フルダイブ機能を排除しAR機能を最大限に広げた次世代デバイス≪オーグマー≫が爆発的にヒットした。その人気を牽引したのは≪オーディナル・スケール≫という専用ARMMORPG。アスナたちもプレイするそのゲームに、キリトも参戦しようとするが......。ユイがアスナのプレイヤーIDを感知した。《世界樹》の上部にアスナがいるというユイの言葉に、キリトはいてもたってもいられず翅を広げるが、システムによる障壁に阻まれて一番下の枝にすら届かない。アスナもまたキリトたちの存在を感じ取っていた。アスナは希望を込めてあるアイテムを空に投じる。アスナ奪還への決意を新たにしたキリトは、《世界樹》の頂上へ至る唯一の道・難攻不落のグランド・クエストに挑む。ある日、父の形見の鉱石ラジオから聴こえてきた不思議な唄。その唄を忘れられない少女アスナは、地下世界アガルタから来たという少年シュンに出会う。2人は心を通わせるも、少年は突然姿を消してしまう。「もう一度あの人に会いたい」そう願うアスナの前にシュンと瓜二つの少年シンと、妻との再会を切望しアガルタを探す教師モリサキが現れる。そこに開かれるアガルタへの扉。3人はそれぞれの想いを胸に、伝説の地へ旅に出る―。第27層のボスを攻略しようとするアスナと《スリーピング・ナイツ》の動きは、ボス攻略専門ギルドに察知されていた。ボス攻略のノウハウを知られた上に、先を越させまいとするギルドの妨害を受け、窮地に追い込まれるアスナたち。そこへ、キリトとクラインが駆けつけ、アスナたちに加勢。キリト達が時間を稼いでいる間にアスナと《スリーピング・ナイツ》は、行く手に立ちふさがるボス攻略ギルドの先遣隊20人を蹴散らし、ボス戦に挑む。クジラが見たいというユイのために《ALO》での水中クエストに挑むことになったキリトたち。以外にもリーファ......直葉は水が苦手だったのだ。アスナたち女性陣は、現実世界のプールで直葉の水泳特訓をすることに。同じ頃、キリトはある人物と対面していた―――。アスナは《SAO》屈指のギルド≪血盟騎士団≫の副団長として最前線に立ち、攻略は第五十九層まで進んでいた。ンスターが侵入できない町の中《圏内》でカインズという名の男性プレイヤーが死亡した。ところ、デュエルによる《PK(プレイヤーキル)》は不可能な状況だった。事件の調査に乗り出す。最前線の第七十四層で攻略を終えた帰り道、キリトはS級のレア食材≪ラグー・ラビットの肉≫を手に入れた。料理スキルを上げていないキリトでは宝の持ち腐れ。仕方なくエギルに売ろうしたところ、彼の店でアスナに出会う。料理スキルをコンプリートしたというアスナに、キリトはレア食材を調理してほしいと頼み込む。食材の半分と引き換えに承諾したアスナは、調理器具がいるからとキリトを自分の部屋に招く。間、血盟騎士団から距離を置きたいというアスナ。キリトはアスナの自由を賭け、アインクラッド最強の男と名高い血盟騎士団団長・ヒースクリフとデュエルで決着をつけることに。団長の強さを知るアスナはキリトの身を案じるが、簡単に負ける気はないと、キリトは笑ってみせる。大観衆の中、ユニークスキル≪神聖剣≫の使い手・ヒースクリフと≪二刀流≫使い・キリトの一騎打ちが幕を開ける。クラディールが起こした事件をきっかけに、絆を深めたキリトとアスナは≪結婚≫した。アスナは血盟騎士団を一時退団し、キリトとともに第二十二層の湖畔沿いにあるログハウスで暮らしはじめる。戦いとは縁のない地で、穏やかな時間を過ごすキリトとアスナ。そんなある日、幽霊を見たという噂が出ている森へ出かけた2人は、薄暗い森をさまよう少女と遭遇。目の前で倒れた少女を保護するが、彼女の記憶は失われていた。ユイの保護者を捜しに≪はじまりの街≫へ向かったキリトとアスナは、≪軍≫の管理者・シンカーが迷宮に置き去りにされたと聞き、彼の救出を引き受ける。依頼者のユリエールと強引についてきたユイとともに、第一層の地下ダンジョンに潜るキリトとアスナ。一行は≪安全エリア≫に避難していたシンカーを発見するが、そこには思わぬ敵が待ち構えていた。適わないと悟ったキリトは、アスナやユイたちだけでも逃がそうとするが......。シルフとケットシーたちの協力のもと、キリトはグランド・クエストを突破した。キリトとユイは《ALO》全プレイヤーがめざす《世界樹》の頂上に到達し、ついにアスナと再会を果たす。キリトはすぐにでもアスナを現実世界に戻そうとするものの、ユイによると複雑なコードに拘束されたアスナをログアウトさせるには権限を有するシステム・コンソールが必要らしい。時すでに遅く、須郷こと、オベイロンの魔の手がキリトたちに襲いかかる。