そこは人と神が袂を分かつ、運命の時代。六つの探索(オーダー)を駆け抜けてきた二人――藤丸とマシュが挑む最後の戦いが始まる。デュエル・マスターズ!!主人公・切札勝(ジョー)は絵を描くこととデュエマが好きな小学4年生。ある日、「水文明」のマスター候補・キャップと出会ったジョーは新たな力「超ガチャレンジゾーン」を教わる。ジョーに協力を頼むのだった。そんな中、なぜか敵であるゼーロの元にもキャップの姿が・・・。ゼーロにも「超ガチャレンジゾーン」を伝授しパワーアップさせるのだった。