ための試験車両「ALFA-X」が早くもシンカリオンへと変形し、新たな運転士とともに日本の平和と安全を守るため、戦いに挑む。TVアニメでは描かれなかったシンカリオン誕生の秘密、ALFA-Xが繋ぐ現在と未来、ハヤトとホクトの親子の絆...。ALFA-X」が鍵を握っている...!?平穏な日々を過ごしていたハヤトら<チームシンカリオン>の戦いが再び幕を開ける――!!突然の敵の攻撃により父・ホクトが行方不明になってしまい、不安を隠せないハヤト。ALFA-X」の運転士になることを決心する。