東京に住む昴(桑代貴明)としずく(北村沙羅)の兄妹は、母親・夏子(桜井幸子)の入院をきっかけに北海道に行くことになった。5年前の離婚以来、北海道で暮らす野生動物救命所の獣医にして父である大慈(船越英一郎)が2人を迎えるが、ほとんど生活を共にしたことのない父との生活に兄妹は戸惑いをみせる。美しい大自然やたくさんの野生動物たちとの出会いと触れ合い、そして大慈の妹で動物カメラマンの千恵(深田恭子)や牧場で働く拓馬(濱口優)の優しさによって、寂しさを徐々に吹き飛ばしていく。そんなある日、しずくは一人ぼっちのオオカミに似た子犬に出会う。母親と離れ離れになった子犬に自らの境遇を重ねるしずくは、世話することを条件に飼うことを許してもらう。“ウルル”と名付けたその子犬との幸せな日々。それは、いつまでも続くのだと思えた。(光石研)が大慈の家を訪れ、ウルルは犬ではなく、絶滅したはずのエゾオオカミの子供の可能性が高いと主張し、しかるべき機関で預かるべきだと言う。ウルルを預けてしまえば、もう二度と自分たちの元へ戻ってこないと思った昴としずくは、母親オオカミの元へ返そうと、ウルルを連れて、旅に出る。「オオカミの国」と呼ばれる伝説の“ホロケシ”(アイヌ語で“オオカミの棲むところ”の意)を目指して......。