大気圏を突破したホワイトベースにザビ家の末子ガルマ・ザビが指揮するガウ攻撃空母と戦闘機ドップの編隊が襲いかかってきた。地上からは戦車マゼラアタックが砲撃を仕掛けてくる。アムロをガンタンクからガンダムに乗り換えさせたブライトは、この巧妙な敵包囲網からの突破を図ろうと考えるが...。中央アジアを西へ進むホワイトベースに、マ・クベ部隊を叩く大作戦参加のため5日以内にカスピ海を渡れというレビル将軍からの伝令が届いた。塩が乏しくなっていたホワイトベースは、塩水湖へ迂回することに。それを狙い、ランバ・ラル隊が接近してきた。補給基地ベルファストで修理を受けることになったホワイトベース。スパイの少女ミハルからその情報を受け取ったのは、あの赤い彗星のシャアであった。潜水艦ユーコンから水陸両用モビルスーツ“ゴッグ”が発進、上陸して連邦軍の地上部隊と交戦を開始した。ゴッグに立ち向かうアムロだったが、苦戦を強いられて...。ソロモン攻略戦の中、ミライはGファイター被弾のため一時帰投したスレッガー中尉を出迎える。彼女の涙にすべてを悟ったスレッガーは、母親の形見と称する指輪を託す。二人は唇を重ねるのだった。その後、ソロモン放棄を決意したドズル中将は、モビルアーマー“ビグ・ザム”で連邦軍主力艦隊への特攻を開始する。地球連邦本部ジャブロー偵察任務を受け、地球へ降下しようとするレコア。エマはティターンズが行った作戦の非道さを告げられ、ショックを受ける。カミーユは片腕のガンダムMk-IIを操り、レコアを無事に送り出した。カミーユたちを宇宙へ帰そうと、ヒッコリーへ立ち寄るアウドムラ。それを急襲するブラン隊。シャアは宇宙へ飛び立つが、戦闘中のカミーユは宇宙への帰還を諦めた。アムロはMSアッシマーを撃墜し、復活の兆しをみせる。ヤザンは、ジャマイカンが実力発揮の障害になると思っていた。旧ジオンの戦艦グワジンでZとまみえるヤザンのギャプラン。ヤザンはガンダムMk-IIの攻撃をアレキサンドリアに誘導し、まんまとジャマイカンを亡き者にした。死んだと思っていたフォウと再会するカミーユ。強化されたフォウはもはや正常な精神状態ではなかった。2人の語らいを切り裂くようにジェリドのバイアランが迫る。悲劇は繰り返されてしまう......。シロッコとハマーン、ジャミトフの間で会談が開かれた。シャアは会談阻止をもくろみ、カツはシロッコ暗殺を考える。シロッコは混乱の中でジャミトフを殺害し、その罪をハマーンに着せるのだった。Zを倒すためには非情になることもやむなしと判断したマシュマーは、新型MS“ズサ”を駆って山の手を襲った。カミーユのいる病院を気づかったファがメタスで迎撃、ジュドーが特別でないことを示そうと、アストナージもZに乗り込んだ。グレミーが運んできた新型戦艦ミンドラは、アクシズへの帰還途中、アーガマに向かうランチを捕捉した。ゴットンはこのランチに隠れ、キャラを助け出してアーガマを奪い取る計画を実行。ブライトへの想いを秘めたエマリーが人質になってしまうが......。水不足の解消にコア・ファイターで出たジュドーは、マサイという女性に助けられた。砂漠の掟にしたがってオアシスの村を教えてもらうジュドー。マサイは亡き恋人ダグと自分を村人に認めさせようと、赤いゲルググでガンダムチームに挑んでいく。戦功を焦ったグレミーは、アーガマ撃沈のためコールドスリープさせていたプルツーをついに目覚めさせた。迫り来るサイコ・ガンダムMk-IIの邪悪な気配を感じたプルは、解体中のキュベレイに乗り込み迎撃に出るが、互いに攻撃方法をことごとく読まれてしまう......。グレミーは切り札のニュータイプ部隊を出撃させた。アクシズの小惑星モウサをハマーン艦隊にぶつけようとする。精神に混乱をきたしたプルツーを追ってアクシズ内部へと侵入したジュドーは、グレミーとプルツーが乗ったクィン・マンサと対峙する。秘密を知りすぎたリリーナを殺さねばならないヒイロ。学園祭の夜、OZのMSに襲われたリリーナをヒイロは無意識のうちに救ってしまう。財団のサンクキングダム攻略が開始された。リリーナと平和の理想を守るため、ヒイロたちは戦う。王国の存在自体が戦争を生み出すことを痛感したリリーナは、ついに運命の決断をする。リリーナ救出のためにリーブラに潜入し、ゼクスと対面するヒイロ。大部隊とともに出撃したトレーズはゼクスに決闘を申し込むが、彼は騎士道を否定。リーブラの主砲がトレーズをとらえる。完全修復されたウイングを断り、ヘビーアームズでトールギスとの決戦に赴くヒイロ。リリーナは戦いを止めさせようと、手紙を携えて合流する。そこで彼女はノインから、ゼクスが自分の実の兄であることを知らされるのだった。トレーズを支持する一部の兵士たちが財団に反旗を翻した。OZを二分する内乱は地球と宇宙に広がっていく。その頃、ウイングゼロを回収した月面基地では戦闘データの調査が開始されたが......。第08小隊はキキの案内でジオン軍の射爆場と思われる砂漠地帯へ向かう。いつ現れるともしれない敵を小隊は待ち伏せするが、過酷な砂漠が隊員たちの神経をすり減らし、恋人から別れの手紙を受け取ったミケルはシローに当たり散らす。ネオ・ジオン残党軍『袖付き』の拠点、資源衛星パラオ。そこで待ち受けていたのは仮面を外して素顔を見せるフル・フロンタルだった。ネェル・アーガマでは、エコーズのダグザが指揮するある作戦が実行される。連邦軍から追われる身となったネェル・アーガマが選んだ苦肉の策、『袖付き』との共同戦線。それに反発するクルー達に受け入れを命じたオットーは、フロンタルから本音を引き出そうとする。問われたフロンタルは、地球を除く月と各サイドが経済的な結びつきを強めて連邦を弱体化させるという「サイド共栄圏」構想を明かす。その結果、引き起こされる悲劇を予見して失望するミネバだったが、『ラプラスの箱』への最終座標がインダストリアル7のメガラニカだとフロンタルに伝えてしまうのだった。アルベルトからバンシィ・ノルンを受け取ったリディは、ユニコーンガンダムを追って出撃する。1号機をフルバーニアン仕様へと換装するため、アルビオンは月のフォン・ブラウン市に入港する。ガンダムを大破させてしまったことに落ち込むコウは、アルビオンから逃げ出して町をさまよい、元ジオン軍兵士でジャンク屋を営むケリィという男と出会う。