日韓同時リリースをし、韓国洋楽チャートで1位獲得。LIVE」と題し、SPYAIR初となるメンバーや参加者全員が上半身裸で行う男性限定ライブを開催。You〜」をリリース。12月18日、日本武道館で単独公演を開催し、延べ1万人満席動員する[20]。この公演をもってENZEL☆が脱退する[21][22]。ゲリラライブを無告知で開催。2013〜武道館!見とかなアカン!〜』と題して、全国5ヶ所で武道館公演の先行上映を開催。2013「サクラミツツキ」』を開催。2012』を同時リリースした。その後、5月29日、ドラマ『潜入探偵トカゲ』主題歌となった11thシングル「虹」をリリース。万事屋よ永遠なれ』主題歌となった12thシングル「現状ディストラクション」をリリースし、オリコンウィークリーチャート6位を獲得した。8月7日、3rdアルバム『MILLION』をリリース。オリコン初登場で2位を獲得し、韓国洋楽チャートで1位獲得。ヨーロッパ50ヶ国でリリースされた。アルバム完全再現フリーライブを開催し、約8000人を動員する。このライブは、ニコニコ生放送、YouTube、Ustreamで全世界へ同時生中継された[23]。同月9日、テレビ朝日系列の「ミュージックステーション」に初出演、「現状ディストラクション」を披露する。STAGE】』を開催した。2013「MILLION」』を開催。LIFE」をリリース。〜わんぱく王に俺はなる!〜』を開催した。"MILLION"』と題し、全国9ヶ所で、MILLIONツアーのドキュメント映画が上映。"MILLION"』をリリースした。同年4月30日、アニメ『ハイキュー!!』オープニングテーマに抜擢された14thシングル「イマジネーション」をリリース。Nagoya公演が、Vo.IKEが急性気管支炎を発症した事を理由に急遽延期となる。Rensa公演の延期を発表[25]。Fukuoka公演からツアー再開を発表。21日には午前8時にVo.IKEが自身のtwitterに「SPYAIRを辞めます!」と投稿し、騒動となる[26]。2014「イマジネーション」』の残り公演と延期していた公演すべての中止を発表。ツイートは「ボーカリストとしての責任の重大さと、病状が悪化したことによる理由からのもの」で、今後の活動は「改めて報告する」と説明された[27]。26日、IKEの長期療養のため、5月26日時点で予定されていたすべてのフェスへの出演の取りやめと8月11日・12日・13日に開催予定であった<真夏の3番勝負>の中止を発表した。7月28日、公式ウェブサイトにて、Vo.IKEがポリープの除去手術を受け、引き続き療養中ではあるものの経過は順調であることを発表。「SPYAIRは解散しません」とのコメントを発表し、メンバー全員からのコメントも合わせて掲載。加えて、2014年初頭に録音した未発表曲「GLORY」を公開。9月25日、ラジオ番組『AIR'sROCK』が最終回を迎える。10月11日、活動再開後初のステージとして、大阪城ホールで開催されたMBSの音楽イベント『MBSアニメフェス2014』にサプライズ出演[28]。11月26日、初のベストアルバム『BEST』をリリース。オリコン週間3位を記録。アジア・ヨーロッパほか71の国と地域でもリリースされた。