graphを利用したメタゲノム用の高速アセンブラである。MEGAHITはFASTQをインプットとし、Paired-endとSingle-endの両方に対応している。te...MEGAHITのPaired-endアセンブリが怪しい2017-12-06Bowtie2で許容編集距離を設定するBowtie2のoptionは複雑で、とりあえずデフォルトで回してからSAMをパースしている人は多いかもしれない。マニュアルを良く読むとスコアをきちんと設定すれば色々設定できる。maximu...Bowtie2で許容編集距離を設定する2017-11-24PythonのListとDictionaryの検索機能の速さ"in"を使って要素の有無を判定する時、ListとDictionaryで速いのはどちらなのだろうと疑問に思ったので調べた。...PythonのListとDictionaryの検索機能の速さ2017-11-13PythonのnetworkXを使ってpathway解析をするある遺伝子(機能)セットと代謝ネットワークデータを用いて、上流の化合物から下流の化合物に行くpathwayがあるか調べたい。installするアダプタープライマートリムツールであるcutadaptをローカルでインストールしたバージョンで動かしたいという場合の方法。cutadaptはpipでインストールすることができるが、実行時に実際に直接叩いているのは以下のスクリプト。記述があるものの、まだドキュメントが作成されていないようだったので調査。mafftのドキュメントにはないが、binaryの中に"mafft-distance"(source)と言うものがあったので使ってみ...MAFFTでアラインメントの距離行列を得る2017-10-23Pythonで配列のJaccard距離を計算する(scipy.spatial.distance.jaccard)Jaccard距離とは2配列間の距離(類似性の逆)をその要素の正誤によって求める指標である。配列の要素がNaNかNaNでないか(または0か0より大きいか)を区別したい場合と、完全に値が一致しているかしていないかを区別したい場合などがある。scipyにはsc...Pythonで配列のJaccard距離を計算する(scipy.spatial.distance.jaccard)2017-10-18Pandasで全て欠損値(NaN)の行を除く特定のカラムを除いた後にすべて欠損値の行ができてしまうと後の解析でエラーを吐く可能性があるので取り除いておきたい場合がある。installしたツールを叩くqsubで計算クラスターにジョブを投げる際、ローカルインストールしたツールを叩きたい時がよくあります。"...PyenvのAnacondaでインストールしたモジュールがインポートできない(解決)2014-02-26動画まとめaLeavesは最終確認をしてもらっているので上がりませんがもう全部できています。要請が来たので修正しました。系統樹推定についてよくわかっていなかったらしく、MAFFTサーバに渡してからの作業が結構適当だったようです。2一通り編集も終わって原型ができてしまったのですが、h_onoさんが不在だったためうpは次回になりそうです。いうことでこのブラウザの特徴を言葉で書いていこうと思います。(前回消えたやつや)・遺伝子のIDを入力することで、その遺伝子発現量を見る。1調査報告を書いていたのですがログアウトされて全部消えていたので面倒なので書きません。チケットにある調査依頼はクリアしているので撮影しました。動画を撮り終わって2分ほど編集しました。12013-12-25aLeaves2作った動画を確認していただいたところまた仕様が変わるらしくpendingらしいです。緊急で作ってと言われたのに仕様変更を差し挟むとはなかなか気が利いていますね。アップ出来たら載せられる予定だった文章でも貼っておきます。trees分子系統解析をするツールです。なんか1日で動画編集終了まで行ってしまったので確認したらすぐ上がると思います。統合TV(togotv)|生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル出来ました。今回は慣れている分野だったので早業かも。動画で使っているデータは自炊したもので貼っていいか分からなかったので貼ってません。ABIの...GeneStudio32013-11-20GeneStudio2GeneStudio1に追記しましたが、複数のreadsをアセンブルするにはGeneStudioがとても便利だということがわかったので、こちらを用いて解説動画を作ります。softwareDNA配列のサンガーシークエンスによって得られた波形ファイル(ab1)を扱うソフトウェアです。複数の配列ファイルをマルチプルアラインメントしたり、断片をアセンブルしたりするのが主な用途です。3この前撮影したものについて、8割方編集が終わりました。英語を翻訳する(あるいは翻訳されたものを探す)のが時間がかかりますねぇ。追加調査についてはまた次週。2サイトの機能としては、(Webツールとして解析するのではなく)データベースとして解析結果を表示するというシンプルなものだったので、短めになりそうです。撮影してすこし編集しました。使い分けがなんとなく理解できたことにしておきます。4編集が終わりました。動画のアップは来週になります。42013-06-26GeneSigDB3動画の編集中です。6割くらい編集が完了しました。Camtasiaが新しくなったことに加えて、若干日本語訳しにくい言葉遣いのサイトなのですこし編集ペースが遅い気がします。ためしに動画を撮り始めました。GeneSigDBをが何の役に立つのかいまいちわかっていないのですが、主に疾患の論文に記載されているマイクロアレイなど実験結果の遺伝子セットが大量に登録されています。次はGeneつながりでGeneSigDBの動画を作ろうと思います。これはGOやKEGGなど、個別の遺伝子に関するデータベースはあるものの、Ge...GeneMANIA完成、GeneSigDB12013-05-29GeneMANIA3できました。動画ファイルの出力までは終わったのですが、Tダイアリーを書く暇がなかったのでうpは来週にします。最近動画を作る手際が良くなってきたような気がします。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。