Consoleを用いてMDシミュレーションのための初期構造作成や、表示の編集ができる。Consoleでのコマンドと表示の編集を解説する。atomslectprという名前で読み込んである系内のproteinを構成する原子を選択する。10}だけデカルト座標空間上で構造を動かす。measureとvecinvertは後述してある。move1残基目と40残基目のCαを結ぶ直線を軸にprを10度回転させる。measuremeasureによって幾何中心・重心やその構造が持つデカルト座標上の最大値と最小値を取得できる。lindexgetによってpr内の原子座標を取得できる。lindexによって、その原子座標の配列のあるindexの値を取得できる。ここでは、prの0番目の原子の座標をcoordとしてsetしている。vecinvertvecinvertによって、指定した座標を逆符号の値に変換する。以下では重心座標の逆符号への変換を例示した。representationsで可視化する際に、以下のコマンドを用いることによってトラジェクトリーのフレーム毎に二次構造を計算・表示するように設定できる。シミュレーションボックスを表示する100×100×100のシミュレーションボックスを作成する。originとすれば中心がデカルト座標上の原点となる。tubesの4種類の描画スタイルを設定できる。International。