641:ホモロジーモデリングとゆメモその日の気づき、空を記録しています。2013年7月20日土曜日641:ホモロジーモデリング今日は仕事の話をば。今担当しているターゲットは、化合物が阻害するタンパク質の結晶構造が得られていないもの。タンパク質の3次元座標が手に入らない。そのため、アミノ酸配列が似ていて結晶構造がすでに解析されている別のタンパク質をテンプレートとして、コンピューター上で仮想的に3次元構造を作っています(俗に言うホモロジーモデリング)。アミノ酸配列の相同性が高ければ、コンピューターが自動でそろえてくれて立体構造もテンプレートと似たものになりますが、今回の子は相同性が最も高いものでも30%程度。「このアミノ酸とこのアミノ酸はそろえよう」と手作業でアライメントしてあげないと厳しい。はじめは配列を見てもさっぱりでしたが、文献を読んだり、類縁タンパク質たちの構造をずっと眺めていると、「この子はこういうアミノ酸で構成されるくぼみ(化合物結合部位)を持つだろう」と何となくわかってきます。まわりをうろうろして遠くから覗いたりスマートな方法を探すよりは、真正面から取っ組み合って生の情報にどっぷり浸かる方が、泥臭いかもしれないけど理解に関しては得るものが大きいです。今日の空すっきりとした青空を久々に見ました。本を出版しました日々の生活において、やらなければいけないことや頭に浮かんだことと、どのように付き合っているかを書いています。toyu3寄稿先タスクセラピーアシタノレシピ人気の投稿790:ログをとり続けるメリット今日はタスクセラピー実践編でした。参加者の方と私とでは、状況やツールの好み、重要視している項目が異なるためいつも不安ではあります。何かしらの参考になればと思い、知識や経験、自分の使用状況をいつも以上にお話しするようにしました。今回何度か話題に上り、考えさせら...702:なぜ早めに手をつけた方がいいと思うのか?その1あまりにも多くの人がこう言います。「早めに手をつけた方がラク」と。その「あまりにも多くの人が言う」というところが、疑念をますます深くするのです。引用したエントリでも同じことが同じように言われています。「早めに手をつけた方がラクなのに、それがわかっているのにできな...850:分解作業ToDoリストに「~する」と書いて、その後進められないことがあります。やったことがない仕事、細々とした作業が多そうな仕事などです。「全然手をつけられていない、まずいな」という時は、そのことについて箇条書きをします。今日は職場で「タイムマネジメント講座」なるものがあって、参加してみました。医学部の学生さんが実習がてら講義をして、参加者でワークをします。参加者に事務方さんが多い中、事例が家族に文句を言われる夜型の研究者と耳が痛いものでした。みなさんつっこみが手厳しかったです。...812:すり合わせ会社をいったん休み、引越しをしました。先週引越しを済ませ、まだ荷物は届いていませんが移動してきました。ここ1週間ほどは手続きや家事、生活のリズムを作ることに専念してきました。