ティターンズのウッダーはフォウの能力に疑問を持ち、ミライを人質にしてアウドムラの明け渡しを要求した。ハヤトは降伏と見せかけて、カミーユのガンダムMk-IIを潜行させ、マリン・ハイザックとの戦いが始まる。香港の街でカミーユとフォウは密会を続けていた。失われた記憶にこだわるフォウに、思い出ならこれから作っていけると応えるカミーユ。ティターンズの攻撃で戦火が街を包み、フォウはサイコ・ガンダムへと乗り込む。戦力を失ったスードリは、アウドムラへの特攻を企んでいた。カミーユと会話したフォウは決意を固め、自らを犠牲にしてカミーユにブースターを与える。フォウとの会話を胸に秘め、ガンダムMk-IIのカミーユは宇宙へ戻っていく。アーガマに戻ったカミーユはいらだっていた。シロッコ配下となった宿敵ジェリドは、マウアーとともに新型MSガブスレイで攻撃をかける。窮地に陥ったカミーユの耳にファの声が響き、Zガンダムがついにその姿を現した。パイロットを志願するファに、冷たくあたるカミーユ。レコアは新型MSメタスでGディフェンサーを運んでくる。ジェリドはサラ、シドレとともにこれを攻撃、だが、カミーユのZガンダムの前に、ジェリドは撤退を余儀なくされる。ティターンズは月面のフォン・ブラウン市を制圧する「アポロ作戦」を発動した。経験不足で苦戦するファ。アーガマの攻撃をかいくぐり、シロッコのドゴス・ギアはフォン・ブラウン市へ直接降下し、占拠することに成功した。フォン・ブラウン市に潜入したカミーユは、ジェリドとマウアーに出会った。アーガマはヤザン隊の奇襲を受ける。その頃地球では、ブレックス准将が暗殺され、地球連邦議会はティターンズの指揮下に入る法案を可決していた。エゥーゴが奪還したフォン・ブラウン市に対し、ティターンズがコロニー落としを実行した。シロッコ配下のサラの密告によりアーガマはこれを阻止。カツは捕虜となったサラに好意を感じるが、サラは裏切って逃亡するのだった。ヤザンは、ジャマイカンが実力発揮の障害になると思っていた。旧ジオンの戦艦グワジンでZとまみえるヤザンのギャプラン。ヤザンはガンダムMk-IIの攻撃をアレキサンドリアに誘導し、まんまとジャマイカンを亡き者にした。シンタとクムを連れて、地球からアーガマに向かうシャア。エゥーゴとカラバ、アクシズと3つの組織の重みが彼の表情を固くしていた。アーガマに接近するシャトルをサラとマウアーの強化ハイメガランチャーが狙っていた。民間のMSを装ってジュピトリスへ潜入する作戦に、レコアが志願した。ジャブローから帰還したレコアは、前にも増して危険を求めているようだった。潜入中にシロッコに出会うレコア。彼女は彼に奇妙な感覚を感じる。ティターンズがサイド2の25バンチに毒ガス攻撃を仕掛けようとする。それはジェリドの怨念のこもった作戦であった。作戦を阻止しようと戦闘を仕掛けるアーガマのクルーたち。カツのネモがガスボンベを破壊する。ヤザン隊を囮にして、アーガマへ奇襲をかけるジェリドとマウアー。アーガマは罠に陥り、苦戦を強いられる。一瞬のスキをついてZを狙うジェリドのガブスレイ。その戦闘の中で、ジェリドの盾となりマウアーが散っていった......。シロッコの密命を受けてフォン・ブラウン市に潜入したサラ。爆弾を仕掛け、港ごとアーガマを破壊するつもりだったが、カミーユと出会ったことでサラの計画は大きく狂い、共同で爆弾を除去することになってしまった......。エゥーゴはアステロイドベルトより帰還したアクシズに接触を試みた。シロッコもまたアクシズに接近していた。戦闘を開始するアーガマとドゴス・ギア。そこへ割り込むようにアクシズから謎のMS隊が登場する。アーガマのメンバーはザビ家の正統な後継者ミネバとハマーンに謁見する。シャアはミネバを偏見の固まりに育てたハマーンの命を狙い、交渉は決裂した。その隙に、シロッコはティターンズとアクシズの同盟を結んでしまうのだった。気配を感じて出撃しようとするレコア。制止しようとするシャアを、彼女は拒否した。メタスは大破し、負傷したレコアは何かを感じたヤザンのMSハンブラビが回収した。レコア機撃墜を知って、アーガマ・クルーは衝撃を受ける。ティターンズのキリマンジャロ基地を総攻撃するカラバ。Zと百式も宇宙から戦場へと降り立った。カミーユとシャアはそこでジャミトフとフォウの姿を見つける。フォウの魂を吸い込むようにサイコ・ガンダムが発進する。死んだと思っていたフォウと再会するカミーユ。強化されたフォウはもはや正常な精神状態ではなかった。2人の語らいを切り裂くようにジェリドのバイアランが迫る。悲劇は繰り返されてしまう......。カラバはダカールにある地球連邦政府の議会を占拠した。ティターンズの専横を世界に知らしめるためだ。そこでクワトロは自らがシャアでありジオンの子であることを明かす。時代は一つの転換点を迎えようとしていた。アムロとハヤトに地球のことを任せ、宇宙へと帰るシャアとカミーユ。その頃、アーガマはヤザン隊と戦闘中だった。限られたシャトルの燃料で戦闘空域に接近しようとする2人。戦闘中カミーユはレコアの気配を感じる。中立地帯であるサイド2の13バンチに寄港するアーガマ。そこでカミーユは自分をお兄ちゃんと呼ぶ少女、ロザミィと出会う。ハマーンとミネバもまたそのコロニーにいた。カミーユとハマーンは偶然の邂逅を果たす。カミーユはレコアと戦場で再会する。レコアの語る大人の理屈はカミーユを混乱させるだけだった。そんな中、グリプス2のコロニー・レーザーが発射されコロニーを破壊する。己の無力さを噛みしめるカミーユだった。バスクは毒ガス作戦の指揮をレコアに任せる。ティターンズへの忠誠を試すのが目的だ。それを阻止する作戦中、ロザミィもアーガマからネモで飛び出した。それは彼女が自分の使命が打倒Zであることに気付いた瞬間だった。新型MAバウンド・ドックを与えられたロザミィことロザミア。彼女はバスク配下のニュータイプ部隊の一員となった。カミーユは戦場でロザミアに「アーガマに戻ろう」と告げるが、それは受け入れられることはなかった。エゥーゴの拠点、月面都市グラナダにコロニー・レーザーが発射されようとしていた。エゥーゴはハマーンの協力を得てその作戦を阻止しようとする。それはシャアに屈辱的な振る舞いを強いる結果となるのだった。ザビ家再興を目指すハマーンは、エゥーゴと手を取りつつ、ジャミトフとの交渉に臨んだ。ハマーンには一つの計略があったのだ。サラは戦闘中に逃げ込んだ隕石基地で、カミーユに取り押さえられてしまう。ハマーンはアクシズをゼダンの門にぶつける作戦を発動した。アクシズと協力関係にあるエゥーゴは脱出するティターンズを迎撃する作戦を行う。その戦闘の間隙を縫って、レコアがサラ奪還のためアーガマに迫る。シロッコとハマーン、ジャミトフの間で会談が開かれた。シャアは会談阻止をもくろみ、カツはシロッコ暗殺を考える。シロッコは混乱の中でジャミトフを殺害し、その罪をハマーンに着せるのだった。グリプス2に対し弧を描きながら接近し、それを奪取する。名付けてメールシュトローム作戦。その作戦の実行中に、カミーユとハマーンは精神の共鳴を体験した。2人がわかりあうことは、ついになかった。