スポーツ「ポケモン・バッカーズ」のワールドカップが開かれるクラウンシティを目指していたサトシ達は、その道中でヤルキモノの集団に追い詰められていたポケモン・ゾロアと出会う。ゾロアはテレパシーを使い、「マァを助けに行く」とサトシ達に言う。ピカチュウ達の説得もあって、サトシ達はゾロアに協力する事を決め、ゾロアと共にクラウンシティへと向かった。サトシ達がクラウンシティに着いた時、街の旧市街に繋がる橋が全て封鎖されていた。伝説のポケモンであるライコウ・エンテイ・スイクンが悪のポケモン・ゾロアークに操られて暴れているのだという。そこへ巨大企業コーダイネットワークの社長・コーダイが旧市街に立ち入らないようにとモニターで勧告を出していた。その暴れているゾロアークこそがゾロアの探していた「マァ」だったのだ。新聞記者のクルトの協力により旧市街に入る事ができたサトシ達は、そこで騒動の黒幕がコーダイであるという決定的な証拠を掴んでいく。その途中で一行はコーダイの罠にかかり捕まってしまうが、コーダイの秘書として潜入調査していたクルトの仲間・リオカに助けられる。コーダイのその邪悪な野望とは。サトシ達はその野望を阻止できるのか。今、ポケモン史上最大の"化かし合い"が始まる。逆アクセスランキングパーツを表示するにはJavaScriptを有効にして下さい。