明朗で快活、天真爛漫だが、不器用で毎日に不満を抱えている赤毛にそばかすの少女メアリ(声:杉咲花)。ある日、赤い館村に引っ越してきたメアリは、森で7年に一度しか咲かない不思議な花《夜間飛行》を見つける。それはかつて、魔女の国から盗み出された禁断の“魔女の花”だった。一夜限りの不思議な力を手に入れたメアリは、雲海にそびえ立つ魔法世界の最高学“エンドア大学”への入学を許可される。メアリがついたたったひとつの嘘が、やがて大切な人を巻き込んだ大事件を引き起こしていく......。メアリは、魔女の国から逃れるため「呪文の神髄」を手に入れ、すべての魔法を終わらせようとするが、そのときメアリはすべての力を失ってしまうのだった。次第に明らかになる“魔女の花”の正体。メアリに残されたのは、一本のホウキと小さな約束。魔法渦巻く世の中で、ひとりの無力な人間・メアリが、暗闇の先に見出した希望とは何だったのか......。