本記事ではインプットファイルの作成についての解説を行う。インプットファイルの作成には以下が必要となる(それぞれ外部リンクになっている。トポロジーファイルは(charmm36m)VMDPDBファイル力場ファイルまた、以下のURLにイリノイ州立大の研究室が作成したNAMDチュートリアルがあるため、そちらをインストールしておいて練習しても良いだろう。http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/namd-index.htmlインプットファイルを作成するには、タンパク質のpdbファイルを入手する(作成する)必要がある。ID:6PTIを使用する。最初に、PDBファイルをダウンロードし、psfファイルを作る前の準備としてタンパク質以外の残基を取り除く。bpti.pdb以下のコマンドを実行し、力場ファイルをダウンロードしておく。toppar_c36_jul17.tgz次に以下のスクリプトファイルbpti.pgnを作成する。このスクリプトをVMDで実行することにより、psfファイルが作成される。bpti.psf上記のファイルbpti.pgnが作成出来たら、以下のコマンドを実行する。bpti.pgn以上の手順によりpsfファイルが作成される。次にシステムへの水の印加とイオンの中性化を行う。VMDを起動、Extensionタブをクリックし、Tkコンソールを起動する。このTkコンソール上で以下のコマンドを実行する。bpti_wbこれはタンパク質から10Åの範囲の立方体に水を印加することを行っている。水の初期配置を立方体に設定したい場合はタンパク質を中心に設定した上で、以下のようにする。bpti_wcube最後のステップはシステムの中性化である。Ewald法に必要とされるものである。Tkコンソールから以下を実行する。bpti_wb_ions以上で入力ファイルの設定は終了である。多少書き足りていない部分や説明すべきオプションの説明があると思われるので近いうちに再更新を行う予定である。International。