台風13号の影響で南ぬ島石垣空港と与那国空港を発着する空の便は、4日午前から遅延や欠航などが発生した。日本トランスオーシャン航空(JTA)と琉球エアーコミューター(RAC)で合わせて24便が欠航、1882人の足に影響が出た。全日本空輸(ANA)と新興航空3社でも遅延などがあった。石垣島と各離島を結ぶ離島航路も全便欠航となり、空と海のダイヤは終日、大きく乱れた。市内の路線バスは終日通常運行した。JTAは、石垣|那覇など14便、RACは石垣|那覇や石垣|与那国など10便が欠航。ANAとソラシド・エア、ピーチ・アビエーション、バニラエアでは最大1時間以上の遅延が発生した。5日は、JTAの一部の便が欠航するほか、RACの石垣、与那国を発着する便とANAの石垣を発着する便、ピーチ、ソラシド・エアの全便で欠航が決まっている。離島航路を運航する安栄観光と八重山観光フェリーも全便欠航を決めている。空港では、旅程を早めて振り替え便を求めたり、キャンセルを待ったりする観光客らで混雑した。東京から友人と2人で石垣島を訪れた女性は「帰る便が欠航した。どこも満室で今夜、泊まる宿が見つからない」と不安げだった。3泊4日の日程で家族3人で訪れた男性は「便を早めて今日帰ることにした。日程が短くなって残念だが仕方ない」と疲れた表情をみせた。一切の責任を負いません。