ポケモン・ミュウのマツゲを元に、悪の組織により戦闘能力などを強化し人工的に作られたポケモン・ミュウツーは、人工的に造られたという不純な生立ちから自身の存在意義を見出せずに答えなき自問自答に苦しんでいた。組織への裏切りをきっかけに、ポケモンを統制するシステムへの反発や自分を利用するためだけに作り出した人間たちへの憎しみから、人類に対して逆襲を始める。旅を続けるサトシ達の前に、招待状を携えたカイリューが現れる。招待状は謎の女性の姿を映し出し、優秀なトレーナーたちをポケモン城へ招待したいと説明する。サトシはすぐさまYESの欄にチェックを入れ、荒れた海を渡り、ポケモン城を目指す。それはミュウツーが計画する、人間たちへの復讐の始まりでしかなかった。逆アクセスランキングパーツを表示するにはJavaScriptを有効にして下さい。