鎌倉時代には西大寺の叡尊、興福寺の円晴、唐招提寺の覚盛、西方院(唐招提寺子院)の有厳が当院で戒律を講じたという。室町時代には興福寺の二大院家の1つの大乗院の末寺となっていた。近世は本堂に弁才天が安置されていること、また院号の不空院が転じて福院とも呼ばれたことで、「かけこみ寺」として奈良町の芸妓達の信仰を集めていた。奈良の唐招提寺金堂は晩唐の建築様式の影響を受けているが、佛光寺の大殿は同じ山西省の南禅寺大殿や広仁王廟正殿と並んで晩唐から残る建築物である。