マウスポインタを画像に重ねてください神ノ島教会堂は長崎港の入口近く、急な斜面を切り開いた狭い敷地に建っている。近くの海辺にあるドンク岩には岬の聖母が立ち、出入りする船の航海の安全を祈っている。煉瓦造で比較的急峻な単層屋根構成となっており、正面には当教会堂を特徴づける大きな鐘塔をもっている。表面は露出していないが、明治10年代に建設された旧大浦天主堂或いは出津教会堂と同様に、当初から漆喰等で煉瓦表面を塗り込めていたかどうか明らかではない。