この物語の主人公・先導アイチが葛木カムイ、戸倉ミサキとチームを組みVFアジアサーキットを制してからはや数か月・・・中学生だったアイチは高校生になっていた。ァンガードを介して友達となった森川カツミや井崎ユウタといった同級生たちは別の高校に進学し、アイチは孤独な環境で高校生活をスタートする。入学した当初は慣れない環境に戸惑ってばかりのアイチだったが、馴染みのカードショップ「カードキャピタル」の仲間である櫂トシキや三和タイシたちのアドバイスを受け、学校生活を充実させるため、アイチは学校にヴァンガードをする部活「カードファイト部」を作ろうとする。戸倉ミサキ:橘田いずみ石田ナオキ:奈良徹スイコ:寺川愛美コーリン:三森すずこレッカ:南條愛乃など。惑星クレイから“使徒”を名乗るユニットたちが地球に降り立った。全てを滅ぼす“破壊の竜神ギーゼ”。アイチ」は、気が弱く、クラスでも目立たない中学三年生の男の子。ヴァンガード」世界で数億人ものプレイヤーを数えるこのカードゲームは、常に人々を熱狂させ、多くの絆を育んできた......。人々の生活の一部として当たり前のようになっていた。巻き込んだ、リンクジョーカーとの死闘から数日後。世界は平和そのもので、穏やかな日常が戻っていた。櫂トシキは驚くべき事態に直面する。熱狂の渦に巻き込むカードゲーム「ヴァンガード」。このカードゲームが一人の少年の運命を変えた。少年の名前は、先導アイチ。今より少し未来の話――世界のカードゲーム人口は数億人を超え、生活の一部としてあたり前のものになっていた。