高座に復帰した[51]。「愛は地球を救う」39』では、オープニングで開会宣言を担当。笑点のオープニング風に、開会宣言を行った。この年のチャリティーマラソンが笑点メンバーの林家たい平だったため、たい平以外の笑点メンバーによるマラソン応援団の団長を務めた。2016年12月14日、定期検診で軽度の肺炎と診断され、入院[52]。冬の特選大落語会」で高座に復帰したが[54]、ドクターストップを振り切っての退院だったことを明らかにしている[55]。出演したが、翌2日に肺炎で入院した[56]。18日に退院[57]。行われた「新春落語会」で高座復帰した[58]。2017年3月18日放送(12日収録)の『古舘伊知郎ショー』(テレビ朝日)の番組内で、引退を検討していることを明らかにした[59]。2017年4月16日、肺炎のため入院し、国立演芸場の「4月中席」は、16日から20日まで休演[60]。高座65周年記念落語会」(なかのZEROホール)は公演中止となった[61]。今回の肺炎は、酸素の過剰吸引に誘発された稀なケースであったとされている[62]。5月13日に退院[63]。急性憎悪」と診断され、再入院[65]。匠の噺会」では、開演前の舞台に立ってあいさつを行った[66]。2018年4月19日、国立演芸場にて行われた芸協定席興行で「小間物屋政談」を口演。これが生前最後の高座となった。その後、同月24日に肺炎が重篤化し横浜市内の病院へ入院[67]。6月15日の芸協定期総会で、副会長として補佐してきた三遊亭小遊三が歌丸の長期療養中に伴い、副会長在職のまま会長代行に就任した[68]。最後のテレビ出演は2018年7月1日放送(同年4月7日収録)の「もう笑点」であった[69][70]。ため、横浜市内の病院で死去[71][72]。弟弟子であった桂米助(ヨネスケ)理事、惣領弟子であった桂歌春理事が揃って会見し、歌丸の想い出と死去に至るまでの経緯を語った。それによれば、歌丸は入院後まもなく一時危篤状態に陥りながらも持ち直したこと、6月30日までは会話が出来ていて、6月26日に病床の歌丸を見舞った小遊三に対し芸協の今後について熱弁をふるったこと、7月1日には言葉が出なくなり、家族と歌春ら弟子に最期を看取られて息を引き取ったことなどが明かされている[73][74]。6代目三遊亭円楽はマスコミ向けのコメントの中で入院後の4月と5月、死去の12日前にあたる2018年6月20日に病室を見舞った事を明かした。4月に見舞った際には眼が合うだけで会話できなかったが、最後に見舞った6月20日には笑って色々な話をした事や、復帰に向けた喋りのリハビリの様子を見せてくれ、回復していると思った矢先の訃報であった為、言葉にならないとその心境を記した[75]。「愛は地球を救う」』で『歌丸生前最後の映像』として放送された。法名は「眞藝院釋歌丸」(しんげいいんしゃくかがん)。1964年から親しまれてきた芸名に、長年にわたって芸事に真摯に向き合い続けたことと、横浜市内の真金町で生まれ育ったことから、『藝』と『眞』の文字が入った[76]。同月9日に通夜、翌10日に家族葬が営まれその日のうちに横浜市内の斎場で荼毘に付された[77]。代表して三遊亭小遊三が謝辞を述べた[78][79][80][81]。2018年7月22日より、先述通り笑点での肩書が『終身名誉司会』から『永世名誉司会』に変更された。日本政府は歿日付で従五位に叙した[82]。晩年は、記者会見において言葉を話さないで人気を得る芸人に対して苦言を呈している。具体的にはアキラ100%(お盆で局部を隠す)や海原はるかかなた(髪の毛を息で吹き飛ばす)など名前を伏せつつも誰のことか解る形で指して、記者を笑わせつつも、芸事の方向性としては最低限でも言葉で人気を取る芸をやって欲しいとしている。「もともとあたしは横浜・真金町の遊郭育ち。女性のお化粧は見慣れているんですよ」と自負を持っていた[83]。バニーガール姿、花魁姿など、女装を『笑点』で幾度も公開している[84]。「浜っ子」であることを誇りにしており、古典落語独特の江戸ことばを使うような噺には近づかなかった[85]。過去にはカナダ・トロント、2006年(平成18年)3月10日にはパリで公演を開催、フランス語の字幕付きで『尻餅』を演じた。11月2日にはニューヨークで海外公演を開催し、同じく日本語(英語の字幕付き)で『尻餅』を披露。2007年(平成19年)5月にはメキシコ公演も行う。30代から晩年に至るまで容姿がほとんど変わっていない。30代前半頃には、既に現在の頭髪に近い状態になっていた。30代で死去した自身の父はもっと薄かったと述懐している[86]。多趣味で知られ、足腰が弱る前は釣りに特に熱中していた。夏は大物狙いで渓流へ、冬はワカサギを求め相模湖へ通うのを恒例としていた。(特に横溝正史や高木彬光の作品)を好む[87][88]。2010年(平成22年)5月に横浜にぎわい座の2代目館長の就任を要請されていることが明らかになり、同年7月に就任した(初代館長である玉置宏が同年2月に死去し館長が不在であった)。長年『笑点』に出演し、茶の間に広く顔の知れた高齢者であることも相まって、2010年(平成22年)6月、総務省から「地デジ化応援隊」メンバーに起用された。2004年2月に落語芸術協会の会長に就任(現職)。これをもじって「怪鳥」あるいは「怪しい鳥」と自他共にネタにすることが多々ある。当時の司会・5代目圓楽よりネタにされたことに起因する[89]。以前は、『笑点』のオープニングでも、ハゲタカ風の怪しい鳥に乗った歌丸のアニメーションが放送された時期があった。19歳の頃から喫煙を始め、1日に50本ものたばこを吸うヘビースモーカーであった。67歳の頃に受けた人間ドックにおいて、医師から「禁煙しないと取り返しのつかないことになる」と言われたが、その後6年間喫煙を続けた。(COPD)の予防・早期発見に関する検討会」の患者代表委員を務めた[90][91]。(現:6代目三遊亭圓楽)、古今亭朝次(現・7代目桂才賀)、山田隆夫と共に当該事故便に搭乗する可能性があった。5代目古今亭今輔に入門。兄弟子・4代目桂米丸の前名・古今亭今児を名乗る。兄弟子・米丸門下に移籍。