連載1000回を達成する。この時期は長年行われていなかったアイドルグラビアの掲載と『愛読者賞』の復活があった。13年間使用した誌名ロゴの変更、経済面を考慮し表紙のギミックを廃止するなどの試行錯誤が続いた。1990年代後半1995年から始まった発行部数減少に歯止めがかからず、1997年までに約230万部減少。10年をかけて伸ばした部数が2年で逆戻りし、1997年48号で『週刊少年マガジン』に発行部数を抜かれる。-)等が新たな看板作品として登場。これらの作品は2000年代のジャンプの牽引役となり、2010年現在も連載が続いている。-)などもヒットし、部数の降下傾向は続くものの、『週刊少年マガジン』についで2位は維持。-)がヒットし、連載作品の単行本売り上げは好調に推移している。漫画業界全体の発行部数が落ち込む中、2002年8月に『週刊少年マガジン』を抜いて再び漫画誌の発行部数1位となる。この時期から誌面を越えた活動が多く見られるようになる。JUMP」が拡張を続け「デジタルマンガ部門」が新設、サイト上で漫画を連載させるなど新しい試みが行われた。2000年からはジャンプフェスタが開催され、イベント限定グッズの販売や連載作家を招待するなどして盛況を続けている。2008年34号で創刊40周年を迎え、同年48号にて創刊号から通算2000号を達成した。ジャンBANG!」を放送している。2010年の2号で発行部数が300万部に復帰。以下に挙げられている新人契約制度やアンケートシステムに関する詳細は、『少年ジャンプ』草創期に編集長を務めた西村繁男の著した書籍「さらばわが青春の『少年ジャンプ』」内に詳しい記述がある。積極的に登用しており、新人のチャンスが多い雑誌であるといえる一方、本誌でデビューした作家は必ず集英社と専属契約を結ぶ必要があり、連載が短期に終わった場合も専属契約中は他の出版社で仕事だけでなく専属契約終了後を見越した交渉をすることすらできない。各作品の欄外における「○○先生の漫画が読めるのはジャンプだけ!」などの煽り文句に、その一端が受け取れる。キユ(現・松井勝法)など、本誌ではヒット作を出せなかった作家が他誌・他社へと活動の場を移して成功した例がある。1970年代にジャンプに連載を持っていた小室孝太郎は編集部の都合で人気のあった連載が打ち切られた上、この契約を知らない間に結ばされていたために、他誌で仕事をしようとしても集英社から交渉を妨害され、しばらく作品発表の場が持てなかったことをインタビューにて語っている[5]。本誌3代目編集長だった西村繁男も集英社の退社後に出版した自著で「漫画家に対する執筆保証の項目がない他、契約期間中は他誌との執筆交渉すらできないという点で、極めて編集部に有利な契約である」と、問題が存在することを認める発言をしている[6]。この「専属契約制」は(他誌で連載経験があったものの)「ハレンチ学園」でブレイクした永井豪がジャンプでの連載の傍ら他誌での連載を開始したことに危機感を覚えた当時の編集長の長野規が発案したもので、同制度の適用第1号となったのは「男一匹ガキ大将」を連載していた本宮ひろ志である。一般に漫画雑誌では読者アンケートを参考にして編集の方針を定めることが多いが、本誌では特にその傾向が強く、人気の低下した連載作品はすぐに連載終了、つまりは打ち切りの対象にされる。この「アンケート至上主義」と呼ばれる体制は「アストロ球団」を連載中の中島徳博の「大御所というだけで人気もない漫画が載っているのはおかしい。アンケートの結果を1週で出すようにして、サバイバルにせよ」という提案が発端となっている。その中島自身「アストロ球団」以後はアンケート結果が芳しくなく、幾度も打ち切りとなっている。これは作家や作品の経歴などに関係なく平等に適用され、すでに「リングにかけろ」や「風魔の小次郎」で人気作家となっていた車田正美が長期大河作品として構想した「男坂」が約半年で打ち切られた例などもある。アニメ化やグッズ化なども行われるほどの人気を博した「聖闘士星矢」や「シャーマンキング」が、人気が落ち込むやいなや中途半端な展開で終了した例もある。この制度の厳しさのため、本誌では10~20週前後で終了した連載作品が他誌と比べ際立って多い。「地獄先生ぬ〜べ〜」の文庫版において、作者の真倉翔・岡野剛がこれに対し、「アンケートの結果に基づき作品の内容を変えたり、あらゆる創意工夫が求められ、いつ連載を打ち切られるか、常に心配していた」と言及している。西村繁男は「アンケートが2位以下の作品はすべて終了候補である」とまで述べた[7]。連載開始直後の「キン肉マン」が、アンケート順位が低かったにもかかわらず、低年齢層の人気が高い傾向があったため打ち切りを猶予して推移を見守った結果、後のヒットにつながるなど、単純に数字だけを追わずに判断する例もあった。「サーキットの狼」のように、打ち切り決定後にアンケート結果が急上昇したため急遽連載を続行した例や、一度は連載終了となったもののそれから数ヵ月後に連載が再開された「はだしのゲン」「ライジングインパクト」「アウターゾーン」などのような例も少数ながら存在する。「BØY」は打ち切り決定した「HARELUYA」が、後に大胆な路線変更をした結果、アンケートで急上昇したためにその設定を生かして作り直されたものである。近年では、「聖闘士星矢」のようにストーリー半ばで終了した作品の「完結編」を他誌に掲載した例もあり、あるいは連載終了まで一定の猶予期間を与えるなど、初期の厳しさが若干緩和された。完結編を掲載した作品は、連載終了後にメディアミックス展開の企画が持ち込まれた「武装錬金」や、作者の体調面も終了理由となった「べしゃり暮らし」(その後、週刊ヤングジャンプで不定期連載として移籍)など特異な理由がある場合で、不人気により連載終了となった場合は行われていない。掲載順はアンケート結果を元に副編集長がその週ごとの雑誌構成を考慮して決めている[8]。基本的には人気順が掲載順に直接反映され、票が多いほど誌面の前面に掲載される好循環が得られるが、票が少ないほど誌面の後面に掲載される悪循環となっている。