激怒した北畠に焼き直しの件を暴露されたため、作家としての深田の信用は失墜し、10年以上にわたる雌伏生活を余儀なくされた。錦城山岳会を結成し、理事となる。1963年(昭和38年)にかけて、山岳雑誌「山と高原」(朋文堂)で毎月2山の連載を50回行い、推敲を行い新潮社から1964年に『日本百名山』を出版。『日本百名山』で、第16回読売文学賞(評論・伝記賞)を受賞。人気作家に返り咲いた。約4ヶ月中央アジアを旅行し、その後紀行探検記を著した。日本山岳会の副会長に就任した。山渓賞(山と渓谷社)を受賞。