理樹と鈴が知ることになる「世界の秘密」。リトルバスターズの本当の物語が、これから始まる――。~隠された空中都市~<あらすじ>オランダ・アムステルダム。レセプションパーティーが行われている。上空ではシャハルタの宝を積んだ飛行船が係留中であった。シャハルタの宝を狙い飛行船に潜入していたルパン三世。空から現れた謎の盗賊団が宝を奪っていく。盗賊団の女が運び出そうとしていたカバンを奪い取るルパン。テレビや新聞では、ルパン一人が飛行船を襲ったというだけで、盗賊団や赤ん坊の事は一切報道されていない...。赤ん坊が入れられていたカバンの中には、空のケースが入っていて、ケースには現在では使われていないシャハルタ王家の紋章が...。そんな中、ルパンのもとに現れた盗賊団の女・ユティカ。赤ん坊を取り戻しに来たのだ。ユティカがこの事件の真相を握っているはず...。ルパンはユティカを追って盗賊団のアジトへと向かうのだった。ルパンは謎を追っていく中、シャハルタを巡る大きな陰謀に巻き込まれていく。明らかになっていくシャハルタの隠された秘宝、またユティカの知られざる秘密......。出会いが、少年の人生を一変させる。