]追加された行はこの色です。削除された行はこの色です。Xtallographyと言うことです。できるらしいPHENIX。AppsのGUI環境です。分子置換から位相拡張までサクッとできるということで、今回は取りあえずインストール。ファイルのダウンロードにはパスワードが必要ですので、リクエストフォームに必要項目を入力して送信すると、パスワードが書かれたメールが届くのでファイルをダウンロードしましょう。before''にチェックを入れることで名前などの項目は省略できます。14までの64bit版、およびMacOS、Windoesが用意されています。ソースパッケージも用意されているのでビルドすれば何とかなるでしょう(最近のCPUで2時間ぐらいかかると描いてありますが・・・)。32bitのパッケージをインストールしました。ソースパッケージからのインストールも問題なく成功しました。14までの64bit版、およびMacOS、Windoesが用意されています。ソースパッケージも用意されているのでビルドすれば何とかなるでしょう(最近のCPUで2時間ぐらいかかると書いてありますが・・・)。32bitのパッケージをインストールしました。ソースパッケージからのインストールも問題なく成功しました。5を使っている場合は、''phenix-installer-1.x-x-intel-linux-&color(red){'''2.6'''};.tar''をダウンロードします。3または4を使っている場合は、''phenix-installer-1.x-x-intel-linux-&color(red){'''2.4'''};.tar''をダウンロードします。それ以外の環境の場合は環境に適したアーカイブを使いましょう。2.4用と2.6用で大きく違うのはlibstdc++のバージョンです。/usr/libにあるlibstdc++のバージョンが5なら2.4用、6なら2.6用を使いましょう。Fedoraなら当然2.6用です。実際2.4/2.6とカーネルで区別されているわけではないのでlibstdc++で見分けます。4.1でも2.4用''};になります。無理に2.6用をインストールしても動きません(これで結構苦労しました。wxPythonのRPMまで作ったのに・・・)。インストールは標準の手順に従うだけです。以前のバージョン(1.3など)と比べてインストールにかかる時間が短縮された気がします。1.5のアーカイブファイルは約300Mもあり、なかなかのヘビー級です(^^;。初めのインストーラの展開は適当なディレクトリでOK。その後インストールスクリプトを実行するだけで''/usr/local/phenix-1.5-2''にインストールされます。気になる人は最後に所有者をrootにしておきます。5.0環境下では発生しませんでした。使用しているディストリビューションに対応する適切なバイナリが存在しない場合はソースからインストールします。必要なライブラリ等、全てがビルドされるので結構時間がかかります。Q9650(オーバークロックで3.5GHz動作)上で5プロセスを使ったときで25分程度でした。手順はバイナリからのインストールとほとんど変わりません。適当なディレクトリでインストールスクリプトを実行すれば/usr/local/phenix-1.X以下にインストールされます。これでライブラリ等がビルドされ、インストールされます。nprocオプションはプロセス数でおそらくコア数+1あたりが適切だと思われます。4だとintel-linux-2.6だと認識されるのでintel-linux-2.4用をインストールするためにalias_mtypeオプションをつけます。初期ファイルの展開は適当なディレクトリで構いません。インストールスクリプトを実行すると/usr/local/phenix-1.24.1bが作成され、そこにファイルがコピーされます。いう処理が延々と(30分ぐらいだと思います)続きますが、我慢して待ちます。この後落とし穴にはまりましたので、注意してください。&color(red){''最近のリリース(1.5以降)ではおそらく発生しません。ことで、PHENIXを設定した場合の問題。4.1では発生しました。それは、PHENIXの環境ファイルを読み込むと&color(red){Phaserが走らない!!};というもの。いうのがログに書き込まれて一瞬で処理が終わります。PHENIXにもPhaserが含まれていて、そのPhaserを実行した場合この問題が起こるようです。そのため、.cshrcでCCP4の設定ファイルよりも先にPHENIXの設定ファイルを読み込む設定にしたら問題は解決しました。PHENIXのコマンドラインツール集ってことなのかな。プラットフォームによってダウンロードするファイルが異なります。2.5''を選択します。2.4なので動作検証が必要ですね。Perlのインストールされている環境であれば以下のコマンドを打てば勝手にインストールされるようです。※適宜、cci_....selfxの名前は置き換えてください。※ディレクトリは空のものを準備してそこに.selfxファイルを置き、上記コマンドを実行します。