以前のリビジョンバックリンク文書の先頭へ計算を実行するために必要な情報AMBERではMDシミュレーションを行うにあたって、以下の5つの情報を必要とする。文字通り、デカルト座標系における系を構成する各原子の座標情報である。場合、X線結晶構造解析やNMR、ホモロジーモデリングといった方法によって得られたものを使用する。最近では、クライオ電子顕微鏡も有力な構造解析法であろう。(PDB)(https://www.rcsb.org/)に公開されている。アミノ酸配列の情報があれば、AMBERが持つプログラムLEapを使用して簡単な初期構造は作成することができる。PDBフォーマットで用意すると便利であることが多い。トポロジートポロジーは、残基名や原子名、原子タイプ、電荷、結合情報のことを指す。この情報は$AMBERHOME/dat/leap/libのディレクトリに格納されている。このデータベースには、アミノ酸やDNA、RNA、糖、脂質といった生体分子の情報が含まれる。これ以外に、例えばリガンド等の人工的な分子を取り扱う場合には、antechamberを使用してトポロジーを作成できる。原子タイプや角、二面角、結合のためのパラメーターのことを指す。これは$AMBERHOME/dat/leap/parmのディレクトリに格納されている。トポロジーと同様にアミノ酸やDNA、RNA、糖、脂質のためのパラメーターが用意されている。field(GAFF)やその改良版であるGAFF2が用意されている。系の情報を格納したインプットファイル(prmtopファイル、inpcrdファイル)取り扱う系の座標・トポロジー・力場が記載されたファイルで、MDシミュレーションを実行する際に用意するファイルである。LEapを使用して系の各原子のデカルト座標と、トポロジーと力場のデータベースから作成される。コマンドコマンドによって実際にプログラムを動かす際にユーザーが指定するオプションやパラメーターを指定する。NAB言語で書かれたドライバプログラム、もしくは、mdinファイルによって指定する。通常はmdinファイルを作成し、読み込ませることが多いであろう。International。