江戸時代に入ると、慶長九年(1605)、伊奈忠次より黒印地三十石を拝受。伊奈忠次(いなただつぐ)は、家康に重宝された武将・大名。家康によって関東代官頭に任命され、関八州(関東)の幕府直轄領約30万石を管轄し、以後12代200年間に渡って伊奈氏が関東代官の地位を世襲した。黒印地(こくいんち)とは、大名が寺社などに黒印状を発行し領地を安堵した土地。慶安元年(1648)、徳川将軍家の朱印地に改められる。徳川将軍家によって庇護され、徳川将軍家の菩提寺である上野「寛永寺」と深い繋がりを持つようになる。正徳四年(1714)、「寛永寺」により社殿の修復される。その後も「寛永寺」が修復や寄進を行っている。公式ホームページkaneiji.jp飯沼新田開発の祈願所となり周辺の総鎮守に享保九年(1724)、飯沼新田開発の祈願所となる。主導した「享保の改革」の一環として、飯沼新田開発が近隣の村々によって開始され、一帯は水田地帯と開発されていく。享保十三年(1728)、飯沼新田開発が終わると祈願所であった当宮は、飯沼新田開発に携わった飯沼周辺31ヶ村の総鎮守とされた。各村に当宮の分社が造営され崇敬を集めたと云う。