ここでは、人に紛れ人を喰らう「喰種(グール)」と呼ばれる怪人がはびこっていた。)と出会い、本屋デートをすることになる。自らの運命を変える事故に巻き込まれてしまうとも知らずに...。瀕死の重傷を負うカネキだったが、手術により何とか一命を取り留めるが...。[CCG]に屋敷に踏み込まれ、父・観母(みるも)や使用人たちが投降する中、側近の松前(まつまえ)とともに逃げのびた月山は、彼を生かすために命を賭した者たちのことを想い、“当主”となる責任を噛み締める。その月山の前に喰種捜査官として立ちふさがる琲世。くらもと)率いる伊東班と合流したクインクスは、“ノロ”と呼ばれる喰種と遭遇。“ヒト”と変わらぬ姿をしながら“ヒト”の肉を喰らうことでしか生きながらえることができない存在“喰種(グール)”――。彼らの脅威から人々を守るために設立された[CCG](喰種対策局)”で、“クインクス”と呼ばれるチームが結成された。はいせ)には、なぜか2年前までの記憶がない。彼には、[CCG]内ではよく知られた秘密があった。クインクスが結成されてまもなく、女性ばかりを狙い、その胴体のみを捕食する喰種“トルソー”がらみの事件が頻発する。そんな二人に掘ちえ(ホリチエ)と名乗るフリーカメラマンが情報提供者として接触してくるが、彼女は彼らに関係する“変わったもの”を報酬として要求する。梟の攻撃から什造を庇って、篠原が倒れた。時を同じくして、アオギリがCCGとの戦いに乱入、アオギリ兵たちの猛攻にCCGは次第に形勢不利となっていく。カネキはあんていくへの道を封鎖する亜門と対峙していた。互いに一歩も譲らない戦いの中、ついに決着の時が訪れる...。人を喰らう怪人“喰種(グール)”が潜む東京。好戦的な喰種集団「アオギリの樹(キ)」のアジトでは、アオギリと「CCG(喰種対策局)」、そして「あんていく」の面々が激戦を繰り広げていた。イワオ)らはSSSレートの喰種「梟(フクロウ)」と戦い苦戦。シュウ)の3人はアオギリの幹部・ノロと対決。トーカ)は、アヤトの圧倒的な力の前に追い込まれていた。最後の一撃がトーカを襲おうとしたその時...。大切なものを守るため、目の前に立ちふさがる什造やオッガイたちと戦う金木だが、激戦の中で深刻なダメージを受けてしまう。「アオギリの樹」に連れ去られたカネキを救出しようと、芳村、四方、トーカ、ニシキ、ヒナミ、ウタが集まった。驚くべき人物もそこに加わり...。CCGの亜門ら捜査官たちもまた、千人を超える体制で11区にあるアオギリの拠点に突入しようとしていた。「アオギリの樹」とCCG、そして「あんていく」の三つ巴の戦いが始まる...。黒山羊&〔CCG〕が、Vと激しい攻防を繰り広げていた頃、地下では金木と旧多の戦いが始まった。和修分家に産まれた者たちの中でも突出した才能を持つ旧多は手強く、金木は苦戦を強いられる。傷だらけになりながら、互いの思いをぶつけ合い、熾烈な戦いを続ける金木と旧多。什造たちとの戦いの途中で意識が途絶えた金木が目覚めたのは、不思議な空間だった――。リゼは金木を「人殺し」と呼びあざ笑うが、そんなリゼに対し金木は自身の決意を語る。“核”となっていた金木を失ったことにより、原形を留めることができず崩壊してゆく竜。竜から産み出された不気味な“落とし児(おとしご)”たちが振りまく“毒”により、東京のあちこちで恐るべき現象が起こり始める。シュウ)が「あんていく」を訪れた。月山を20区の厄介者だと言い露骨に嫌な顔をするトーカは、カネキに「あいつとは関わらない方がいい」と釘を刺す。月山はカネキの特殊な「におい」に目をつけ、接触を図ってきた。自らの悲劇の始まりでもあるリゼの事が気になるカネキは「リゼ行き付けの店」という月山の言葉につられ、「喰種レストラン」へ足を運ぶ。ラストの一件で入院するロイとハボックのもとへ見舞いに訪れたエドとアル。そこで彼らは、ホムンクルスたちの根城と予想される範囲の一部に、大総統官邸が入っている事を知る。自分たちが相対している存在の巨大さに戦慄する一同。ホムンクルスらの秘密を探る兄弟の元に、スカーがセントラルへ現れたとの情報がもたらされる。