元ナショナルトレセンコーチなどを務めた松田浩が育成部部長に就任、元長崎U-18監督で昨シーズン北九州の監督を務めていた原田武男がトップチームコーチとして復帰、貝崎佳祐がトップチームテクニカルコーチ就任。JFL・ヴェルスパ大分に期限付き移籍、前年から沼津に期限付き移籍していた畑潤基の期限付き移籍期間を延長した。(東海学園大学)、新里涼(順天堂大学)、米田隼也(順天堂大学)が新入団した。リーグ戦では、開幕から6戦未勝利(2分4敗)となり、一時は17位まで順位を落とすが、第7節・清水戦でJ1初勝利を果たすと、そのまま4連勝し第10節終了時には9位まで順位を上げる。直後に3連敗するも、5勝2分8敗、15位でワールドカップによる中断期間に突入した。YBCルヴァンカップでは、グループステージの最初の3節で2勝1分の成績を残し一旦はグループ首位に立ったものの、残る3試合は全敗。グループ3位に順位を落としグループリーグ敗退となった。天皇杯では、2回戦で松江シティFCに0-0の後、延長戦で先制するも追いつかれ、アディショナルタイムのゴールで2-1と辛勝。3回戦では湘南相手に0-0の後、延長戦で先制するもアディショナルタイムに追いつかれ、PK戦で3-4で敗れた。ら8選手が他クラブに期限付き移籍した。リーグ再開後の試合を連敗し、中断前から数えて3連敗。第18節・FC東京戦は勝利したが、翌節からは5連敗含む7試合未勝利と勝ち点を伸ばせず、第23節終了時にシーズン初の最下位に転落。そのまま最下位から抜け出せず、第32節・横浜FM戦に敗北したことで年間17位以下が確定した[14]。残留の可能性は残していたが、11月17日に行われたJ2最終節の結果、町田の年間順位が4位で確定した事により、長崎のJ2自動降格が決定した[15]。降格決定2日後の11月19日、高木の今シーズン限りでの監督退任が発表された[16]。第33節、G大阪戦に敗れ、1試合を残してJ1年間最下位が決定した[17]。最終節を引き分け、年間成績は8勝6分20敗の勝点30に終わったものの、J1が18チーム体制となった2005年以降の最下位クラブの最多勝ち点を更新した(翌年に磐田が勝ち点31で更新)[18]。一つに、唯一に、一番に。新監督に、前日本代表コーチ・U-23日本代表監督で、仙台での指揮経験もある手倉森誠を招聘。JFL時代を知る最後の選手となった前田悠佑が現役を引退した(普及インストラクターに就任)。中村慶太(→清水)、鈴木武蔵(→札幌)、ファンマ(→大宮)、田上大地(→柏)、飯尾竜太朗(→仙台)、乾大知(→横浜FC)、田代真一(→横浜FC)、北谷史孝(→FC岐阜)、木村裕(→長野)、福田健介(→栃木)、奥田達朗(→高知)がそれぞれ完全移籍。平松宗(→新潟)、中原彰吾(→札幌)、増田卓也(→広島)がレンタル期間終了で退団。ヨルディ・バイス(→徳島)、碓井鉄平(群馬→富山)がレンタル移籍した。玉田圭司(名古屋)、長谷川悠(清水)、角田誠(清水)、亀川諒史(柏)、大竹洋平(岡山)、鈴木彩貴(横浜FC)が完全移籍で加入した。古賀貴大(九州総合スポーツカレッジ)、鹿山拓真(東海学園大)、江川湧清(U-18からトップ昇格)が新入団。レンタル期間終了で復帰、イ・サンミン(蔚山現代FC)、イ・ジョンホ(蔚山現代FC)がレンタル移籍加入した。(川崎F)、秋野央樹(湘南)、ビクトル・イバルボ(鳥栖)がレンタル移籍加入、チェ・キュベック(→済州ユナイテッドFC)がレンタル移籍した。ハイロ・モリージャスが両者合意のもと契約解除で退団となった。2月8日、10日にハワイ州のアロハスタジアムで開催された「パシフィック・リム・カップ2019」に初出場し、初優勝した[19]。リーグ戦は、開幕戦で横浜FCに勝利し5位に付けたのがシーズン最高順位となり、7節には20位まで落ちる。その後持ち直し4連勝した16節ではプレーオフ圏内の6位まで戻すがその後勝ちきれず、25節以降は二桁順位から浮上することなく最終順位12位でシーズンを終える。呉屋がJ2記録タイの7試合連続ゴールを上げるなど活躍を見せたが、17勝20敗5分と負け越したシーズンだった。YBCルヴァンカップでは2勝2敗2分で札幌に次ぐ2位で初のグループリーグ突破。プレーオフステージではG大阪と対戦し、第二戦を2-0で勝利するもトータル3-4で惜敗した。天皇杯では二回戦で高知に延長の末2-1で勝利、三回戦では三重に延長でも決着つかずPK戦で勝利、四回戦ではJ1仙台に2-1で勝利し初の準々決勝に進出。準々決勝では同じJ2の甲府に2-1で勝利したものの、準決勝でJ1鹿島に3-2で敗れ、国立競技場のこけら落としとなる決勝への進出を逃した。シーズン終了後の2020年1月1日をもってに社長の高田明が退任し、後任に長女でジャパネットホールディングスの関連会社の社長を務めていた高田春奈が就任することが発表されている[20]。1月2日、高田春奈が社長に就任した。し、15日には新しい役員人事が発表され、大株主の一社であるチョープロ社長の荒木健治が会長に就任した[22]。同月1日に開かれた臨時株主総会では、資金不足が深刻化し早ければ4月にも社員への給与未払いが発生する見込みであることが明らかにされた[24]。3月7日、英会話教室のNOVAホールディングスが出資を打診し[25]、経営陣は3月10日に一旦はNOVAからの出資を受け入れる意向を表明するが[26]、同日に当時の筆頭株主であるジャパネットホールディングス(以下「ジャパネット」)がチームを100%子会社化する意向を表明し、翌日にジャパネットの支援を受ける方針を決めた[27]。3]に対して株式買取について説明を行った。2017年4月20日時点で第三者割当増資と既存株主からの株式譲渡によりジャパネットがクラブ運営会社の89.5%の株式を取得[28]、4月25日に株主総会と取締役会を開き、同日付でジャパネットの創業者・髙田明が代表取締役社長に就任した[29][30]。同年5月16日付で全株式を取得した[4]。新たな経営陣が過去の経営体制の洗い直しを行っていたところ、2015年の開幕節から2017年第6節(4月2日)までのホームゲーム45試合で発表された入場者数について、「広告収入減を避けるため」との理由から入場者実数に運営関連スタッフ等を上乗せして発表していたことが判明[31]。Jリーグに報告の上、2017年7月25日に行われた理事会で譴責と制裁金300万円の処分を受けた[32]。(トランスコスモススタジアム長崎)である。どまり陸上競技場と併用していたが、2015年以降は全てのホームゲームをここで開催している。同競技場のJリーグ基準への改修は最終的に断念した。