参加、協力してくださる方を必要としています。方法や詳細はポケモンWikiに投稿するにはをご覧ください。スマートフォン利用の方は最下部のリンクにて、モバイル/デスクトップ表示の切り替えが可能です。)は、2015年9月17日発売のニンテンドー3DS専用ソフト。〜マグナゲートと∞迷宮〜に次ぐシリーズ最新作。オメガルビー・アルファサファイアまでに登場した720種のポケモン全てが登場する。主人公は御三家のポケモンとピカチュウ、リオルの20種のポケモンから選ぶことができる。前作までと違う点・新システム質問システムの復活マグナゲートで廃止された主人公のポケモンを決める質問が復活した。これまでのものと違い、結果に満足しなければ自分で主人公を決めることもできる。前作では一部ダンジョンのみおなかシステムがあったが、今作では最初から存在している。前作までは相手に効果がないタイプの技で攻撃してもダメージを与えられたが、今作ではポケモン本家と同じ仕様になり、相手に効果がないタイプの技ではダメージを与えられなくなった。リングル・ラピス新アイテムとしてリングル・ラピスが登場。リングルをポケモンに持たせ、そのリングルにラピスをはめることで様々な効果を受けることができる。レンケイレンケイを使うと味方ポケモンが使った相手ポケモンの周りを囲み、一斉に攻撃する。その際タイプ相性を無視して攻撃することができる。一部のとくせいの変更たとえばゆうばくはもともとひんしになったときに周囲8マスに爆発を起こすとくせいであったが、今作からは直接攻撃で大ダメージを与えると、相手に反撃を与えるとくせいに変更された。ポケモンを押す以前までは十字キーを入力すればすれ違えたが、Bボタンをおしながら十字キーを入力をしないとすれ違わない。逆に十字キーを入力するとポケモンを押せる。ちなみに敵ポケモンも同様に押すこともできる。水の大陸にある小さな村。ポケモンになってしまった主人公はこの村のコノハナの家でお世話になる。パートナーもこの村に住んでいる。タウン水の大陸にある町。世界の様々な場所を探索し、世界地図を作ったり、世界の謎を明かしたり、時には困っているポケモンを助ける組織。パートナーはこの組織に入って世界中を巡る夢を持つ。注意:以降の記述には、作品の内容やあらすじ、登場人物などのネタバレが含まれます。ご理解の上ご利用ください。人間の世界とは異なる別次元の宇宙。そこには「ポケットモンスター」、縮めて「ポケモン」と呼ばれる生命体だけが暮らす地球型惑星があった。宇宙の中、地球の前に現れたデオキシスは何故か住処のオゾン層から逃げる様に飛び去るレックウザを目撃する。その頃、星の「水の大陸」で目覚めた主人公は水を飲もうと寄った川で水面に映る自分の姿を見て、自分がポケモンになっている事に気付く。主人公は自分が人間だという事と名前以外の記憶を失っていた。困惑するのもつかの間、主人公はどういう訳か3体のオーベムに迫られ、偶然通りかかったコノハナ共々逃げる羽目になる。その途中で「ジョバンとうげ」と「シンリョクのもり」を通り抜けた後、事情を知ったコノハナは故郷の「おだやか村」にある自宅に主人公を匿う事にする。Chapter-2「○○との出会い」おだやか村に辿り着いた主人公はコノハナの自宅に居候しながら学校に通う事となった。コノハナが入学手続きをしに家を出た後、主人公は窓から自分を見つめる影に気付いて外に出るが、それはオーベム達ではなく、隣の家に住むポケモン(以下よりパートナーと表記)だった。パートナーは興味津々で主人公を村の広場に案内するが、いたずらの件で義父のアバゴーラや村民から逃げる羽目に。取り残された主人公は村の出口でシキジカとチョボマキの会話を聞き、後を追って「こわそうな森」に向かう。そこにはシキジカやチョボマキの他にヤンチャムがいて、ヤンチャムに焚き付けられたヌメラが森の奥に入ったまま戻ってきていないという。誰も森に入りたがらない中、主人公は自力で森の奥に行き、ヌメラを連れ帰る。Chapter-3「大きな木のある丘の上で」ヌメラを救助した翌日、広場の傍にある学校に通う事になった主人公。そこには昨日会ったヤンチャム達やパートナーも通っていた。放課後、主人公は一緒に帰宅中のパートナーに誘われ、パートナーのお気に入りの場所に向かうが、その途中でヤンチャムとチョボマキに出くわす。主人公は自分を気に入らないヤンチャム達から「モグリュー炭鉱」に行って赤い石を取ってこいと焚き付けられ、パートナーも勝手に付いてきてしまう。パートナーと共に炭鉱に入った主人公は赤い石がある立ち入り禁止の場所に入るが、奥にいたガバイトに宝石泥棒と誤解され戦う羽目に。戦いに勝った後、モグリュー達の説得で誤解が解けた主人公達はガバイトの計らいで宝石の保管部屋を鑑賞し、炭鉱を去った。その後、主人公達はパートナーのお気に入りの場所に向かった。そこは村が一望できる、大きな木の生えた丘だった。その丘でパートナーは本来なら子供が入れない調査団に入って世界を旅したいという自分の夢を主人公に打ち明けるのだった。村の学校で始まった課外授業。ニャスパー以外の生徒達はカモネギ先生から「学校うらの森」の奥にあるフラッグを取って帰ってくるという課題を出され、2組が学校側が用意した道具を持って出発する。主人公とパートナーはヌメラと共に森の奥へと進んで一足先にフラッグを手に入れるが、最後の最後でヌメラを置き去りにしてしまった事を責められてしまう。帰宅中、落ち込んだパートナーは皆からうっとおしいと思われていると考えてしまう。主人公に反応を聞いてしまった事で余計に落ち込んでしまい、先に帰ってしまう。翌日、自分だけで学校に向かった主人公はヤンチャム達に自分の夢をからかわれて怒るパートナーだった。その後、ミルホッグ教頭が行う課外授業でチョボマキ以外の生徒が2組に分かれて「キララ山」を探索する事に。そこで主人公はシキジカやニャスパーと組んで山の奥に行き、フラッグを持ち帰るが一足遅かったパートナーとヤンチャム達は互いに喧嘩してしまう。帰宅中、主人公は後から来たシキジカとヌメラと会話し、パートナーとの関係が微妙だと知る。学校に向かおうと広場に行った主人公はアバゴーラ達とスボミーの会話を聞く。アバゴーラ達の話によると「カンロ草原」でハチミツ作りが始まっていて、その間はポケモン達の気が高ぶっていて危険だという。その後、学校に来た主人公はヤンチャムに自分の事を聞かれ、自分が人間であると話すが、皆にはにわかにしか信じてくれない上にヤンチャムに嘘つき呼ばわりされてしまう。その日、生徒達はまたもミルホッグ教頭による課外授業を受ける。翌日、タブンネ保険医による保健体育の授業の最中、コノハナの近所に住むロゼリアが訪ねてきた。ロゼリアは子供のスボミーがいなくなったとで探しているらしい。主人公はスボミーがアバゴーラ達の会話を聞いていたのを思い出すが、生徒達に話しても信じてくれず、自分だけで助けに行こうと学校を抜け出してしまう。後から抜けてきたパートナーと共に主人公はカンロ草原に向かい、奥でスボミーを発見する。スボミーは体調不良を抱える母親のロゼリアの為にハチミツを買いに来たが、スピアーとミツハニー達に泥棒と勘違いされていた。主人公とパートナーは自分達を泥棒仲間と思い込んだスピアー達との戦いに勝ち、スボミーは誤解を解いてくれたビークインからタダでハチミツを貰って村へ帰る。夜、村外の丘でスボミーとロゼリアからお礼を受け取った主人公は友達になって欲しいというパートナーの頼みを受け入れる。主人公はパートナーが赤ん坊の頃から持っていたスカーフを首を巻く。それこそがパートナーとの友情の証となるのだった。その頃、海の何処かでジュゴンがランターン達を連れて底へと向かっていた。そこでランターン達は石の様に固まったホエルオーを目のあたりにする。久しぶりにパートナーと一緒に登校しようとする主人公は広場であっちこっちぶつかりながらフラフラ歩くデンリュウに遭遇する。そのデンリュウはさすらいのスタイリッシュ旅ポケモンと名乗り、フラフラと去ってゆく。ところがデンリュウはカクレオン商店にぶつかった拍子に謎の青い水晶玉を落としていた。商店のカクレオン店主から落とし物の玉がポケモンの関係を映し出すつながりオーブであると聞き、アバゴーラからはデンリュウが「ニョロボンリバー」に向かったという証言が手に入った。リュウにつながりオーブを返す為、主人公達はニョロボンリバーに足に踏み入れるが、その奥地を縄張りにしていた凶暴なニョロボン三兄弟達に襲われる。なんとかニョロボン達をやっつけた主人公達だが、その1体が再び主人公に襲い掛かる。そのニョロボンは突然現れたデンリュウに再び倒されるのだった。夜、村外の丘でデンリュウはパートナーが調査団に入りたがっていると聞くと、見習いから始めてみてはと調査団バッジ、調査団バッグ、調査団ガジェット、そして自分が落としたつながりオーブを主人公に託す。主人公達が去った後、自分用の調査団ガジェットでデデンネからの通信を受け取るデンリュウ。リュウは調査団の団長だったのだ。して調査団見習いになった主人公達は翌日以来、学校が終わると調査活動を始める様になり、つながりオーブに映ったポケモンの悩みを解決したり、頼み事を叶える事で着々と仲間を増やしていく。Chapter-7「夏休み!」おだやか村に夏が訪れ、学校も夏休みに入った。休学中も調査活動をと意気込む主人公達だがその矢先にデンリュウが村が去ってしまい、自力のみで調査を続ける。ある日、広場でヤンチャムとチョボマキに会った主人公達だが、ヤンチャムから夜の学校にオバケが出るという噂を聞いてパートナーが失神。恐怖が苦手なパートナーはテンションが下がったせいでその日の調査を止めてしまう。その翌日、夜中に学校で見回りしていたミルホッグ教頭が朝になって倒れていたという事件が起こり、それ以来、ミルホッグ教頭は自宅で寝込んでしまう。その日の夜、学校で見回りしていたカモネギ先生がタブンネの近くで行方不明になってしまう。翌日、主人公達はシキジカとヌメラに呼ばれて学校に来てみるとそこには先生と村民、ジバコイル保安官達が来ていた。事件について手がかりが少なく、ジバコイル保安官達は聞き込み調査を続ける事に。翌日、行方不明になっていたカモネギ先生が記憶が曖昧な状態で発見され、ヒヤッキー校長は夜中に学校に近づかないと忠告する。Chapter-8「きもだめし」カモネギ先生が発見された翌日、主人公とパートナーを含めたクラスメイト達はヤンチャムとチョボマキによって肝試しに参加する事になってしまう。その日の夜、皆は窓からこっそり家を抜け出して学校に集合。授業の時の様に席に着くが、ヤンチャムがオバケを呼んだ為にパートナーが失神してしまう。すると謎の声と共に青白い炎とオバケの影が現れ、途端に全員気を失ってしまう。目覚めてみるとヤンチャムとチョボマキの姿が見当たらなくなっていたが、唯一失神しなかったニャスパーは炎に連れ去られるヤンチャム達をこっそり尾行していた。それによるとヤンチャム達と炎は村の南にある「いにしえの骨跡」に入っていったらしい。ヤンチャム達を助ける為、その中に入った主人公達は一番奥でギラティナとヒトモシ達に遭遇するがあっさりやっつけてしまう。ギラティナの正体は、ユニランだった。ヒトモシ達はポケモンを怖がらせてエネルギーを得ていたが、繰り返す内にみんな怖がらなくなったのでユニランにギラティナの幻像を作らせ、過激な行動に出てしまったという。主人公達はヒトモシ達の行いを許し、脅かす時はやり過ぎず、時には親切にしてと約束させる。してオバケ騒ぎは解決したものの、主人公とパートナーはアバゴーラに厳しく説教され、ヤンチャム達も親に叱られてしまうのだった。肝試しの翌日、罰としてパートナーはアバゴーラに家中の掃除を押し付けられ、主人公は代わりにクラスメイトを誘って調査活動に出かける。その後、調査を終えて帰って来た主人公と掃除を終えたパートナーはコノハナから、神聖な場所ゆえに行ってはいけないといわれている「テンケイ山」の話を聞く。その翌日、いつもの様に広場に向かった主人公達はペリッパーが飛び去る場面を目のあたりにする。村民によるとペリッパーがポケモン石化事件を知らせに来ていたらしい。翌日、主人公達は調査を始めようとしてコノハナに呼び止められる。コノハナはテンケイ山が主人公に起きた現象と関係あるのでは思い、確かめる為にこっそり忍び込もうと考えたという。コノハナの誘いに乗り、主人公達はテンケイ山に向かうが、警備が厳重な為に途中で引き返せざるを得なくなってしまう。Chapter-10「旅立ちの時」テンケイ山を途中まで登った日の夜。手がかりを掴めなかった主人公はオーベム達が村に来る事態を想定し、村から立ち去ろうと考え始める。翌朝、主人公は指がチカチカ光る何者かの噂話を聞き、オーベム達が村に近づいていると確信する。調査活動の後、主人公は村から出る件をパートナーに相談するが、調査団に入りたいパートナーは自分も村を出ると賛同。この先の事が決まり、主人公とパートナーは説得しようとするがアバゴーラだけでなくコノハナにも反対され、その翌日には他の村民からも同じ反応が返ってきてしまう。翌日、調査活動を終えた主人公はパートナーからこっそり村を出ようと持ち掛けられ、今夜から家を出る事になる。夜、家から抜け出した主人公達はパートナーのお気に入りだった丘を見納めにしてから出口に向かおうとするが、そこへクラスメイト全員が追いかけてくる。ヤンチャム達は密かに主人公達を調べていたニャスパーから連絡を受け、見送り目的で家を出たという。主人公達はヤンチャムから手紙を渡されるが、そこには事情を知った村民達のメッセージが書かれていた。これまで無茶で危険な行動を取る子供に反対してきた大人達だが、心の中では夢を叶える為に頑張ると信じて見守っていたのだ。大人達からの励ましの言葉に感動した主人公とパートナーはおだやか村に別れを告げ、調査団の拠点が建つ「ワイワイタウン」に向かって旅立つ。調査団に入る為、またオーベム達の件でおだやか村を巻き込まない為、村を旅立った主人公とパートナーは「キリタッタ山脈」とその先の「なだらかな洞窟」を越え、ワイワイタウンに到着する。タウンの中央で主人公達はワルビルに金をたかられそうになるが、何故かペロッパフを追いかけるデデンネ、ホルビー、ブイゼル、アーケンに2度も振り回され、ワルビルは諦めて立ち去ってしまう。その後、北側にポケモン調査団の拠点を見つけて中に入るが、そこへデデンネ達がどたどたと入ってくる。空腹で倒れた団員の為に食べ物を街から集める羽目になる。夜、主人公達が集めた食べ物で満腹になる団員達。パートナーは自分達を調査団に入れて欲しいと頼むが、子供は入れていけないという規則を団長が決めている為に断られてしまう。その時、主人公達の後ろから来たのはデンリュウとクチートだった。主人公達と再会したデンリュウ団長は事情を聞くと気まぐれからか規則を取り消しにし、主人公達の入団を認定。して主人公とパートナーは見習いから正規団員に昇格したのだった。調査団に入団した日の翌日、昨日の騒動でデデンネ連絡員が壊したガショエタワーを直す為、主人公達はデンリュウ団長から極端に眠気のあるジラーチ天文学者を起こして欲しいと頼まれるが、寝相が悪過ぎるジラーチと戦う羽目になってしまう。戦いで目が覚めたジラーチは早速、ガショエタワーの修理を始める。翌日、ガショエタワーの修理が終わり、主人公達のつながりオーブと連動できる様になる。作る役目を託され、本格的な調査活動に取り組む。活動の中、またもワルビルに金をたかられそうになる主人公達。その様子を見かねたブイゼル調査員が割り込むが、そこへワルビルの兄貴分であるワルビアルが現れる。ワルビアルは次は容赦しないと忠告し、ワルビル共々立ち去る。Chapter-13「海の向こうへ!」アーケン調査員の誘いで海を渡る事となった主人公達はアーケンがカクレオン商店で購入した専用のラプラス便パスポートを手に入れ、ラプラスに乗って出発する。辿り着いた先は水の大陸の東にある「風の大陸」の「パラムタウン」。今回はダンジョンに行かないという条件で街を見回るが途中、出口の近くでポケモンの石化現象が伝説のポケモンにまで及んでいる事を知ってしまう。その直後、空から何かが墜落。その何かが「神秘の森」に落ちたので街の皆が騒ぎ出し、主人公達は森に向かう事に。森の奥に辿り着くとそこには石になって墜落したラティオスとラティアスの姿があった。その現場にエンテイが姿を現す。エンテイは主人公達を石化事件の犯人と決めつけて襲い掛かろうとするが、目の前にアーケンが立ち塞がる。主人公達が調査団だと知ったエンテイはセレビィがここにいない事を悟り、邪魔はするなと忠告しながら姿を消したのだった。拠点に帰った後も調査活動を続ける主人公達。そんなある日の夜、デデンネから2日後に行われる遠足について発表される。発表から2日後、待ちに待った遠足の日。デデンネとジラーチ以外の団員達はラプラス大陸便を利用し、途中で嵐に遭いながらも南側にある炎の島に到着。団員達は3つのグループに分かれて山の頂上を目指す。主人公達はブイゼルと共に「炎の島の火山」の中を進むが、途中でブーバーンとブーバー達が襲い掛かる。それをなんとか退けるのだが、頂上には島の主であるエンテイがいた。ブイゼルはエンテイに一騎打ちを仕掛けるが力の差は歴然。そんなブイゼルを庇う様に主人公達はエンテイに戦いを挑むが、逆に追い詰められてしまう。先に主人公を始末しようとするエンテイだが、突然スカーフが光りだし、主人公とパートナーは最終進化形の姿に変わってしまう。理由は分からないものの主人公達はこれまで以上に増したパワーでエンテイを圧倒。エンテイは倒れ、主人公達は元の姿へと戻る。それでも立ち上がるエンテイだが、頂上にはデンリュウとクチートが待ち構えていた。リュウはエンテイが石化事件の犯人ではないかと疑い、遠足と称して今回の作戦を立てた。ブイゼルを含めた一部の団員以外には本来の目的を伏せていたのだ。エンテイが犯人ではないと確認したデンリュウはすぐに島を立ち去ると約束し、了承したエンテイも一同の前から姿を消すのだった。約束通りすぐさま主人公たちは島を立ち去ろうとするが、後を追って到着したペロッパフ、アーケン、ホルビーが相当な空腹状態で倒れかけていたため、デンリュウは止む無くエンテイに頂上で弁当を食べていいかと告げ、了承を得た。団員達は弁当を食べながら楽しいひと時を過ごしたのであった。その後、街に帰還し、それからはいつもの調査活動に戻る。そんな中、唯一留守番していたジラーチは拠点に来た客を接待するが、その客とはおだやか村のコノハナだった。主人公達はコノハナの再会を喜び、おだやか村でも何事も無く平和だと知って安心するのだった。この件で主人公の秘密はジラーチを通して全団員に知れ渡る。その後も調査活動が続く中、主人公は石化事件と異常な猛暑に疑問を持ち始めていた。その頃、世界各地ではカイオーガ、ルギア、ゼクロム、レシラム、ディアルガが石化事件を危険視していた。ある日、デンリュウから石化事件の被害者に予告状が出されているという事実が発表され、事件を調べる担当者の増員が決まる。石化事件が進行する中、ワイワイタウンの広場に予告状がばら撒かれた。デデンネが拾い得た予告状によると犯人は「決戦ヶ岳」でエンテイを石化させようとしているらしい。それを確かめる為にデンリュウはクチート、アーケン、ホルビー、ブイゼルを連れて予告場所へ向かうと発表。主人公達は危険だという理由で外されるが、石にされるポケモンを増やしたくないという強い思いがデンリュウに伝わり、クチート考古学者とホルビー調査員が付き添うという条件付きで参加が認められたのだった。リュウ達とは別行動で決戦ヶ丘に向かった主人公達は頂上の近くで自分達を追うワルビアルを発見。見つかったワルビアルは古代の足形文字が描かれた石板を落として逃げてしまう。クチートが石板を回収した後、頂上に辿り着くが時既に遅くエンテイは石にされた後だった。エンテイの石化を機にブイゼルとアーケンは犯人候補として挙がったワルビアルを密かに調査し、住処から書きかけの予告状を発見。その一方でクチートはワルビアルが落とした石板を解読するが、そこには大昔から起きている石化に関する資料が東の古代遺跡にあると記されていた。翌日、デンリュウは石化現象を調べる為に古代遺跡の調査に向かうと発表するが、そこへデデンネが目撃情報を持って出勤してくる。その情報によると行方が分からなくなっていたワルビアルがおだやか村に向かったらしい。遺跡調査はデデンネ、ホルビー、ブイゼル、クチートに任され、主人公達はアーケンと共におだやか村に急行する。石化事件の犯人候補であるワルビアルを追っておだやか村へ戻って来た主人公達。村はまだ平和なままでニャスパーに聞いてもワルビアルは来てないという。そこへコノハナが現れ、テンケイ山にポケモンが侵入したと告げる。山の門番をしていたコノハナの証言からワルビアルが門を壊して奥に向かったと悟り、ニャスパーを残して山へ急行する。壊された門を抜けて上へと登る主人公達だが、ワルビアルは警備に就いていたジバコイル保安官達をも倒して次の門を突破していた。前回は通れなかったルートを抜けて追いつこうとする中、遺跡を調査中のデデンネから通信が入るが、途中で何かが起こり通信が途切れてしまう。主人公達は頂上でピラミッド型のエネルギーシールドに守られた泉を見つけるが、そこには足形文字が描かれた石板が残されていた。パートナーにはその足形文字があっさり読めるらしく、それによると石板には人間の力で泉の封印が解けると示されていた。そこへ再びデデンネからの通信が入った。デデンネ達は遺跡を守るポケモン達に襲われたが事情を説明して凌いだらしく、ポケモンの石化を解く方法も聞き出せたという。驚くべき事に石化を解く方法とはテンケイ山の泉から汲める光の水の事だったのだ。主人公は石化現象に対抗する為に人間の世界から呼び出された存在だったのだ。封印を解く方法が分からないという時にワルビアルが来てしまう。エンテイの仲間であるスイクンとライコウも現れる中、無視して主人公達に迫るワルビアル。違和感を感じながらもパートナー達に迫られた主人公はエネルギーシールドに体当たりし、封印を解く。その直後、コノハナに礼を渡せと言い出すワルビアル。その途端にコノハナは態度が豹変し、礼としてワルビアルを石に変えてしまう。コノハナは石化事件を起こした犯人で主人公をずっと騙し続けていたのだ。本性を露にしたコノハナをパートナー達に任せて泉へ向かう主人公だが、それを阻むかの様に地面に空いた謎のホールからイベルタルが姿を現す。イベルタルは禍々しい闇の力を放ち、コノハナを除いた全員を石に変えてしまう。デデンネ達も遺跡を守っていたポケモン=オーベム達によって石化されてしまう。イベルタルは地球を闇で包み込み、世界中のポケモンに警告した。全てのポケモンからエネルギーを奪い、全てを虚無に変えると―。それを境にイベルタル達は世界各地でポケモン達を次々と石へと変えていった。それから数日が経ち、テンケイ山の頂上にデンリュウとジラーチが到着。そこには石化した主人公達とイベルタル達に光の水を吸収し尽されて枯れた泉が残っていた。おだやか村の村民達もニャスパーを除いて石にされていた。リュウ達はイベルタル達を倒し、石化した主人公達を救うと心に誓うのだった。Chapter-17「虚無の世界」イベルタルによって石にされ、地獄の様な世界で目覚めた主人公達は今の状況に困惑しながらもこの世界を出る方法を探そうと歩き出す。主人公達は「ならくの荒野」を抜け、デデンネやクチートと再会する。クチートは現地の壁に描かれた足形文字を解読し、石化したポケモンの魂がここ=虚無の世界に送られるという事実を掴んでいた。足形文字にはこの世界のポケモンが憎しみなどで生み出された幻影であると記されていた。一方でデデンネは他のメンバーを見つけ出そうとしていたが、近くにしか電波が届かなくなっていた。クチートは大昔に石化され、この世界に来た誰かが足形文字を残したと考えていた。すれば自力でも虚無の世界を出る方法はあるはず。その方法に僅かな希望をかけ、主人公達は「シンエン洞窟」の中を進み、奥でさらなる足形文字を発見。パートナーが読んでみるとそこにはダークマターの事が記されていた。そのダークマターとはポケモンのエネルギーを吸い取り、そのポケモンの石化と引き換えに成長する存在だという。一方の足形文字には虚無の影と書かれていたが、ダークマターも虚無の影も正体が何なのかが全く分からないまま。現地にブイゼル、ホルビー、アーケンが駆け付け、団員達は再会を喜びながら脱出を目指して一致団結する。虚無の世界からの脱出を目指して「静かな岩場」を進んだ主人公達は奥で足形文字を発見。読んでみると生命の木の精気を奪ってダークマターは成長すると書かれていた。クチートによると生命の木とは世界の何処かにある巨木で万物生成の根本である精気の源として世界に命を送り込んでいるとの事。星の命そのものといえる生命の木がダークマターに枯らされれば、世界の存亡に関わるという。その事実を知る主人公達だが、何故かブイゼルとホルビーが見当たらなくなっていた。なんとかブイゼルを見つけたものの、それが偽物だと訴えるホルビー。するとクチートは言葉に違和感を感じてホルビーを攻撃。ホルビーが消えると同時に謎の黒いスライム型粘着物質=虚無の影が出現。主人公達は分裂しまくる虚無の影と戦うが倒しても倒しても影は出続け、ついにはブイゼル、アーケン、デデンネが影に包まれて消失してしまう。主人公までもが影に取り込まれてしまうがエンテイ、スイクン、ライコウの攻撃により難を逃れる。ライコウの力で別の場所に飛ばされた主人公達。実はエンテイ達は虚無の世界から出る為に主人公達を巧みに利用しようと考えたのだ。そのエンテイ達は多少ながら足形文字を解読し、近くにある「地天の山」の頂上に出口があると突き止めていた。自分達だけで元の世界に帰るというエンテイ達に主人公達は従わぜるを得ず、そのまま山を登り始める。その途中で主人公達は発見した足形文字を解読。そこには山の頂上にある希望のとびらの事が書かれていた。その扉を通れば元の世界に帰れるが、無数の虚無の影が地上の光を遮っているので扉が現れないという。読み進めるとダークマターは星の並びで停止すると書かれていた。その記述を残した何者かは生命の木が守られた事でダークマターの停止と共に消滅を免れた世界に戻れると信じていたが、帰った後も遠い未来に起こるダークマターの復活に備えて準備を心掛けていたらしい。解読を終え、先に進んだ主人公達は頂上で希望のとびらを出現させるが、空を覆う虚無の影によって消されてしまう。主人公達は扉を出す為に空から零れ落ちた虚無の影と戦って撃退。扉が現れるが、またも影に消されてしまう。出てくる影に疲れを見せる主人公達。するとエンテイ達は影に一斉攻撃し、クチートは主人公達を攻撃して現れた扉の近くへと吹っ飛ばした。エンテイ達は今まで捨て駒扱いしていた主人公とパートナーを元の世界に帰すと最初から誓っていた。そんなエンテイ達に涙した主人公達は消えそうになった扉に飛び込む。扉を抜けた事で主人公とパートナーは石化から解けて元の世界へ帰って来たが、クチート達とエンテイ達は戻れなかった。それでもエンテイ達から託された願いを無駄にしない為に主人公達はデンリュウに会う為にワイワイタウンを目指そうと決意する。村に戻った主人公達だが、ポケモン1体も見かけなくなっていた。パートナーは義父達を心配しながらもそれを振り切り、無事を信じるしか無かったのだった。以前より増した猛暑の中、ワイワイタウンに戻った主人公達だが町のポケモン達は揃って石にされた後。調査団の拠点では給仕係のペロッパフも石化しており、中には町で店主をしていたはずのカクレオン、ルチャブル、デスカーン、クレッフィが揃って待機していた。カクレオン達はイベルタルによって石化被害が増える中、あずかりボックスを持って逃走し、調査団の許しでここを避難所にしていたのという。デンリュウ達の無事も分かり、カクレオン達も商業としてサポートすると聞いて安心した主人公達はデンリュウに会おうとするが、団長指令室にはデンリュウ達の手伝いをしているニャスパーがいた。村民全員が石化したと聞かされ、思わず飛び出すパートナー。その直後、主人公とニャスパーは何かの視線を感じ、ジラーチの部屋に行くとそこには1体のオーベムが。主人公はニャスパーと共にオーベムと戦うが、そこへやって来たパートナーはオーベムに怒りをぶつける。ところがオーベムは自分は逃げてきたと主張する。そのオーベムは仲間共々操られていたが、主人公達が虚無の世界を出た際に生じた衝撃波によって自分だけ正気に戻って逃亡したという。ニャスパーがデンリュウに聞いた話によるとダークマターは自らが操ったポケモンに石化能力を与えているという。話に半信半疑の主人公達に対し、オーベムは「古代遺跡」の奥深くに生命の木はあると告げる。罪滅ぼしが出来なくとも世界を救いたいというオーベムを信じ、主人公達は古代遺跡に向かう事に。そんな中、主人公達が古代遺跡に向かったとテレパシーで伝えたニャスパーは「コノハナさん」と口にする。生命の木に辿り着く為、主人公達とオーベムは石化を免れていたラプラスに乗って海を渡る。辿り着いた先は東にある小さな島でここから入る「海中洞窟」の奥に古代遺跡があるという。主人公達はオーベムの案内を得て奥へと進み、遺跡に到着。途中でオーベム達によって石にされたクチートやデデンネ達を目の当たりにしながらも先へと進んでいく。最深部には生命の木など見当たらなかった。騙されていた事に気づいた主人公達だったが、それはオーベムにとっても同じ事だった。実はオーベムは本当にダークマターよる洗脳が解けていた。それを察したコノハナはここに生命の木があると嘘を吹き込んでいたのだ。状況からそう察するオーベムだが、そこへ待ち伏せしていたコノハナ達が姿を現す。コノハナは主人公が古代ポケモンの魂が呼び出した存在でオーベムのサイコパワーによって記憶が消されたと説明し、さらに主人公とコノハナ達の出会いは光の水の力を手に入れる為に仕組まれた芝居だと告げる。目的を果たした今、彼らにとって主人公達は邪魔者にしかならなくなっていた。ここで石化されたポケモンの魂は虚無の世界の一番底に落とされ、二度と帰れなくなる。それを狙ってコノハナ達は主人公達を遺跡の最深部におびき寄せたのだった。その上、コノハナ達は脅迫という手段でニャスパーを従わせ、連絡手段にしていたのだ。オーベムは虚無の世界に対する恐怖から主人公達を裏切ってしまう。後がなくなった主人公達を再び石に変えようとするコノハナだが、そこへセレビィを連れたデンリュウとジラーチが到着。リュウが作った隙を利用し、セレビィは主人公達を南の島に飛ばす。セレビィは神秘の森にあるときわたりの湖に潜むポケモンで古い友達だったデンリュウに頼まれて駆けつけたという。ジラーチは生命の木が枯れた事でこの星が速度を失っているという衝撃の事実を告げる。速度を失った事で星は徐々に超高熱の太陽に引き寄せられていき、そのせいで異常なまでの猛暑に見舞われたのだった。このまま引き寄せられ続けると最終的に星は太陽に飲み込まれて消滅してしまう。それを阻止する為にデンリュウ達は手分けして世界の現在と過去の事を調べ上げ、その間にニャスパーはコノハナ達に寝返ったフリをし、二重スパイとしてコノハナ達とデンリュウ達の情報をお互いに流し合っていたのだ。世界の現在と過去を調べた末、デンリュウ達はダークマターの事実を突き止めていた。それはダークマターが負の感情の塊であり、消す方法は無いという事だった。セレビィによると大昔、星が太陽に引き寄せられる中で古代ポケモン達は人間と共にダークマターと戦っていたという。その戦いの末にダークマターは星の周期によって活動を停止。遠い未来での復活に備えて古代ポケモン達は対抗策として光の水を用意していたが、実は主人公達が首に巻いているスカーフもその一つだという。そのスカーフはミュウが生命の木の一部で作ったものであり、それが巡り巡ってパートナーが持つ事になったという。そのスカーフを作ったミュウは大昔の戦いにおけるリーダーであり、主人公が大昔の戦いに挑んだ人間ならミュウの魂は今回の戦いの為に再び呼び出したのでは無いかとセレビィ達は予想するが、記憶を失った主人公には何も思い出せるものが無かった。急がなければ、ダークマターは生命の木ごと星から離れてしまう。その生命の木は島のはじまりの森の奥にあるという事で主人公達は「はじまりの森への道」を通り始める。道を抜け、主人公達ははじまりの森で枯れてしまった生命の木を目のあたりにするが、そこへイベルタルとコノハナ達が来てしまう。ダークマターの強い支配力によって元の人格を失ったコノハナ達には説得が通じず、裏切り者のオーベムは石にされてしまう。続いて主人公達を石化させようとするコノハナ達だがその時、生命の木とスカーフが共鳴。その力で石化の力を無効にすると主人公達を再び最終進化形へと変える。生命の木の加護を得た主人公達は決戦に挑み、イベルタル達をダークマターの支配から解放する。イベルタル達は突然消えてしまい、ダークマターの声が響き始めた。地震と共に生命の木は宇宙に向かって浮上を始め、主人公達は元の姿に戻ってしまう。パートナーは崩れ落ちてくる岩を利用して浮上する木に跳ぼうとするがジラーチやセレビィ、主人公の助力も空しく失敗してしまう。星全体は闇に包まれ、生命の木はどんどん太陽に引き寄せられていく。手段が断たれたその時、成層圏で木の上昇が止まり出す。実は宇宙にいるメガレックウザとデオキシスが光線で木を押し返していたのだ。主人公達にはアルセウスのテレパシーが響いた。アルセウスによると石化に遭っていない世界中のポケモン達が木の上昇を止めようと動いているという。木の上にいるダークマターの力が強まった今、木に近づけるのはスカーフを直接付けた主人公とパートナーのみとなっていた。今まで世界中のポケモンを応援を求めてきたデンリュウ達は主人公達に後を任せ、ジラーチとセレビィは木の上昇を止めに向かうのだった。Chapter-22「成層圏の戦い」アルセウスの力で主人公とパートナーは生命の木の中へ転送された。はこびの千本根」でポケモンの幻影と戦いながら前へと進み、その先で捕らわれていたイベルタル達を解放。かがやきの幹」へ向かい、ダークマターが待つ中心部へと辿り着く。その瞬間、ダークマターは主人公達を自分の世界である異空間に引きずり込む。その異空間で主人公達は星を救う為にダークマターとの最終決戦を始める。殻を破壊して中心の本体を露出させた主人公達だが、そこで生命の木が枯れ果ててしまう。ダークマターは殻を再生すると悍ましいパワーを放った。主人公達の変身が解けた上にほとんどのポケモンが石化し、木の上昇を止められる者がいなくなってしまう。償いの為にダークマターに特攻を仕掛けたイベルタル達もついに石にされてしまう。絶望的な状況でパートナーも力尽きて倒れる中、自分だけで攻撃を続ける主人公。その時、石にされたポケモン達の声援が響き渡り、主人公達は悟った。自分達の最後の望みは諦めない心と一歩前に踏み出す勇気なのだと。星に棲む全てのポケモンが平和を願うなら弱くても無力でも諦めない―その強き思いに応えるかの様に生命の木の精気が蘇る。諦めない主人公とパートナーの攻撃によってダークマターの殻が壊れ、ついに本体が露になった。最後にしてダークマターは自分を砕いても憎しみのこもった欠片が世界に散らばる限り、壊してもいつかはまた復活すると予言する。そんなダークマターに対してパートナーは語った。同じ宇宙から生まれた皆が良い心も悪い心も持って生きている。それを消せないからこそパートナーはダークマターを認める道を選んだ。悪い心も皆の一部だから受け入れる。それを信じたパートナーの最後の攻撃によってダークマターは瞬く間に消滅する。生命の木から溢れんばかりの眩い光が放たれ、石化した世界中のポケモン達は一斉に元の姿へ戻っていった。Chapter-Final「はじまりの木と雲と」ダークマターの消滅後、はじまりの森で目覚めた主人公とパートナー。そこには葉が虹色に輝く、本来の姿に戻った生命の木が生えていた。その木から光が放たれ、主人公達の前でゼルネアスに変わる。生命の木の化身であるゼルネアスはダークマターに込められた憎しみが安らぎへと変わり、星と太陽の衝突は免れたと告げる。世界は本当に救われたのだ。現場にやって来たデンリュウ達も喜ぶ中、デデンネからみんな元に戻れたと連絡が入った。おだやか村の村民達も元に戻ったと知り、パートナーは感情が混ざり過ぎて崩れ落ちるのだった。全てを終え、ワイワイタウンに戻った主人公達はポケモン達から祝福を受けながらも調査団員同士で喜び合った。それから数日後、休みを貰った主人公達はニャスパーと共におだやか村に帰還する事となった。役目を終えた主人公はいずれ人間の世界に戻る時が来るのだろうかと心配で仕方なかった。辿り着いたおだやか村で主人公達は村民達からの歓迎を受けた。コノハナは村を去ってしまったものの、パートナーは再会できたアバゴーラの褒め言葉に思わず涙を流す。その夜、パートナーの家で行われた祝福会も終わり、主人公はパートナーの家で寝泊まり。パートナーが寝る中、いつか来る別れの事で思い詰めた主人公はこの世界にいたいと考える様になる。翌朝、主人公が目覚めるとパートナーは既にいなかった。アバゴーラからは村外の丘に向かったと聞いたのでそこに行ってみると、パートナーが村を見つめていた。パートナーが気に入っていた、大きな木のある丘でこれまでの事を振り返る中、主人公はパートナーに別れの事を話す。皆と別れたくない為にこの世界に残る方法を探したい―そんな主人公を前にパートナーは大昔の真実を語り始めた。実は主人公が来る前、パートナーはこの丘でゼルネアスに会い、自分がミュウの生まれ変わりだと知ってしまったのだ。大昔、ダークマターはミュウと主人公との戦いに敗れて破壊されたが、憎しみのこもった欠片が世界に飛び散った事で未来での復活は確実となってしまった。次なる戦いの為にミュウは自分の魂を別の命に変えて未来に送り込んだ。その命こそが今のパートナーだったのだ。それからパートナーは次の戦いに勝つ為にかつて共に戦った主人公を記憶を消した上で呼び戻す事にし、主人公も記憶を失うのを承知でこの世界に戻ったのだ。ダークマターはミュウも含めた古代ポケモンの負の感情が生み出した存在であり、ミュウの生まれ変わりであるパートナーは自分の一部であるダークマターを許した事で消滅する運命を抱えてしまったという。パートナーはゼルネアスに頼んで自分の消滅を遅らせていた。主人公との最後の会話で真実を語った事により消滅の時を迎えてしまう。光に包まれたパートナーは途中で夢を捨て、主人公と別れる運命に悲しみを抱えた。この世界でポケモン達が支え合い許し合って生きている事を教えてくれた主人公に感謝し、涙を流しながら天へ昇っていく。パートナーとの思いがけない別れに主人公はその場に泣き崩れるしかなかった...。ENDパートナーの消滅から時が経ち、主人公は何も起こらないままポケモンの世界に留まる事となった。皆の為に、パートナーの為に、とこの世界にいたいと願っていたのに自分ではなくパートナーが世界から消えてしまった―その事実を抱えながら主人公は調査団の一員として仕事を続けていた。ある日、主人公はデンリュウからパートナーが帰ってくる方法があるのでは告げられ、「砂の大陸」の「せいれいの砂丘」にいるネイティオの話を聞く。過去と未来を見通せるネイティオに会う為、主人公は砂の大陸へと向かう。砂丘の奥で出会ったネイティオは主人公のスカーフを見つめるとミュウのビジョンが見えたと言い、「草の大陸」の「ミステリージャングル」に向えと主人公に告げる。ジャングルに行けばミュウに会えるかもしれない。信じて草の大陸に向かう主人公だが、ネイティオは察していた。周囲に誰かが潜んでいる事を。ジャングルの奥、主人公はついにパートナーの前世であるミュウと出会う。ミュウは主人公に興味津々だがパートナーの事も大昔の事も全く知らなかった。主人公はこのミュウが新たに生まれ変わった別の存在ではと考え、諦めて帰ろうとするが何故かミュウに後をつけられてしまう。結局、調査団の拠点にまで来てしまったミュウはデンリュウの判断により主人公の助手として仮入団する事に。調査活動を続けていく中、ミュウにパートナーの面影を重ねる様になる主人公。ところがある朝、主人公が目覚めるとそこはおだやか村の外にある丘だった。なったのかも記憶が無いので分からないのでワイワイタウンに戻ろうとする主人公は広場に来た途端、頭痛と共に昨夜のミュウが具合を悪くして倒れた事を思い出し、調査団の拠点に向かう。自分たちの寝床にミュウの姿が無い事を知り、全てを思い出す。実はミュウは稀に具合が悪くなる時があり、それを心配した主人公達はネイティオを調査団の拠点に呼んだ。ネイティオによるとダークマターは完全に消滅しておらず、一部がミュウの体内に入っているという。ミュウを元気にする為に主人公はおだやか村の外の丘に連れてきたのだが、その丘でミュウは姿を消し、主人公も誰かに殴られて気絶していたのだった。ミュウがいなくなったと知ったデンリュウとクチートは先ほど届いた手紙を主人公に見せるが、その手紙にはミュウを「じょうかの洞窟」で消滅させるとのメッセージが。内容からして手紙を書いた犯人は世界の平和を守る為、魂を鎮める力を持つ「じょうかの洞窟」でダークマターの一部を宿したミュウをこの世界から消し去ろうと考えたに違いない。主人公はミュウを助ける為、調査団より先に洞窟に向かった。奥地でミュウを見つけるが、そこにはコノハナとオーベム達が潜んでいた。コノハナ達はダークマターに操られていたとはいえ、世界を破滅させようとした罪悪感からダークマターの一部を抱えたミュウを誘拐し、完全に消し去ろうと企んだのだ。洞窟の力によってミュウが消え始める中、主人公はパートナーとミュウの事を振り返り、心から叫んだ。ダークマターが復活したらまた止めてみせる。―その叫びによって主人公のスカーフは光を放つとミュウから放たれた光と融合。眩い光と共にパートナーが蘇る。そこへ辿り着いたデンリュウ達は真実を語った。消滅したはずのパートナーはミュウの中に封印されていたが、その封印を解くには主人公の強い思いが不可欠だったのだ。コノハナ達は主人公への償いの為にパートナーをこの世界に復活させる方法をネイティオに相談し、デンリュウ達と共にミュウを世界から消すと一芝居を打ったという。コノハナ達は罪の償いを果たし泣き崩れる中、目覚めたパートナーは主人公達にまた会えた事を心から感謝するのだった。その後、ミュウは友達として元のジャングルに帰り、コノハナはオーベム達と共におだやか村で暮らす道を選んだ。スカーフは失われたものの、強い絆で結ばれた主人公とパートナーの調査活動はいつまでも続くのだった―。登場ポケモンおだやか村コノハナ主人公がオーベムに追いかけられているところで出会い助けてくれた。