夜の学園都市で、『警備員(アンチスキル)』に追われるある少女がいた。生物の死体を操ることができる逃亡者はなぜかアクセラレータの病室へと侵入する。闘の末、『警備員』に確保された少女が残した写真には、ラストオーダーの姿が写っていた。その裏側にある事情を探るべく、拘束された少女の引き渡しを要求するアクセラレータ写真を見たアクセラレータは事情を探るべく、『警備員』に少女の引き渡しを要求する。『警備員』たちはそれを拒み、疑念を抱いたアクセラレータへ銃を向ける。『警備員』たちの異様なまでに執拗な攻撃はエスカレートを続け、ついには新型の機動兵器を投入するまでに。その機動兵器にはとある秘密が隠されていた。逃亡者の少女が、アクセラレータの病室を再び訪れ――。死霊術を施された人皮の遺体を正しい状態に戻すべく処置するエステル。その途中で遺体を処分すべく霊安室にやってきた『DA』隊員と鉢合わせてしまう。その上、エステルの処置により疑似魂魄・禍斗が宿った遺体が動き出してしまったことで現場は混乱。アクセラレータの傷が開いた隙をついて、『DA』隊員のひとりが偶然通りがかったミサカ一〇〇四六号を人質に逃亡してしまう。倒れたアクセラレータは手術室へと逆戻りし、エステルは禍斗とともに『DA』の行方を追うことに。一方で、暴走気味の『DA』の行動に懸念を抱いたスポンサーのひとり――統括理事会の亡本は、彼らの抹殺に動き出す。菱形もまた自らの研究に投入すべく、『DA』のさらった人質を確保しようと動き出す。(スカベンジャー)』。『DA』抹殺のために放たれたその牙は、彼らの憎む諸悪の根源――『センセー』たる黄泉川と、『優等生』エステルへと向けられる。紙を自在に操り着ぐるみのようにまとって戦うナル、液体の比重を操る薬丸、摩擦係数を操る清ケ、作戦立案と有機的な連携攻撃を指揮するリーダー。一筋縄ではいかない屍喰部隊に対し、エステルと禍斗は失神した黄泉川を守りながらの戦いを余儀なくされる。常人離れした禍斗の膂力と、それを補助するエステルの死霊術でなんとか食い止めようとするものの、ナルひとりを止めることすら叶わない。戯れるようにナルの攻撃に磨り潰される禍斗に、エステルが絶望し心折れそうになったそのとき。なんとかして蛭魅を救いたい。そんな想いから犯してしまった自分の過ちを、今こそ正すと決意したエステル。ミサカ一〇〇四六号を回収し、10031回分の死の記憶を完全にコピーして『絶対能力(レベル6)』への『公式』を手に入れんとする菱形。3体の『棺桶』の攻撃を潜り抜け、菱形のラボにたどり着いたアクセラレータは、ミサカ一〇〇四六号の救出に成功するも、すでに『公式』は完成していた。菱形は本命である蛭魅へ『公式』をインストールする時間を稼ぐため、残る『窮奇』と『饕餮』をアクセラレータに差し向ける。『公式』をインストールされたことで大幅に能力の強化された両機の連携攻撃の前に、アクセラレータは足止めを余儀なくされる。ローゼンタール家の400年に渡る悲願である『完全なるゴレム』を生み出すべく、『檮コツ』をそそのかした『悪魔』こそ、ローゼンタール家第4代当主イサクだった。己の魂魄を転写した『檮コツ』の中に潜み、蛭魅となって菱形幹比古を操って手に入れた『神』の体。ミサカ一〇〇四六号から抜き出した10031回分の死の記憶こそがそのキーとなったことを知り、アクセラレータは激怒する。どんな攻撃を加えようともゴレムは再生を続け、完全なる『神』となるべく成長していく。その惨状を前に、自分が誰も救えなかったどころか、すべての元凶が自分の家系にあったことに、立ち上がる力すらなくしてしまうエステル。自分のその手で何を救いたいのか。人間を取り込んで肥大化し、進化を遂げて完成形に近づいていく『完全なるゴレム』。舜帝の剣でその符を突き、『檮コツ』の疑似魂魄に干渉すれば止められるかもしれない。エステルたちは符を宿す本体たるイサクの居場所を探してゴレムの体内を進んでいく。取り込んだ者たちの思念が混じり合い、意識が浸食され始めたイサクの隙をつき、極大の力を振り絞って本体のもとへと道を切り開くアクセラレータ。エステルは大事な約束を守るため。禍斗は主人を護るため。菱形幹比古は蛭魅を取り戻すため。それぞれの立場とそれぞれの目的のため、5人がイサクの前に立ちはだかる。絶望と戦闘の連鎖から救い出した精霊たちと、今日も賑やかで騒がしくありつつも、和やかで充実した日々を過ごす五河士道。そんな日常風景をけたたましく切り裂く空間震警報が——。廃墟と化したテーマパークに現界したのは<ウィッチ>と呼ばれる精霊・七罪(なつみ)。大人の魅力をムンムンと漂わせ、士道にも妙に好意的な様子。珍しくイージーモードのデートが展開されるのかと思いきや——。