ERRORこの広告は、90日以上更新していないブログに表示しています。graphを利用したメタゲノム用の高速アセンブラである。MEGAHITはFASTQをインプットとし、Paired-endとSingle-endの両方に対応している。-2か-12で指定する。Single-endは-r。ミトコンドリアの完全ゲノムを得るために、ミトコンドリアにマップされたリードのみを抽出し、いくつかのアセンブラでテストをしていたときのこと。v1.1.1-2-g02102e1)公開データの中には、Paired-endとSingle-endの両方があったので、Paired-endのデータは-1,-2で、Single-endは-rで指定していた。すると、なぜかSingle-endのときにのみ完全ゲノム1本がきれいに出力された。GA-IIで、長さも100bpであり、決して他に秀でてうまくアセンブルできるとは思えなかった。そこで、Paired-endのものもForwardだけを用いて-rでアセンブルしてみたところ、(孤立した配列はいくつか混じっていたものの)完全長のコンティグが生成できた。MEGAHITはPairの情報をそこまで利用していないという認識があったので、この結果には驚いた。他のバージョンは試していないが、Singleにしたほうが断然良い結果であった。メタゲノムデータに対する場合はわからないが、Singleにしたほうが良い結果が出る場合が他にもあるかも知れないので注意したい。installする月別アーカイブはてなブログをはじめよう!tryalnigroさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告するスターをつけました引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。