滅菌処理のため、液体の入った水槽に入れられたり、強風に吹かれたり、また水槽の中に入れられたり、入念に滅菌され一同はぐったりするが、一歩施設の中に入ると、青い海に色とりどりの魚が泳いでおり、その綺麗な光景にみんな目を奪われていた。セカンドインパクトにより辺り一面は赤い海と化してしまったが、ここの施設ではセカンドインパクト前の青い海の光景が広がっていたのだった。お昼の時間になり、シンジが作ったお弁当をみんなで食べるも、レイだけは口をつけなった。理由は「肉を食べないから。」それなら、とシンジはレイに水筒に入れてきたお味噌汁を渡す。一口飲んだレイは「おいしい...」とカップを両手に持ちそのお味噌汁を見つめるのであった。その頃、ゲンドウと冬月は宇宙船に乗り南極を見下ろしていた。そこはセカンドインパクトにより大きな穴が開いていた。「セカンドインパクト」それは15年前、シンジも生まれる前に南極で起こった地球規模の大災害で、光りの巨人4体と4本の槍が観測され、そこには大きな穴が開いてしまった。ミサトが幼い頃、父親と共にその現場にいたため、ミサトはシェルターに入れられ父親からは十字架のペンダントを託され、かろうじて脱出する事ができたが父親は帰らぬ人となった。そのペンダントはミサトが今もなお大事に首にかけている。加持はその話をシンジに聞かせ、「生き残るというのは、死んだ人の犠牲を受け止め意思を受け継がなければいけない。辛いのは君だけじゃない。」と諭し、シンジに何かを感じ取ってもらおうとしていた。Eva.ネルフ本部の画面に映し出された第8使徒。それは目のような模様がうごめいており、黒くて丸い球体をして宇宙から飛来していた。スーパーコンピューターシステムのMAGIによれば、このまま使徒は99.9999%の確立でネルフ本部へ命中すると予測していた。宇宙ではすでに使徒への攻撃を始めていたが、最大兵器であるN2航空爆雷をも防ぎ、また光りをも歪めてしまう強力なATフィールドを展開していた。ネルフの総司令官でもあるゲンドウとは、使徒の影響で連絡がとれず、ミサトが責任者として使徒殲滅の作戦を考えることとなった。光りをも歪めてしまう強力なATフィールドにより空間の歪みもひどく、ライフルなどで襲撃するのも無理な状態。すれば使徒を殲滅できるのか...ミサトが考えた作戦をリツコに伝えると、MAGIによる検証でも失敗する可能性は99%、成功したとしてもエヴァ三機とも消失する、と激しく抗議されてしまう。ミサトは責任者は私だと譲らず、そのままエヴァ三機を使って使徒の殲滅に乗り出す。その作戦というのが「使徒を手で受け止める」というものだった。使徒は位置情報を錯乱しているため正確な場所が把握できず、そのためエヴァ三機をミサトの「女の勘」でそれぞれ配置、あとはパイロットそれぞれの判断で動き、使徒が落下してきたら手で受け止め殲滅するという作戦だった。エヴァ三機は使徒殲滅に備えそれぞれの場所で待機。その間シンジは妙に心が落ち着いた状態になっていた。その中でシンジは懐かしい匂いを感じ、「母さん...?綾波...?」とその匂いの正体が誰か考えていた。それによりエヴァ三機がいっせいにスタート。外部電源装置が切られ、使徒が落ちてくるであろう地点に向けて三機は全速力で走り抜ける。黒い丸い球体だったものが、周りの黒いものが剥がれ、虹色の目玉のような形になって落下。それにより使徒の軌道も変更。思ったよりも速いスピードに弐号機に乗るアスカは「間に合わない!」と焦るが、初号機に乗るシンジが「こっちでなんとかする!ミサトさん!」とミサトに向け呼びかけ、ミサトは初号機が走りやすいよう、オペレーターであるマコトに指示を出しサポートをする。その間も使徒はどんどん落下し、遂には10枚の羽を広げ、巨大な蝶のような形に変形した。間一髪でシンジは使徒の真下へ到着する事に成功。ATフィールドを全開にし使徒を受け止めます。受け止めた使徒の中から人のような形をした使徒が出現。初号機の手をつかんだかと思うと、使徒の手が槍状に変形。そのため初号機の手が突き刺されてしまう。痛みに苦しみながらも必死で絶えているシンジのところへアスカの乗る弐号機が追いつき、プログレッシブ・ナイフを両肩から取り出して、刺そうとするも、コアはグルグルと動き回り、弐号機はタイミングよくコアを刺すことができずかなり焦ってしまう。活動限界まであと30秒という一刻の猶予も残されていないというその時!レイの乗る零号機が使徒のATフィールドを突き破りコアを手で捕まえる。それにより弐号機はコアにナイフを突き刺し、無事殲滅することが出来た。コアを刺された使徒はぐったりと羽を下ろし、体からは血が吹き出て街は洪水のような状態になり赤く染まってしまった。使徒殲滅によりゲンドウとの通信も回復。戦いに疲れぐったりしているシンジのところへ父であるゲンドウから通信が入ってきた。