従来車とは異なり、前面デザインが大幅に変更され、全体をFRP成形品で覆う構造となり、合わせてフロントガラスも曲面形状とした。ディズニーリゾート」(投入時は「東京ディズニーランド」のみ)へアクセスする電車にもなることから、同ランドへの「楽しいイメージ」を表現したものである[50]。窓拡大が行われている。運転に備えてブレーキの増圧工事が施され、対応する車両には形式番号標記の前に○印が付与された。2002年からは中央・総武緩行線および山手線からの転入車も配置されたが、これらには上記の対応工事が施されておらず、運用は分けられていた。同線は従来ラインカラーがスカイブルーだったが、東京全通時の本系列投入に合わせて同系列の帯色であるワインレッドに変更された。2005年頃には幕が交換され、書体は「新ゴ(英表記はHelvetica)」に、側面幕の上部には「京葉線」と表記されたものとなった(詳細は後述)。後年に車内ドア付近の床面が黄色い点字模様付きに交換され、E531系やE233系の例に近い。他線と同様、座席のモケットがオリジナルのものから交換されているが、こちらは地色が濃い青色系のものである。山手線からの転入車にも同様の例が存在する。2011年9月に運用を終了した[69]。