闘いの匂いに惹かれ──ビーヴィー・リスカーが現れる。パナム山に大穴を穿ち、神獣が甦る。無差別で徹底的な浄化が人々を襲う。教団やリスカー隊は壊滅しつつあり、個々の闘いは終わりを迎えつつあったが、神獣を止める手立ては見つからない。マーリヤは神獣の咆吼のなかに、破壊衝動以外の意志を感じとる。叔父、島津義弘を薩摩へ逃がすため敵の大軍に突撃。無双の活躍をみせるが、あと一歩のところで敵将・井伊直政に逃げられ、自身も瀕死の重傷を負う。満身創痍で山中を彷徨っていると突如、奇妙な空間に足を踏み入れた。事務机に座る謎の男、紫が書類にサインをすると豊久は否応なく異世界へと送り込まれるのだった。かの地で目を覚ました豊久は驚愕する。黒王の命によりジャンヌとジルドレが漂流者を追って廃城に現れた。迎え撃つは豊久と与一。炎を自在に扱うジャンヌに対し、逃げるしか術がない豊久。オルミーヌの助力を得てその戦況を冷静に判断した豊久は戦いの渦中で笑う。与一は矢を受けてなお戦い続けるジルドレに苦戦を強いられていた。オルテ帝国を盗るため、労働者として捕囚されているドワーフを解放すべく、ガドルカ鉱山へと向かう豊久たち。火薬を手に入れた信長は与一の弓を使った爆撃弾で城市を強襲する。聞く爆音と衝撃にオルテ兵は驚き混乱。見事ドワーフを解放しそのまま城市を落とす直前、豊久は敵前で思いもよらぬことを始める・・・。人類を廃滅し地上に新たな文明を作るために黒王は六大竜の一匹である青銅竜を軍門に下らせ、亜人たちに耕作をさせ文字を作り、多種族一体化の準備を始める。時を同じくして信長は次なる戦への備えに鉄砲の量産を開始し、豊久はドワーフ軍を鍛錬する。そんな折、豊久たちの前にオルテの国政を左右する大藩治公サン・ジェルミが現れる。マーリヤ・ノエルは違法に妖精を取引するオークションで幼なじみ、ヴェロニカ・ソーンと再会する。彼女は、二人の故郷を焼いた男への復讐者となり果てていた。追い詰められたマーリヤの前に現れたのは、ヴェロニカだった。妖精〝ブラッドドーター〟を操って戦う彼女。激しい戦闘に手が出せず、己の無力さに歯噛みするマーリヤだったが、その悔しさが最高潮に達したその時、〝アッシュクラッド〟が現れて暴走する。高熱が吹き荒れ、辺りは炎に巻かれてしまう。フリーも強力な刺客と対峙していた。皇帝、首相、二人の大公を迎え、盛大に行われる終戦記念式典が迫りつつある最中、試験配備されていた軍の新型人工妖精の暴走事故が起こる。調査にあたるドロテアの面々。妖精の保全や行政を担当する妖精省、軍を管轄する軍部省も事態を重く見て動き出す。黒の妖精書〝黒の四〟に関する新たな情報が入り、マーリヤは同僚のクラーラと共に手がかりとなる男を追う。新型人工妖精の暴走事故が起こり、究明が進まないまま、内部犯行を疑う上層部同士の対立も激化していた。フリーは情報屋を使って独自に調査を進めるが、決定的な証拠はつかめずにいた。〝黒の四〟を落札した黒幕に関しての情報を得ていたマーリヤらだったが、男は政府にも太い繋がりを持つ権力者で、容易に手が出せない。そこへ見透かしたようにスウィーティーが現れ、とある協力を持ちかける。クラーラを心配するセルジュ、フリーも合流するが、マーリヤたちの奇襲作戦は成功し、〝黒の四〟を入手。新型の人工妖精の暴走事故は、式典での配備を見送るという形で決着していた。式典当日、天壇に立つ首相ゴルバーン。大公シュヴァルツ・ディーゼとレイ・ドーンの二人。レイ・ドーンは、マーリヤとヴェロニカの故郷を焼き払った張本人。そんなレイを眼光鋭く捉える、ヴェロニカ。群衆の声援が高まる中、事件が起きる。襲撃者の正体は、妖精武器〝ガドファクス〟を持つ伝説の妖精兵、ビーヴィー・リスカーだった。統一戦争で活躍した代表的な妖精兵〝七騎士〟の一人でもあるリスカーを前に、ドロテアは圧倒される。仲間を殺され、フラタニルを奪われ、リスカーは消えた。自分のせいで皆が不幸になる。自身を見失ったマーリヤは、かつて親代わりに育ててくれた義侠団の首領・ジングルを訪ねるのだった。ディーゼが統一ゼスキアからの独立を宣言し挙兵した。リスカーによる列車襲撃。全ては此処へと至るべく描かれた絵図であり、独立戦争のための準備だった。統一軍もこれに即応、公都ハプシュタットへと鎮圧部隊を派遣する。ドロテア局長であり〝七騎士〟の一人であるネイン・アウラ―も鎮圧部隊に合流する。一方で、マーリヤ、フリーたちは首都ロンダキアに駆け戻るが――。公都ハプシュタットでの戦いは陽動作戦で、ディーゼの真の狙いは皇帝と首相ゴルバーンのいる首都ロンダキアだった。リスカーが手練れの傭兵集団を率いてロンダキアを急襲し、統一軍は壊滅的な打撃を受ける。マーリヤ、セルジュ、クラーラ、そして妖精武器〝ヴェロスティール〟を手にしたフリーはリスカーを追い、宮殿へと突入する。皇帝を救ったレイ・ドーンが領地へ戻ることになった。ドロテアはレイ・ドーンの警護を命じられるが、マーリヤは複雑な胸中を隠せない。ヴェロニカも護送中のレイ・ドーンを尾行して、復讐の機会を窺っていた。その途上、橋が爆破され一行は足止めを喰らい、古城で一泊することになる。レイ・ドーンに近付くウルフラン、そしてヴェロニカ。マーリヤとフリーは彼らと再び対峙する。ディーゼの反乱の影には常にウルフランの暗躍があった。結局はそれら全てを裏切り、果たして男は何を目的に動いているのか。事後処理で、ひたすらに反乱者の捜査と摘発の日々が続くドロテアの面々。マーリヤは自責の念にかられながらも職務にあたる。そんな中フリーは、ディーゼに内通したと思われる元王族、クリストフ・ラーンの存在にまでたどり着く。〝黒の九〟を含む黒の妖精書三部がグイ・カーリンの手に渡り、六部が妖精省の管理下となった。九つ揃った時、そこに何があるのか。ヴェロニカの過去を知るダミアンに、マーリヤは反発するが、彼は更なる危険な勢力の存在を示唆する。フリーは、スウィーティとの司法取引により容疑者リストを入手、グイ・カーリンを本格的にあぶり出し壊滅する作戦にでるが、組織の手は政府内にも伸びていた。人とは異なる種族である亜人(デミ・ヒューマン)エルフ。その村が、漂流者(ドリフターズ)である豊久を助けた咎で、オルテ帝国の兵によって襲撃される。命の恩人であるエルフを助けるため、豊久は傷も癒えぬうちから走り出す。冷血な騎士武官・アラムの理不尽な殺戮に為す術がないエルフたち。その前に飛び出した豊久は圧倒的な戦闘力で兵たちを次々と打ち倒す。時を同じく北方の防衛の要であるカルネアデスの北壁では、人類廃滅を唱える廃棄物(エンズ)の王、“黒王”の進軍が始まろうとしていた。十月機関の長・安倍晴明は黒王軍の侵攻を止めるため、ローマを震撼させた天才戦術家・ハンニバルとそれに対抗した軍人・スキピオという因縁深い二人へ軍権を譲るよう、カルネアデスの兵を説得していた。世界の異物である漂流者たちを受け入れるはずもなく、黒王率いる圧倒的な数の人ならざるものの軍、そして超人的な能力をもった廃棄物・ジャンヌ、アナスタシア、土方歳三たちの手によりカルネアデス要塞は落ちようとしていた。撤退を余儀なくされる晴明たちの上空に紫電改が舞う。巡察隊を皆殺しにしたせいで、エルフの村は軍によって襲われようとしていた。それを阻止するべく、弓矢を作り襲撃に備えるエルフたち。森の中では兵の死体を集めなにやら始める信長にオルミーヌは眉を顰めるが、日の本の侍の死生観がまるで違うことを感じる。村に軍が迫る夜、豊久はエルフたちに村を取り返した後、代官の城館へ攻め入り女子供を取り返せと強く言い放つのだった。城館に入り込んだ豊久は、迷いなくエルフの女たちを助けに向かうが、そこで見た光景に激昂し兵を皆殺しにしようとする。真直ぐな気質の豊久を汚させまいとする信長はその頭を殴りつけ昏倒させると、命令の指揮を奪い取り兵士を一人残らず始末した。オルテ帝国・帝都ヴェルリナでは、年齢不詳のオカマ、サン・ジェルミ伯が従者を引き連れて貴族院に現れる。駆け付けたキャシディとキッドによりジルドレをなんとか倒すことができた与一。そこに声をかけたのは、元主にして与一の心に陰を落とす源義経だった。与一は激しく苦悶する。して晴明たちと合流を果たす豊久たち。オルテ帝国を滅ぼし漂流者の軍閥を作ろうと画策する信長に晴明はその先の戦乱を危惧する。揃って廃滅のため動く廃棄物と予想のつかない漂流者は世界をどう変えていくのか。豊久たちの前に現れたサン・ジェルミはオルテ帝国へのクーデターの企てを持ちかける。信長は利益と打算で動いている間はサン・ジェルミはむしろ信頼できるとして、計画に協力することを決断しオルテ帝国の首都ヴェルリナへと向かう。サン・ジェルミの議会操作による無血開城が行われると思いきや、黒王軍・ラスプーチンによる烽火があがり、ドリフターズと黒王軍の直接対決となる首都攻防戦が幕を開ける。ヴェルリナ市街を襲う黒王軍を、信長率いる火打銃兵(マッチロックガナー)と与一が率いるエルフの弓衆が迎え撃つ。銃の威力に崩れ撤退する黒王軍の兵だが、あまりの引き際の良さに信長は落ち着いて場を見定める。豊久の胸にある「島津十字」を目にし憎悪を滾らせる土方を、知ってか知らずか豊久は嬉々として挑発し戦いを挑む。導師オルミーヌは監視していた豊久たち三人に捕らえられ詰問される。廃棄物の脅威とそれに抗戦してほしいことを求めるオルミーヌだが、軍権が握れない以上廃棄物に対抗できないことを信長に指摘され、逆に豊久を頭目に行う自分達の国盗りに加担しろと迫られる。謀士ラスプーチンに支えられ行軍を進める黒王は、傷ついた亜人兵を奇跡の力で治療し、一握りの麦を無限に増殖させ兵站を生み出す。常識を覆す脅威の軍隊には、その身を置きながらも自らを廃棄物とも漂流者とも決めない九郎判官義経の姿があった。