2階に1面2線の島式ホームをもつ。出入口は2ヶ所と少ない。ホーム中央に改札とホームを結ぶエレベーターがある。地上へのエレベーターは1番出口付近にある。バスのりばに通じる1番出口には上下両方向のエスカレーターを設置している。2番出口は、二十四軒手稲通を挟んで北側の発寒2条5丁目にある[4]。当駅と宮の沢駅は、ホームと改札を結ぶエスカレーターが従来のものと違って方向別で向きが異なっている。このため改札から下りる分にはスムーズであるが、ホームからは改札と逆方向に上るために、遠回りとなっている。よると、2017年度の1日平均乗車人員は8,837人であった。駅開業後の1日平均乗車人員の推移は以下の通り。発寒南バス発着場1〜4番のりばは1999年(平成11年)2月25日に供用開始した「発寒南バス発着場」。4番のりばは降車専用。バス発着場以外を含んだ「発寒南駅前」に発着するバスは、2018年(平成30年)12月現在平日1日あたり319便[9]。2019年(平成31年)4月1日現在。バス発着場はジェイ・アール北海道バス(琴似営業所)が使用[10][11][12]。平和の滝入口行(西野二股経由、発42は盆期間は手稲平和霊園まで延長運行[13])。