以前のリビジョンバックリンク文書の先頭へ計算を実行するために必要なファイル一覧namd2を用いて計算を実行するに当たって、以下のファイルが必要となる。1.シミュレーションの設定を記述したファイル(.conf)分子動力学計算に必要な設定はすべてこのファイルに記述され、このファイルをnamd2が読み込むことによって計算が実行される。下記に示すようなpdbファイル、psfファイル、力場の情報を持ったファイルにどのファイルを指定するかの情報もこのファイルに記述される。以下のように記述した設定ファイルubq.confがあったとする。5psのNVE分子動力学計算を行う。#今回はサーモスタットもバロスタットも設定していないのでNVEアンサンブルでの計算となる。ubq.confのように読み込むことでシミュレーションは実行される。Bank:pdb)系を構成する原子の座標情報をデカルト座標系において記述したファイル。(PDB)(https://www.rcsb.org/)からダウンロードして使用する方法と、アミノ酸配列の情報を用いてモデリングする方法が存在する。CHARMMトポロジーファイルから作成される。4.力場の情報を持ったファイルCHARMM力場の関数に具体的に数値を与えるファイル。psfを作成するためのトポロジーファイルに加えて力場のファイルは以下のURLにおいて提供されている。http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml特にcharmm22のタンパク質用の力場を使用した場合は以下のURLからダウンロードが可能である。International。