本殿から少し離れた所にある三重塔。今から約1300年あまり前、修験道の祖・役行者が霊夢の導きにより児島に上陸し、ご神体を安置して新熊野三山を開き、その高弟5人が尊瀧院、太法院など5つの寺院を設けたのが五流の始まり。今なお正統修験の総本山だ。新熊野検校を兼ね下向され、続いて冷泉宮頼仁親王がこの地に庵を設け、五流尊瀧院の住職になられたという。後鳥羽上皇の遺骨を納めた石造宝塔は国指定重要文化財だ。同院には、明治維新の中心人物だった大久保利通公が1878(明治11)年、東京紀尾井坂で暗殺された時に乗っていた馬車が所蔵されている。英国製のもので、大久保家から永代供養のために寄進されたという(見学の場合は事前に要連絡)。