幽閉のため財団本部へと護送されるトレーズ。拘束とは裏腹に開放感をかみしめる彼は、己の運命をも変えてしまった少年たちとの戦いの日々を、同志に対するものと似た感慨とともに回想する。ヒイロとカトルが帰還した地球では、サンクキングダムのリリーナが完全平和主義を唱え、軍事支配への抵抗を続けていた。そんな彼女の学園へ、財団の血縁者である少女ドロシーが転校してくる。トレーズ派の傭兵として戦いに身を委ねるヒイロ。その姿に疑問を感じたカトルは、単身訪れた戦火の街で平和を願う人々と出会う。サンクキングダムを守ることが自分たちの使命だと気づく。トレーズ派の負傷兵をサンクキングダムへ追い込み、完全平和の脆さを露呈させようと図る財団。インとヒイロはMSでの迎撃を余儀なくされる。完璧な勝利を生み出す過程で、操縦者に苛酷な選択を強いるゼロシステム。その可能性に強い関心を抱くOZのトラント特尉は、デュオを拉致。彼にウイングゼロの実戦テストを強要するが......。財団は、軍事制覇の障害となるトレーズ派とサンクキングダムの打倒に乗り出した。ルクセンブルクを守るため出撃するゼクス。リリーナは財団本部に招かれるが、それはデルマイユの罠だった。ルクセンブルクの古城で、トレーズから新型MSガンダムエピオンを託されるヒイロ。危険なシステムが再び彼を暴走させる。その頃宇宙では、ゼクスがOZ軍からゼロを奪取していた。自分の未熟さを感じ、故郷で修業に励む五飛。老師とコロニーを失った五飛は正義の怒りに燃える。そんな彼のもとに、戦いの同志を求めるゼクスが現れた。財団のサンクキングダム攻略が開始された。リリーナと平和の理想を守るため、ヒイロたちは戦う。王国の存在自体が戦争を生み出すことを痛感したリリーナは、ついに運命の決断をする。王国の解体により、財団本部へと移送されるリリーナ。デルマイユはそんな彼女の平和的求心力を利用しようと謀る。同じ頃、王国の廃虚では、宿命に導かれるように2体のガンダムが激突していた。平和を願うリリーナは、傀儡と知りつつも財団代表となることを承諾する。その頃、宇宙ではホワイトファングと名乗る反OZの武装市民が蜂起。カトルは記憶喪失のトロワと再会していた。宇宙ではコロニーとOZの対立が激化。記憶の戻らぬトロワ、そしてデュオも戦線に復帰、カトルらとともに戦乱の終息を目指すも一方、ホワイトファングのカーンズは地球のゼクスに接近していた。リリーナの支持者が増し、平和への機運が高まる財団。宇宙では反OZ意識が頂点に達していた。ホワイトファングの新たな指導者となったゼクスは地球の排除を宣告した。バルジ要塞でOZとWFとの攻防戦が開始された。ゼクスの真意が知りたいノインは戦闘宙域へ向かう。地球では政変とともにトレーズが復活。リリーナは財団代表を解任されてしまう......。損傷したアルトロンとともに、サリィのシャトルに救出された五飛。ヒイロの勧めでゼロに乗った彼は、自身の進むべき未来を知る。その頃、トレーズは意識不明のレディ・アンと再会していた。コロニー市民を人質にとるOZ宇宙軍。ゼロで出撃したトロワは幻影に苦しむなか、次第に失われた記憶をとり戻す。そんな時、ゼクスはついにリーブラの主砲を発射。戦慄の光が地上を貫いた......。戦術プログラムを施されたWFのモビルドール部隊に苦戦するデュオたち。作戦行動の必要を感じて焦るカトルに、ヒイロは今一度ゼロシステムを使いこなし、チームを指揮することを要請する。リーブラの艦内データを入手したヒルデは、モビルドール化されたメリクリウスとヴァイエイトの追撃にあう。救出に向かうデュオだが、2体にはヒイロとトロワの戦闘データが組み込まれていた。リリーナ救出のためにリーブラに潜入し、ゼクスと対面するヒイロ。大部隊とともに出撃したトレーズはゼクスに決闘を申し込むが、彼は騎士道を否定。リーブラの主砲がトレーズをとらえる。リーブラの進撃を阻止せんと、ピースミリオンは主砲への体当たりを敢行した。デュオたちは敵艦内へと侵入。五飛とノインはそれぞれの心の決着を目指し、トレーズとゼクスのもとへ向かう。リーブラの内と外で、少年たちの最後の戦いが展開する。トレーズに決闘を挑む五飛。ドロシーと哀しみの剣を交えるカトル。博士と行動をともにするデュオ。混迷の宇宙に平和は訪れるのか......。戦艦リーブラとピースミリオンは、ついに地球激突へ向けて移動を開始した。人類最大の危機を回避するため、必死の戦いを展開するデュオ、トロワ、カトル、五飛。ヒイロとゼクスもまた、それぞれが目指す完全平和のため、互いの雌雄を決すべく、ガンダムでぶつかり合い......。グリプス2の攻防で傷ついたアーガマは、修理のためにサイド1のコロニー“シャングリラ”に寄港した。そこに住むジャンク屋の少年・ジュドーは、偶然助けたヤザンにそそのかされて、仲間とともにZガンダムを盗み出そうと計画する。シャングリラに入港してきたネオ・ジオン軍の巡洋艦エンドラ。戦闘を避けようと、ブライトはアーガマをコロニー内に退避させた。その時、ジュドーはZガンダムを奪取するため、アガーマ艦内への潜入に成功していた。Zガンダムに破れたマシュマーは反撃の機会をうかがっていた。アーガマを捜すジュドーたちは、マシュマーの出撃を目撃する。ジュドーは先を越されては大変と、マシュマーのガルスJにとりついて、それを阻止しようと試みるが......。マシュマーのもとにジャンク屋のゲモンが自作のMS“ゲゼ”をもって売り込みにやってきた。ガザC2機を護衛につけてアーガマへ向かったゲモンは、シンタとクムが校庭に描いたZGの文字を見てZからの挑戦状と思い込み、進路を学校に向けた。Zを倒すためには非情になることもやむなしと判断したマシュマーは、新型MS“ズサ”を駆って山の手を襲った。カミーユのいる病院を気づかったファがメタスで迎撃、ジュドーが特別でないことを示そうと、アストナージもZに乗り込んだ。アーガマの一員となったジュドー。3機のガザD隊が襲撃してきた。ジュドーはジャンク屋組合へ工業用ハッチの開閉権の交渉で、留守をしている。そのピンチを救ったのは、ラビアンローズから来た少女ルー・ルカのコア・ファイターだった。ジャンク屋組合の集会に潜入したジュドーたちは、間違えて工業用ハッチから脱出可能の信号を送ってしまった。ゲモンとヤザンの操る2機のゲゼはZガンダムを襲い、エンドラはアーガマに照準を合わせる。ハッチはまだ開いていないのだ......。