ページhttp://docs.openmm.org/latest/userguide/application.html#energy-minimization以降はシミュレーションの設定で作成したSimulationクラスのインスタンスを使っていく。以下の行をスクリプトに追加する。具体的な組み込み方は計算の概要を参照のこと。simulation.minimizeEnergy()引数として使用できるのは以下の二つである。100)これらは自由に省略でき、その場合は上記のデフォルト値が適用される。引数を明示的に指定する場合の例はこちら。maxIterations=500)OpenMMは、単位に関して非常に柔軟に作られている。詳しい情報に関してはこちらを参照のこと。International。