地球とは重なり合いつつも交わらない双子の世界『エデン』。エデンは剣と魔法の世界で様々な知的種族が存在したが、もう何千年も種族間で戦争をしていた。人類は異種族と争いながら、愚かにも人類同士とも争いあい、もはや滅亡の危機に瀕していた。なかでも非力な少女たちの運命は過酷そのものだった。そんなエデンの世界に奇跡が起きる。少女たちの涙がはるか彼方の真の英雄たちに届き、『三国武将魂』がエデンに流星のごとく降り注いだ。エデンの窮状を見かねた真の英雄たちが、少女たちの体に宿り、大いなる力を与えたのだ。三国武将魂から少女たちが得た力は究極のバトルフォームだった。その力は大地を裂き、山を砕き、一騎当千の力で敵軍を薙ぎ払う。激しい戦いによってバトルフォームがさらに大きな力を与えた。人類のために美しき戦いを繰り広げる少女たちは、いつしか人々の希望となり、『乙女戦姫』と呼ばれるようになった。アナタも今、エデンの戦乱をおさめるため、乙女戦姫と立ち上がるのだった。