以前のリビジョンバックリンク文書の先頭へ昇温シミュレーション前回は系のエネルギー最小化についての説明を行った。今回は次に行う昇温シミュレーションの解説とエネルギー最小化、昇温シミュレーションのスクリプトの説明を行う。系のエネルギーを最小化した時点では、系は速度を持っていない。シミュレーションの速度(運動量)成分を決定するために昇温シミュレーションは行われる。最初から目的の温度を与えれば良いでは無いかと思うかもしれないが、目的の温度までに急に加熱してしまうと非常に大きな運動量により時間積分が発散し、シミュレーションが停止してしまう場合がある。そのためある程度の時間ステップを用いて目的温度まで上昇させる。これを昇温(加熱)シミュレーションという。B#上記は拘束を行いたい場合#sedやperl、vmd等のいずれかを用いて炭素原子のB値のみを1にしたファイルfix_bpti.pdbを用いることで#炭素骨格を維持しながら立体障害を取り除くことが出来る。B#上記は調和振動子的に拘束を加えたい場合#sedやperl、vmd等のいずれかを用いてアルファ炭素のみのB値を1にする。atomsは指定した原子のエネルギーの計算を行わないことで位置の固定を行うが、constraintsは系に調和振動子拘束を加えることで固定をする。0#上記は拘束を外す命令。拘束を解いてから実行したい場合。30ps拘束を加えたい場合はfixedatomsやconstraintsまわりのコメントアウトを外せば良い。この計算は長めの実行時間を要するため、席を外して珈琲を飲みながら待つと良いかもしれない。長い本計算を行うのには必須であるのだが、上記の計算も待てないという方には、並列化という手が存在する。NAMDをmpiバージョンでインストールしている前提で話を進めるが以下のコマンドにより実行することで、複数コアまたは複数ノードによる並列化を行うことが出来る。bpti_heated.log#-npの後ろや+pの後ろはコア数の指定である。シミュレーション用の準備が完了した。International。