ヒナミ)の“処分”が決まった。彼女のことを幼い頃から知る金木は、すべてを失う覚悟でヒナミを救い出す。カズイチ)率いる一団もまた、ヒナミを助けようとコクリアを急襲。きしょう)が立ちふさがる。レンジ)の力も及ばず追い詰められていく一同。そこに現れ、有馬に対峙したのは、かつて捜査官時代に彼を師と仰いだ金木だった――。月山が「あんていく」にやってきた。月山は、カネキが共喰いを繰り返し「赫者」になろうとしていると芳村(ヨシムラ)に報告する。そんなカネキを心配するヒナミは月山に誘われ、とある喫茶店を訪れるが、そこで高槻泉と再会する。カネキの事を相談するヒナミに、高槻は連絡先を渡し立ち去る。その頃、「あんていく」の芳村の元にカネキが訪れていた。CCGの護送車が、「アオギリの樹」に襲撃された。ヒナミ)は、その襲撃事件にカネキが関わっている事を知り、それぞれに心を痛めていた。セン)のサイン会に、トーカに迷惑をかけまいと一人で出かけていく。ヒデヨシ)と再会する。アオギリ兵たちが撤退し、「あんていく」での激しい戦いは終焉を迎えようとしていた。その最中、カネキたちの身を案じて「あんていく」への道をひた走るトーカ。人間と喰種、それぞれの想いが交錯する中、崩壊間近のあんていく店内でカネキが選んだ答えは...。ケン)は「あんていく」から去っていった。トーカは現実を忘れようと受験勉強に打ち込み始める。その頃、アオギリ戦で大きな損害を出したCCGは、「アオギリの樹」を完全に殲滅するため、再び動き出していた。その最中、10年前の対「梟」戦を経験している黒磐は、アオギリ戦での「梟」の違和感に気づく。アオギリによるコクリア襲撃から数週間。「眼帯」ことカネキは、共喰いを繰り返し「半赫者(はんかくじゃ)」となっていた。コクリアでのアオギリとの戦いでカネキと交戦し、苦戦を強いられた篠原は、カネキを「キケンだ」と感じ、亜門にそのことを告げる。その頃、アオギリのアジトに戻ったカネキは......。功善(クゼン)という名の喰種がいた。人を、喰種を殺し続けた功善は、孤独な日々を過ごしていた。その能力を買われ、ある組織と手を組むようになるが、孤独感は癒えないままだった。そんな時、功善は通っていた古い喫茶店で憂那(ウキナ)というひとりの人間の女性と出会う。ふたりはやがて愛し合うようになるが...。ツネヨシ)総議長より「梟討伐作戦」の決行の断が下された。対象の居所は...「あんていく」。大規模な作戦になることから、選ばれたCCGの捜査官たちは遺書を書かされ、それぞれが死と向き合う。20区がCCGによって封鎖。「あんていく」は梟討伐部隊に包囲される。その一報を耳にしたカネキ、そしてトーカは...。「あんていく」とCCGの激しい攻防は続いていた。ガン)特等捜査官と戦う。)准特等捜査官たちと戦う入見(イリミ)カヤは、逃げ遅れた老婆を庇って負傷。民間人を巻き添えにしてでも攻撃をしかけてくる鉢川たちの前に、ついに死を覚悟するが...。梟の攻撃から什造を庇って、篠原が倒れた。時を同じくして、アオギリがCCGとの戦いに乱入、アオギリ兵たちの猛攻にCCGは次第に形勢不利となっていく。カネキはあんていくへの道を封鎖する亜門と対峙していた。互いに一歩も譲らない戦いの中、ついに決着の時が訪れる...。人を喰らう怪人“喰種(グール)”が潜む東京。好戦的な喰種集団「アオギリの樹(キ)」のアジトでは、アオギリと「CCG(喰種対策局)」、そして「あんていく」の面々が激戦を繰り広げていた。イワオ)らはSSSレートの喰種「梟(フクロウ)」と戦い苦戦。シュウ)の3人はアオギリの幹部・ノロと対決。トーカ)は、アヤトの圧倒的な力の前に追い込まれていた。最後の一撃がトーカを襲おうとしたその時...。ヒナミは「あんていく」でカネキに漢字を教えてもらっていた。新しい字を次々と覚えて喜ぶヒナミは、もっとたくさんの字を覚えて父親をびっくりさせたいと、リョーコと共に本を買いに出かけていく。その頃、CCG捜査官の草場と中島が、母娘の喰種に絞って付近で捜査にあたっていた。異変に気が付いたリョーコはヒナミの手を引いて逃れようとするが、そのときヒナミはある“異変”に気付き...。ヒナミの母・リョーコがCCG捜査官・真戸の手によって命を落とした。何もできなかったことを後悔するカネキ。その知らせを受けたトーカは仇を取ろうと芳村に訴えるが、「皆の安全の為」と聞き入れてもらえない。CCGに顔を見られてしまったヒナミを“24区”に移す案を告げられてしまう。納得いかないトーカは、リョーコ、そしてヒナミを思い、ある決断をする。