ある日この町に異世界への門が開いた。「近界民(ネイバー)」後にそう呼ばれる異次元からの侵略者が門付近の地域を蹂躙、街は恐怖に包まれた。近界民に地球上の兵器は効果が薄く、都市の壊滅は時間の問題と思われた。その時突如現れた謎の一団が近界民を撃退。彼らはわずかな期間で巨大な基地を作り上げ、近界民に対する防衛体制を整えた。門は依然として開いているにも拘わらず、三門市を出て行く人間は驚くほど少ない。高校生の三雲修もまた、ボーダーに所属していた。ある日、修のクラスに転校生がやってきた。空閑遊真と名乗った少年は、何故かボーダーの人間にのみ携帯を許される「トリガー」と呼ばれる武器を持っていた。修に問いただされた遊真は言う。『俺は門の向こうの世界から来た。遊真と修、二人の物語が動き始める。帝国の圧政によって苦しむとある村の少年剣士・タツミは、村を救う希望とお守りを胸に、幼馴染みと共に帝都へ出稼ぎに出発する。絶句するほどに腐敗しきった帝都の真の姿だった。「最近、帝都の重役や富裕層の人間を狙う恐るべき殺し屋集団がいる。一方でそういった噂を耳にしたタツミは、身をよせた貴族の家で闇夜に潜む彼らの存在に気がつく。ナイトレイドたちの存在に。