清雲寺の開基は三浦氏2代の為継。本堂裏手の小丘に墓である五輪塔がある。その左右には、深谷地区にあった円通寺跡のやぐらから昭和14年に移された、為継の父の為通と、子の義継の墓といわれる、2基の五輪塔が並んでいる。当初は天台宗の寺院であったが、円覚寺102世の大雅省音が中興し、臨済宗に改めている。主な花オミナエシ8月中旬8月下旬9月上旬9月中旬9月下旬8月中旬の盛夏頃から、9月の秋彼岸にかけて本堂前にオミナエシの黄色い花が開花する。オミナエシは秋の七草であるが、見頃は8月下旬から9月上旬にかけてである。春の境内は、まず本堂前の曙桜が2月下旬から3月初旬に開花し、続いて4月上旬はソメイヨシノの大木が開花、それが終わると4月下旬頃には、珍しい黄緑色の花をつける御ぎょいこう衣黄桜が庫裡の前に開花し、一春に三種類の桜を見ることが出来る。