ハルバートン率いる第8艦隊に合流したアークエンジェル。ヘリオポリスの学生達には除隊許可証が手渡され、ようやく安堵の表情が。フレイは父を殺されたことを理由に軍に志願し、トールたちも結局軍に残ることになった。ザフト軍が迫る中、キラの選んだ道とは......。「最後の扉の鍵」となるディスクと共にポッドで宇宙空間に放たれたフレイ。三つ巴の戦闘が続く宙域に響いたフレイの声は、ラウの言葉から受けた衝撃を引きずりながら戦うキラにも届いた。「鍵を持ってるわ、私!戦争を終わらせる為の鍵......!」キラはポッドを追うが......。バル・マスケ三柱臣の一柱“千変”シュドナイが、フレイムヘイズの重要な連絡拠点・上海のアウトロー総本部を激しい炎に包み込んでいた頃、バル・マスケの居城『星黎殿』へ多くの“紅世の徒”たちが集まっていた。数千年前に失われた盟主の復活。それは、集団での戦いを好まないと言われる彼らが一丸となる象徴であり、フレイムヘイズとの全面戦争開始の合図でもあった。フレイムヘイズもその動きを察するかのように、ゾフィーを兵団長とし来たるべき戦いへの備えを進めていた。シャナもまた、自らの力を高めるべくマージョリーとの特訓を重ね、新たな技を身に付けようとしていた。太古のフレイムヘイズたちによって『久遠の陥穽』へ葬られたはずのその神が、今蘇り、悠二と融合していた。フレイムヘイズと“徒”の摂理通り、激突するシャナと悠二。彼の姿で話し、動き、そして刃を向けてくるその現実に惑わされたわけではないが、その決戦はシャナに敗北を突きつける。シャナを消滅させず、バル・マスケの居城へと連れ帰った“祭礼の蛇”。その頃御崎市では、シャナを失い、マージョリーの回復も見込めない中、ヴィルヘルミナが、単身で奪還計画の準備を進めていた。マージョリーの代理として東京のアウトローに向かった佐藤にも、窮地が訪れていた。アウトローに入った途端、歓迎されるどころか、携帯電話などの連絡手段を取上げられ、監禁されてしまったのだ。苛立ちと焦りでいてもたってもいられない佐藤の眼前に、突如フレイムヘイズが現れる。監禁部屋の扉を爆破する、という「中の人間のことを考えない」破天荒なやり方で。佐藤は、そのフレイムヘイズ――レベッカに、彼がここに来た目的を告げる。マージョリーが昏睡状態であることも。今、世界に散らばるフレイムヘイズたちの目が日本に向けられようとしていた。炎に照らされ、ひとりのフレイムヘイズが生まれた。「ようこそ私に、天壌の劫火アラストール」。長い炎髪が揺れ、鋭い灼眼が煌めく。待ち望んでいた契約は達成された。彼女がこの世に慣れるまでの期間を邪魔されないためにも、天動宮に踏み込んだ徒を逃すわけにはいかない。ヴィルヘルミナとシロは新たな決意を胸にその一歩を踏み出す。フレイムヘイズになったばかりの少女は、数々の徒やフレイムヘイズを倒してきた伝説のミステス「天目一個」を前に、初めての、そして最大の危機に陥っていた。シャナは悠二の家にいた。その身に宝具を納めた“ミステス”である悠二を、頻繁に事件を起こしている“紅世の徒”フリアグネから守るため。悠二を囮にフリアグネを狩るために。“紅世の徒”を追う新たなフレイムヘイズが現れた。“紅世の王”蹂躙の爪牙マルコシアスと、弔詞の詠み手マージョリー。今、フレイムヘイズ同士の戦いが始まる。地上へ墜ちた星黎殿を中心に展開する徒。空からあまたの軍勢を降下させ出城を築いたフレイムヘイズ軍。総力戦を前に息を殺し睨み合う二つの軍勢の間に、紅蓮の輝きが走った。その中心に立つシャナ。その口から告げられた『神門』の秘密と、新たな目的・神門を通った悠二と三柱臣の阻止。徒たちの策略を露に、フレイムヘイズの為すべきことを明確にしたその言葉を切っ掛けに、人ならぬ者、人を超越した力が相見える戦乱の火蓋が切って落とされる。ストライクが救助した脱出ポッドには、キラが想いを寄せる少女、フレイが乗っていた。アークエンジェルは友軍の軍事要塞アルテミスへの隠密航路をとることになる。その動きは、すでにクルーゼに察知されていた。フレイの父が同乗する第8艦隊の先遣隊と接触を目前にしたアークエンジェルに、束の間の安堵の空気が流れた。そこへクルーゼ隊が急襲をかけ、状況は一変する。為す術なく駆逐されてゆく先遣隊にキラのストライクも救援に向かうが、アスランのイージスが立ちはだかった。ラクスを人質に当面の戦闘を回避したアークエンジェル。キラはフレイに、父を守れなかったことを非難され落ち込む。キラがコーディネイターであるということが、いっそう2人の溝を深くしていた。キラは胸の内をラクスに打ち明け、彼女を逃すため単身出撃しようとする。アスランがキラの友人であるということを知ってしまうフレイ。父を守ると言って果たせなかったキラに対して、邪悪な感情が芽生え始める。第8艦隊合流を目前にしたアークエンジェルに、イザークらの3機のGが襲いかかった。絶体絶命のそのとき、キラに異変が起きる。クルーゼ隊の決死の追撃を振り切り、第8艦隊を犠牲にして地球に降下したアークエンジェル。ストライクに搭乗したまま大気圏に突入したキラは、熱を出して倒れてしまう。少女の残した折り紙の花に、守れなかった悔しさの嗚咽を漏らすキラに、フレイが妖しく微笑みかける。マリューの計らいにより、ミリアリアらは両親と面会することができた。無事を確認しあう親子たち。面会者のいないフレイはキラの部屋を訪れるが、キラの優しさに戸惑い、怒りをぶつけてしまう。その頃、オーブに潜入したアスランたちはモルゲンレーテの様子を伺っていた。トールを失ったミリアリアは、捕虜のディアッカに襲いかかる。「コーディネイターなんか死んじゃえばいい」と叫ぶフレイの銃口から彼を庇ったのも、ミリアリアだった。マリューはサザーランド大佐の査問で、キラにストライクを任せていたことを厳しく叱責される。ナタル、ムウ、フレイに転属命令が下され、クルーの間に動揺が広がる。そんな中、続々と集結を完了するザフト軍は、戦争早期終結のための「オペレーション・スピットブレイク」を発動。アラスカ基地への総攻撃が始まった。キラは仲間を守るために、地球へ戻ることを決意する。銀色の粒子へと砕かれた『神門』。それはフレイムヘイズ兵団の作戦敗北を意味していた。『神門』から顕現する巨大な蛇。その咆哮に続き、復活を遂げた創造神“祭礼の蛇”が宣布をはじめる。「余は新たに、この世の移し世、ザナドゥを創造する」。その姿と声に“徒”たちは士気を上げ、戦況は一気に変わって行く。戦いの第一目的を失い、士気が急激に下がっていくフレイムヘイズたち。シャナもまた、本隊を援護すべく持ち場へと急ぐ。紅蓮に輝く翼を広げ、その胸にアラストールを抱きながら。シャナたちの作戦『引潮』がスタートした。戦場に視聴覚を妨げる自在法『トラロカン』の雨が降りしきる中、瑠璃色の炎を灯す塔へと急ぐ傷ついたフレイムヘイズたち。敵に退路を見せる危い作戦の真意に気付いた者がいた。三柱臣が一人シュドナイだ。「あの囮に追撃部隊を引き付けるつもりか」。その推測を元に行動しようとしたシュドナイの眼前に、シャナとヴィルヘルミナが現れる。フレイムヘイズ兵団壊滅を阻止するため、最悪の“紅世の王”と呼ばれるシュドナイを止めるシャナたちの戦いが、雨に煙る空で火花を散らす。創造神復活の阻止、星黎殿の攻略、バルマスケ首脳部の打倒。何一つ成し遂げられなかった大敗としかいえない状況の中、シャナは言う。「私たちに打てる、最後の一手がある」と。それにはある決意が必要だった。“祭礼の蛇”によって崩された、世界のバランスを守るため戦って来たフレイムヘイズの使命に代わるもの。戦いに向かう、恨みや憎しみではない決意が。フレイムヘイズたちがその行動に躊躇するころ、星黎殿では新たな宣布がなされようとしていた。――楽園『ザナドゥ』創造の宣布だった。フレイから渡ったNジャマーキャンセラーのデータにより、核攻撃が可能となった。アズラエルは連合軍首脳部に、核による総攻撃を承認させる。3機のGと共に発進する核攻撃部隊「ピースメーカーズ」。放たれた核によって、ボアズ防衛線は一瞬のうちに陥落してしまう。「おまえは......要らない」。バル・マスケの盟主“祭礼の蛇”が望む『大命詩篇』。それに害悪を為す存在ならば、危険は取り除き、消し去るまで。ヘカテーの思いが水色の炎弾となって、力を封じられたシャナに向け打ち込まれる。炎弾が装飾を消し飛ばし、部屋の原型すらなくなろうとした時、事態を止めたのは“祭礼の蛇”坂井悠二だった。その口からシャナを生かし捕らえている意味、“蛇”が悠二の姿を纏っている理由が語られる。御崎市にいる吉田一美はとある疑問を抱いていた。フィレスに宝具『ヒラルダ』を託されたのは何故か。その思いに応えるかのように、ひとりのフレイムヘイズが御崎市を訪れる。大命の第二段階が始まった。盟主“祭礼の蛇”の神体を帰還させるため、三柱臣たちが神門に向かったのだ。それに合わせるかのように、残された“徒”らは一斉に行動を開始。世界を舞台にしたフレイムヘイズと“徒”の全面戦争が始まった。主な戦場はヨーロッパ東部、そして日本からフィリピン、マレーシアに至る東アジアの二カ所。アウトロー東京総本部は封絶により連絡が途切れていた。その頃、かつて放棄された「とある宝具」を探す者がいた。一対の宝具として作られた『天道宮』と『星黎殿』には、隠された秘密があった。一定の距離に近づくと、双方を繋ぐ通路が修復され、自由に行き来できるようになるのだ。ヴィルヘルミナらは、その通路を利用し『星黎殿』内部からの奇襲を仕掛ける。目的はただひとつ、『炎髪灼眼の討ち手』の救出だった。強力な反撃を予想していたフレイムヘイズだったが、『星黎殿』に三柱臣の姿はなく、上空に浮かぶ謎の黒い鏡があるのみだった。“逆理の裁者”ベルペオルの宝具タルタロスによって力を封じられているシャナは、この事態の中、ただ一度訪れる契機を待ち続けていた。星黎殿で起きた騒ぎを利用し、シャナは自分の力を封じてた戒めを解き、再び天目一個=贄殿遮那を手にする。そのまま脱出することは適わなかった。複数の分身を放ち襲い来る紅世の王ウアルが立ち塞がったのだ。その分身を一体、また一体と倒しながら、シャナはマージョリーとの鍛錬を思い浮かべていた。「もっと先が、もっと大きな力があるはず」だと。その頃、外界からその気配を隠蔽していた“クリュプタ”を破壊された星黎殿の上空に無数の飛行機が飛来する。フレイムヘイズ軍の指揮をとる総司令ゾフィーの号令が響く。「これより交差点作戦を開始します」。シャナは再び悠二と出会うことができた。そこは“祭礼の蛇”の上であり、二人の間には贄殿遮那とブルートザオガーが、そして互いに相容れない決意があった。「シャナ、今からでも余の大命の元で......」「悠二こそ、バル・マスケと手を切って私に......」。サブラクと3人のフレイムヘイズの戦いには、変化が起きようとしていた。ヴィルヘルミナとレベッカが傷つき戦いから一時離れる中、カムシン最大の自在法『儀装』により巨人が出現し、サブラクを迎え撃つ。二つの戦いを余所に、巨大な蛇は神門へと帰還の道を進んでいく。シャナはニューヨークに居た。古来より南北アメリカ大陸を“徒”から守ってきた強大にして特異な討ち手・大地の四神――今は既に三神となった彼らの共闘を得るために。『引潮』作戦で失われたその一神センターヒルに託された言葉を残る三神に伝えるシャナ。その頃、『ザナドゥ』創造の地と宣布された日本では、楽園へ渡るため駆けつけた“徒”と、それを阻止せんとするフレイムヘイズたちの戦いが繰り広げられていた。そのさなか、一人の少年・坂井悠二が、今までの姿で御崎市に再び現れる。楽園『ザナドウ』を求め集まる幾千幾万の”徒“と、その前に立ちはだかるフレイムヘイズたち。御崎市を覆う封絶の至る所で繰り広げられる戦い。その中心に、漆黒の炎と紅蓮の炎があった。『星黎殿』が変形し生まれた要塞・真宰社上空で太刀を合わせるシャナと悠二。互いの思いを知りながら、異なる道を歩む相手を止めるために対峙する二人。その戦いを見つめていた吉田一美はある思いを抱く。「自分が、相手が望まない、すれ違いも愛」。その胸に下げられた『ヒラルダ』に手を添える。楽園『ザナドゥ』創造を担う「世界の卵」を背にシャナと戦ってた悠二の横に、バル・マスケ三柱臣の一柱、シュドナイが並び立つ。同時に、シャナの横にもマージョリー、そしてヴィルヘルミナが現れた。その頃、“紅世の徒”に神託を伝播する力を持つ眷属・ロフォカレを捕らえ、戦況を少しでも変えようとしていたフレイムヘイズたちは、ロフォカレから意外な事実を知らされる。ロフォカレがシャナの計画を伝播できない理由とはなにか......。宝具『ヒラルダ』の発動によって現れ、吉田一美を連れ去ったヨーハンとフィレスの行き先とは......。シャナの真紅の炎が「世界の卵」へと届いた。物質的な破壊は起きず、真紅の輝きは波紋となって卵に染み渡っていく。攻撃を許した失態よりシャナの目的が破壊でないことに驚き、戸惑う悠二、そして三柱臣たち。「私たちは、創造される新世界に」「ひとつの理(ことわり)を織り入れる」。封絶内にシャナとアラストールの堂々とした声が響き渡る。これが戦いの終わりではなかった。真宰社の北方で、西方で。多くの場所でフレイムヘイズとバル・マスケとの死闘は続いていた。