『御使墜し(エンゼルフォール)』を止めるには、術者を倒すか、儀式場を壊すか、どちらかしかない。いくつかの不審な行動からミーシャが術者だと予測した上条と土御門は、彼女を追って上条家へと向かう。一足先に現地にたどり着いた二人が見たものは、刀夜が写る写真立て。その姿は、海の家で見たものとまったく同じで......。術の影響を受けないのは術者だけ。慌てて旅館へと戻った上条は、海辺で刀夜と対峙する。オカルトなどに手を染めたのかと詰問する上条に、刀夜は彼の不幸を取り除くために行なった過去の出来事を語り始める。そこに現れ、「標的」を抹消しようとするミーシャ。それを阻止しようとした神裂が、驚くべき事実を口にする――。自らを犠牲にして「妹達(シスターズ)」を助けに行くという美琴は、立ちふさがる上条に容赦なく雷撃を浴びせる。上条は、決して右手を使おうとしない。美琴がなぜそこまでするのかと問いかけると、倒れた上条は意外な言葉を口にする。(アクセラレータ)」が最強という現実をひっくり返せばいい。そのために、自分が戦って彼を倒す、と。ひとりで軍隊を相手にしても笑っていられるような能力者と戦って勝てるはずがないと訴える美琴だが、上条は彼女から「一方通行(アクセラレータ)」の居場所を聞きだそうとする。そのころ、学園都市の西のはずれにある操車場では「一方通行(アクセラレータ)」とミサカの戦いが始まろうとしていた――。絶体絶命のミサカのもとへと駆け付けた上条は、桁違いな「一方通行(アクセラレータ)」の強さの前に防戦一方。反射的に突き出した上条の「右手」が、「一方通行(アクセラレータ)」の顔面に突き刺さる。圧倒的な強さを誇る最強であったがゆえに、肉弾近接戦闘は初めてだった「一方通行(アクセラレータ)」は、その現象に面食らう。上条の右拳が容赦なく打ちつけられる。形勢逆転かと思われたその時、風――空気の動きを操る「一方通行(アクセラレータ)」の反撃が上条を襲った。そこへ忠告を無視した美琴が駆けつけるも、上条はそれを止め、来るなと叫ぶ。そんな中、「一方通行(アクセラレータ)」の力は、風を操ることで空気中にプラズマを生み出すまでになっていた。人類には防ぐことのできないその力への対抗策を思いついた美琴は、倒れているミサカを揺り起こす――。「一方通行(アクセラレータ)」を倒した無能力者(レベル0)として、一躍有名人となってしまった上条。統括理事会は、混乱が収拾するまでの間、彼に一時学園都市の外に出るように命令する。不法滞在者のはずがなぜか問題なく学園都市を出られたインデックスとともに、温泉旅館「わだつみ」に腰を落ち着ける上条。小萌先生の配慮で久しぶりに会えることになっていた両親と幼なじみの従妹は、諸事情で到着が遅れていた。翌朝、到着した父親の刀夜たち。......だったのだが、なぜか母親の詩菜はインデックスで、従妹の乙姫は美琴の姿をしていた。どんなたちの悪いいたずらだよ!と憤る上条だったが、どうやら、世界的に「人間の外見と中身が入れ替わってしまう」現象が起きているようだった。そんな上条の前に、赤い外套を着た奇妙なシスターが現れる――。上条の前に現れた赤いシスターはミーシャ=クロイツェフ。(Annihilatus)』に所属する彼女は、世界中でおこっている怪現象の大本となった大魔術『御使墜し(エンゼルフォール)』の発生源を探るべく、日本へとやってきたという。時同じくして、『御使墜し(エンゼルフォール)』の人格入れ替えからなんとか難を逃れたイギリス清教『必要悪の教会(ネセサリウス)』のふたりの魔術師も顔を現した。神裂と、そして、上条のクラスメイトでもある土御門。彼は学園都市にスパイとしてもぐりこんでいた魔術師だったのだ。儀式が必要なほどの大きな規模の魔術である『御使墜し(エンゼルフォール)』の術者を探し出すため、上条はミーシャと神裂、土御門の3人と行動を共にすることに。他の人には違う人間に見える神裂の姿が、とある混乱を巻き起こす――。『絶対能力進化(レベル6シフト)』計画の失敗――上条とのケンカに負けたことで、日々、不良たちの襲撃を受けるようになってしまった「一方通行(アクセラレータ)」。立ち寄ったコンビニからの帰り道、彼の前に汚い毛布をかぶった少女が現れる。彼女は「ミサカシスターズ」の一人。『妹達(シスターズ)』の最終ロットとして作られた二〇〇〇一体目=「打ち止め(ラストオーダー)」だった。「打ち止め」は、成長の途中で計画が打ち切られて困っているので、研究者とコンタクトを取ってくれないかという。断る「一方通行」を無視して彼の家までついてきてしまう「打ち止め」。『ミサカネットワーク』を統括する個体として作られた「打ち止め(ラストオーダー)」。元にやってきたアクセラレータだが、芳川は「打ち止め」の危機的状況を示唆する。彼女の脳にとある命令が上書きされたことによって、『妹達(シスターズ)』が暴走、全世界が驚異にさらさせるというのだ。「打ち止め」を保護するかの選択を迫られるアクセラレータ。タイムリミットは九月一日午前〇時ちょうど。「打ち止め」と別れたファミレスで、天井の姿を見かけていたアクセラレータは、すでに閉鎖された実験の研究所で彼を発見する。逃げようとする天井を難なく捕え、「打ち止め」を確保するが、タイムリミットを前に、ウイルスが起動準備に入ってしまい――。インデックスとの出会いに始まった上条の長い夏休みは、どうにか終わりを告げた。上条のクラスには、小萌先生の家に居候していた姫神秋沙が転入生として現れる。留守番を任されていたインデックスは、自分の昼ごはんが用意されていないという重大な事実に気づき、上条の教室へとたどり着くが、小萌先生に追い出されてしまう。導かれるように食堂に迷い込むが、購入方法がわからずインデックスは途方にくれるのだった。そこにふらりと現れた少女――風斬氷華の助力により、なんとか食事を採ることに成功したインデックスは、それをきっかけとして風斬と「ともだち」になり親交を深めていく。......そんな平和な学園都市に、魔術師の侵入が確認された。上条とインデックスは、「ともだち」になった風斬とともに地下街へ。食事をしたり『魔法少女カナミン』コスプレに着替えて撮影をしたりと、インデックスいわくの「ガッコー生活」を楽しんでいた3人だったが、風紀委員(ジャッジメント)の少女に呼び止められる。学園都市に侵入した「テロリスト」捕獲のため、隔壁をおろして地下街を閉鎖するという。即刻避難を命じられ、地下街を移動している途中、3人は奇妙なものを見つける。それは壁に張り付いた眼球――ゴーレム魔術の一端だった。その眼球から放たれた「ぶち殺す」という物騒な言動に、インデックスと風斬を逃がそうとする上条。そんな彼らのその目の前に、美琴とその後輩・白井黒子が風紀委員として現れる。地下街は騒乱の渦中にあった。上条と別行動をとっていた風斬の前に、学園都市に潜入した魔術師・シェリー=クロムウェルの放ったゴーレムが立ちはだかる。その巨腕がまさに振り下ろされんとした時、小萌先生から彼女の秘密を聞いた上条が駆け付ける。自分はインデックスと一緒にいられる存在では無い、と戸惑う風斬に上条は「ただ友達を助けに来ただけだ」と告げる。この世界にはまだまだ救いがあり、風斬の居場所も簡単に壊れはしない、と――。上条は警備員(アンチスキル)たちと協力して、シェリーのゴーレムを撃退しようと試みる。一斉射撃の隙をついてゴーレムの懐に飛び込み、術者であるシェリー自身に攻撃をかける上条。成功したかに見えたその決死の一撃は、シェリーは奥の手によって阻まれてしまう。先に脱出したインデックスと美琴は――。上条、風斬を仕留めそこなったシェリーは、インデックスにその矛先を向けた。上条、風斬はそれぞれの想いを胸に、インデックスを助けるべく行動を開始する。地下鉄構内でシェリーと対峙した上条は、彼女の口から戦う理由を聞かされる。応えた上条の言葉に激昂したシェリーは容赦ない攻撃を浴びせるも、インデックスの言葉をヒントに、なんとか彼女の攻撃を回避する上条。本当は自分の気持ちに気づいているはず。(スペルインターセプト)」によってかろうじてゴーレムの攻撃をかわしていたインデックス。追い詰められ、巨大な拳が目の前に迫ったその時、風斬が現れ――。