連携アタック「サポートキャラクター」という仲間を呼び出して、いつしょに戦う「サポートシステム」に「連係アタック」が追加された。サポートキャラクターの攻撃をコンボに組み込むことができるようになっている。サポートキャラは2体まで使用可能となっており、プレイヤー自身が扱うキャラクターの攻撃も加えて大ダメージを与えることができるようになっている。連携アタックを使用する場合には「きっかけ攻撃」を敵に充てることによってサポートキャラクターを呼び出すことになる。群衆バトルストーリーモードでは、多数の敵と一度に戦う「群集バトル」を楽しむこともできる。ランダムで表示されるボタンを押すことによって発動する「バーストアタック」をタイミングよく使つて、迫り来る敵を一掃する。押し寄せる敵を蹴散らすためにバーストアタックを発動すると、ボタン入力に成功し続ける限りコンボがつながり続け、敵を一掃することが可能となっている。ストーリーモードにはサスケがメインのバトルもある。覚醒バトルキャラクター性能を一時的にアップする「覚醒システム」が一新された。好きなタイミングで覚醒可能な「即時覚醒」と、体力が一定以下に減ると覚醒する「逆境覚醒」の、ふたつのタイプが用意されている。即時覚醒はいつでも覚醒可能だが、覚醒中は体力やチャクラゲージが減少し続けるため、奥義を始めとした忍術が使えなくなるというリスクを伴う。逆境覚醒はピンチになるまで覚醒できないが、覚醒中は攻撃力が大幅に増加。党醒後は弱体化してしまう。ナルティメットストーム3」では、「特殊サポート」という覚醒時のみ特殊な攻撃が使用可能となるキャラクターも登場する。奥義フィニッシュよりドラマチックなバトルが楽しめる新システムが「奥義フィニッシュ」である。奥義を使って相手にトドメを刺すと、特殊な演出が挿入され、バトルのクライマックスを盛り上げる。本作のストーリーモードには、「究極の決断」が搭載されている。「豪傑」と「英雄」のどちらのルートを選択するかによって、その後のバトル内容や演出などが大きく変化する。物語が進むと、ルートを選択する場面が出現し、英雄ルートを選択すると、少年篇時代のクライマックスバトルが展開される。豪傑モードでは難易度が上がるようになっている。オンラインモード本作では、ネットワークを介した通信対戦機能もパワーアップしている。1戦ごとにバトルのルールがランダムで決まる「変幻自在トーナメント」に加え、バトル形式を問わず対戦相手を検索できるようになった。