妙法院の庫裏は豊臣秀吉が亡父母や先祖の菩提を弔うため千僧供養を行った際の台所として建てられたと伝えられています。内部は土間、板間、座敷の3つの部分に分かれ、土間・板間部分は天井板を張らず、貫・梁などの構造材をそのまま見せた豪快な造りとなっています。間口21.8m、奥行23.7m、単層、本瓦葺きで、庫裏にはめずらしく入母屋造りの、妻入です。高さは60尺といわれ大きな建物です。慶長年間(1573-1614)の間に建てられたと考えられています。桃山時代建築の庫裏は昭和32年(1957)に国宝に指定されました。