相互作用の研究にも適用できる。必要(現在はビオチン-蛍光系も用いられる)。多量のサンプルを同時に処理できない。複合体を形成させます。複合体のみが得られます。チップなどの手法を用いて解析することによって、その配列の遺伝子上の部位など、さまざまな情報を得ることができます。生細胞に近い状態を知ることができる。転写因子の相互作用の変化を調べることができる。複数のタンパク質との相互作用を確認することができる。実験のステップが多く、多くの最適化が必要。適用できるわけではない。様フォーマットのアッセイ系です。結合タンパク質を含むサンプル(精製タンパク質、核抽出物など)を添加し、インキュベーションします。結合しているタンパク質を、そのタンパク質特異的な抗体で検出します。