TV版のもう一つの結末として描かれた劇場版完結編。TV版の第弐拾伍話と最終話のリメイク作にあたる2話で構成。第25話「Air」人為的なサードインパクトに失敗したゼーレはネルフに攻撃を仕掛けてきた。絶望的状況の中、母の存在、自己の存在を確認したアスカが復活、反撃を開始。天空より新たな敵が舞い降りてきた。第26話「まごころを、君に」初号機に搭乗したシンジの見たモノは、無惨な残骸となったアスカの弐号機だった。量産機が初号機を取り巻き、厳粛なる儀式を執り行う。ヒトの心の補完とは、一体何なのか。