトが追加された。International。