鉄道貨物輸送開始130年を記念して、2003年に設立されました。日本の貨物輸送は日本で初めて鉄道が建設された翌年1873年9月15日に開始されました。一般的に貨物は地味で人目を引くことは少ないため、あまり保存される機会がなくいつの間にか消えていったものがほとんどです。歴史的に価値がある貨物車両が消えていくことを惜しんで個人的に保存してきた方もいらっしゃいますが、やはり個人の力では限界があります。その様な状況のもと貨物鉄道博物館では、個人の方や企業から寄贈された車両を集め、ボランティアによる博物館として運営されています。