以前のリビジョンバックリンク文書の先頭へ本計算(サンプリング)NPTアンサンブルでの体積決定のためのシミュレーションで体積を決定したので、遂に本計算(サンプリング)を行う。これまでと同様にmdinファイルを以下のようにmain.inとして作成する。この段階で、アウトプットファイルをどのくらいの頻度で書き出せばよいかを指定する。この書き出し頻度は少ないと解析に不十分であるし、多過ぎても容量を圧迫してしまう。そのため、本計算の前に、どのような情報が必要かを十分検討して決定することをおすすめする。SHAKEアルゴリズムによってボンドの動きを拘束し、Nonbonded相互作用にカットオフ距離を設けていることにも注意されたい。&end今回はpmemdによって以下のように実行する。ここではnpt.rstから分子動力学計算をリスタートする。そのため、体積の値はNPTアンサンブルでの体積決定のためのシミュレーションにおける計算の最後の値を用いることになる。nsの計算であるが、昨今の計算化学分野では数百ns〜数十μsの計算が多い。main.info結局、初期構造からMDシミュレーションまでを行うことで、以下のように構造が変化したことが確認できる。構造変化はポテンシャルエネルギーの変化に関連しており、potential.shのようなスクリプトによって系のポテンシャルエネルギーの時間発展を可視化できる。potential_cut.datPythonを使用して可視化した図を以下に示す(勿論、GnuplotやRを用いてもよい)。(RMSD)や二次構造、二面角といった指標を計算することで、定量的に議論することが出来る。シミュレーションから熱平衡での構造集団を得たい場合には、いくつかの指標を確認して、判断することになるだろう。International。