Inc.コンテンツへスキップメニュージエンブルについて事業内容サービス一覧サービスの流れニュース採用情報お問い合わせChIP-seq解析ChIP-seq解析とは修飾ヒストンや転写調節因子に対する抗体を用いて、断片化された染色体DNAを含む複合体を免疫沈降し、目的タンパク質が結合しているクロマチンDNAを濃縮して塩基配列を決定します。ヒストン修飾部位を網羅的かつ高分解能で同定出来るため、結合モチーフ配列や転写複合体構造の推定に役立ちます。転写調節因子の結合部位近傍にある遺伝子を抽出し、目的の転写調節因子によって転写調節を受ける遺伝子群を網羅的に探索する事も可能です。-カテニンは、発生や形態形成に関わるWntシグナル経路の下流で転写調節因子として機能しています。Wnt3aで刺激したヒトES細胞に対して、β-カテニン抗体でChIP-seqを行ったデータを用いてマッピング、ピーク検出、結合モチーフ配列推定を行いました。β-カテニン抗体によるChIP-seqデータを用いて、ピーク検出(ピークコール)を行った結果を図示しました。免疫沈降前(上段、水色)、Wnt3a刺激なし(中段、青)ではほとんどピークが見られないのに対して、Wnt3a刺激した細胞(下段、赤)では、β-カテニンによって転写が活性化されるLEF1遺伝子の上流にピークが検出されました*1。全遺伝子の転写開始点(TSS)に対してβ-カテニンの結合部位をプロットしました。β-カテニンの結合部位は特定の遺伝子の周辺に限られるため、全遺伝子を対象としたプロットではWnt3a刺激した細胞(stimulated)と未刺激細胞(unstimulated)との間に差は認められませんでした。相対的な位置(Heatmap)LEF1結合部位を中央にして、β-カテニンの結合部位をヒートマップで可視化しました。Wnt3a刺激した細胞(下段、stim)では、未刺激細胞(中段、un)に比べ、赤で示したβ-カテニンの結合がLEF1結合部位の周囲に集中しているのが確認できました。LEF1に類似した結合モチーフが見出されました。転写複合体として同じ部位に結合していることを反映した結果であると推定されます。1.8ご注意事項サンプル量、品質等の問題により、解析をお引き受けできない場合がございます。DNAとコントロールサンプルを合わせてご提供ください。ペアエンド納期・価格ご依頼の解析内容により異なりますので、詳細はこちらよりお問い合わせください。サービスの流れこちらをご覧ください。ご注文方法こちらよりお問い合わせください。受入データを品質検査した結果、解析をお引き受けできない場合があります。この実験ではサンプル間の正規化が行われていないため、異なるサンプル間での定量性は保証されません。