基本的なルールは上記記載事項を踏襲しており、財務面で3期連続赤字、ないしは債務超過である場合はライセンス交付・発行を認めないことを原則とするが、J2以上のクラブにおいても財務面において参加基準を満たせなくなった場合、Jリーグが改善の見込みがあると認められた場合はJ3リーグに参加できるようにする。この場合、該当したクラブに対しては、そのシーズンについては獲得した勝ち点から最大で10点の減点処分となる。参入希望の動向編集2013年3月6日の発表では、Jリーグ加盟を目指す、Jリーグ準加盟クラブを含めたJFLの12クラブ、地域リーグの5クラブ前後が関心を示していると報告され[24]、発足時点では、この中から「10から12クラブ」に絞るとしていた[3]。ならびに2013年7月16日に公開された「J3準備室」特設サイトでの公開情報によれば、初年度のJ3への参加意思があるのは後述の19クラブであり、この19クラブを対象に加入審査を行うと報じられている。内訳としてはJリーグ準加盟クラブが6クラブと、新たに準加盟申請を行う13クラブとなっている[24][27][55]。19クラブのうち半数以上の11クラブがJ1、J2のクラブのない地域のチームであり、日刊スポーツは「地域や自治体が一体で将来的に「J1を目指す」という夢を共有できる意味は大きい。(いわゆる)「J空白県」が埋まることは「全国で100クラブ」を目指すJリーグの構想とも合致する。」と論じている[56]。Jリーグ準加盟申請が書類不備で不受理となっており[51]、Jリーグでは初年度J3参入希望の19クラブには含めていない。KAGOSHIMA(九州・鹿児島県)[60]、FCガンジュ岩手(東北1部・岩手県)も初年度のJ3入りを目指していたが、初年度のJ3入りの条件となる2013年6月までの準加盟申請を断念している[60][61][62][63]。審査結果編集2013年11月19日の理事会において、J3に参加希望していた19クラブのうち9クラブのJリーグへの入会が承認され[29]、後述するJリーグ・アンダー22選抜を併せてJ3発足12チームのうち10チームまでが決定した。残る2クラブについては、1クラブは2013年12月1日・8日に行われるJ2・JFL入れ替え戦で対戦する「ガイナーレ鳥取(2013年J2最下位=22位)対カマタマーレ讃岐(2013年JFL2位)」の結果でJ2参加とならなかったチーム、もう1クラブは17日のJリーグ理事会でJ3ライセンス交付が認められた地域リーグのチーム(グルージャ盛岡、アスルクラロ沼津、レノファ山口FC)の3クラブのうちから1クラブを選ぶこととした。J2・JFL入れ替え戦は讃岐が勝利したため、讃岐がJ2参入、鳥取がJ3参入となった。地域リーグの3クラブの入会ヒアリングは地域リーグ決勝大会などの成績を踏まえ、優先順位を盛岡→山口→沼津の順番で審査を行うものとされ[64]、その後盛岡のJ3参入が承認された。このため山口・沼津はJ3入会審査に及ばなかった。その後山口・沼津はともに日本フットボールリーグ(JFL)のチーム数減少に伴う新規参入希望枠(第15回日本フットボールリーグ#地域リーグとの入れ替えを参照)によってJFLへの昇格が認められた。下の表における「準加盟申請日」は、2013年3月以降に準加盟申請を行った日付を記す。同欄で「準加盟」とあるのは2013年3月時点で準加盟が承認されている6クラブ。審査段階については2013年12月2日時点の結果を示している[65]。育成を目的としたチームの参加編集J3構想が明らかになった段階から、J3を若手選手の育成の場として活用しようという方策が検討されており、2014年と2015年にはJリーグ・アンダー22選抜が参戦し、2016年以降はJ1・J2のU-23チームが参戦している。報告され、担当者の間で方向性を確認[88][89]。