ERRORこの広告は、90日以上更新していないブログに表示しています。2017-10-18Pandasで全て欠損値(NaN)の行を除く特定のカラムを除いた後にすべて欠損値の行ができてしまうと後の解析でエラーを吐く可能性があるので取り除いておきたい場合がある。any()をaxisとともに組み合わせて他にも色々できる。0.5追記:strが含まれていると、型がうまく反映されず、np.nanが"nan"になってしまうことがある。この場合isnull()がすべてFalseを吐く。以下のようにアドホックに置換するのが一つの解。np.nan).isnull()以下検証。'lower'pipでバージョンを指定せずに導入したのでPyMC3のバージョンは3.1だった。解決策はPyMC3のバージョンを3.0にダウングレードすること。pymc3==3.0もう一つの解決策はpm.sample()の引数の書き方を変えること。init='ADVI')PyMCについて詳しくないので適当に調べた経緯を以下に。https://github.com/pymc-devs/pymc3/issues/2357Git-hubのissueで開発者が一方的にコメントしClose、解決したかのようになっているが、実際にはpm.sample()の書き方によってはエラーが残る。start)と書くとv3.1ではエラーが出る。v3.0ではそのまま動く。init='auto')などのように別の書き方が必要。これならv3.1でも動く。installしたツールを叩くqsubで計算クラスターにジョブを投げる際、ローカルインストールしたツールを叩きたい時がよくあります。いままでは何も考えずにスクリプトに直接絶対PATHを書いていたのですが、ツールによってはその内部でPATHに通っている別のプログラムを呼び出しているものがあります。script.plと叩くと、それ自体はローカルインストールしたPerlによって呼び出されますが、その中で叩かれている別のスクリプトは計算サーバのPATHのPerlで実行されてしまいます。言われてみれば当たり前なのですが、気づかないとなんでエラーが出てるのかわからんということがあります(ありました)。script.plとしておけば、qsubを投げた場合でも常に自分のlocalのツール群が呼び出されるのでいいですね。directoryにcdしておいてもいいと思います。fooPyenvにAnacondaまで組み合わさってPATHが複雑になってるのかと思ったが、sys.pathで確認しても問題はなさそうだった。condaこれで確認したところ、もともと(Pyenv外に)入っていたAnacondaが読まれていただけだった。13:28PyenvのAnacondaでインストールしたモジュールがインポートできない(解決)Tweet広告を非表示にするもっと読むコメントを書く2014-02-26動画まとめaLeavesは最終確認をしてもらっているので上がりませんがもう全部できています。要請が来たので修正しました。系統樹推定についてよくわかっていなかったらしく、MAFFTサーバに渡してからの作業が結構適当だったようです。treeというようで、これは系統樹とは言わないそうなんです。ここからマルチプルアラインメントを作成し、NJ法などの計算を経たものを系統樹と呼ぶらしいです。撮り直しから編集まで一往終了しました。h_onoさんにチェックしていただく動画が2つたまっているので早くあげたいです......。あとJavaの調子が悪くて直すのに時間がかかりました。古いバージョンのJavaをアンインストールしないと不具合が出るみたいです。他のPCでも確認したほうがいいかも。2一通り編集も終わって原型ができてしまったのですが、h_onoさんが不在だったためうpは次回になりそうです。いうことでこのブラウザの特徴を言葉で書いていこうと思います。(前回消えたやつや)・遺伝子のIDを入力することで、その遺伝子発現量を見る。・イラストに色がついた形で、見やすく表示される。いじることで組織別、ステージ別、与えたストレス別、標準化方法別に見ることができる。最大の発現量の部分と最低の発現量の部分の間のグラデーションが赤から青まで最大のコントラストで変化するように倍率で表示し、"Compare"は2つの遺伝子IDを入力することによりその差を倍率で表示する。・詳細に数値が知りたい場合は、データテーブルやチャート図を表示することもできる。比べることもできるかもしれません。全体的に発現量が高いとか、低いとか、差が見にくい場合や、foldの値をみたいときに用いると良いです。Compareが一番実用的で、ハウスキーピング遺伝子などと比較することにより、別の実験データとの比較もしやすくなります。チケット発行者のiNutさんとお話もしました。使う上での注意点は、目的の遺伝子IDがわかっていないといけないということです。「成形の葉で特異的に発現している遺伝子を探す」ということはできません。自分の知りたい遺伝子が分かっている状態で、その機能が不明なのであれば転写因子などと比較して目星をつける、あるいは他種の植物から採った自分の実験データをホモログのデータと照らし合わせるなどという使い方になるでしょうか。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。