バージョンが4.0.2に更新されています。underestimatedとのこと。setがアセンブルされた配列の中にどれだけあるか調べることで、ゲノムシーケンスやトランスクリプトームシーケンスがどれくらいの精度でできているかを調べるものである。setが400個あったとして実際には200個しか見つからなかったとしたら、「シーケンス段階としてはまだまだだね」という話になる。逆に99%以上あるとすれば、なかなか信頼できるシーケンスだなという一つの指標として利用できる。PMID:31020564BUSCOはこれまでVersion3で稼働してきたが、Version4が先日リリースされた。当方は卒論生で、ゲノム情報から実験に繋がるようなデータを探している。最終目的がコンプリートゲノムを作ることではないので、今あるドラフトゲノムが十分信頼できるかということを示したいと思い、BUSCOを利用することにした。Bandageなどで確認しても、十分読めていると結論づけていたが、念のための確認したかった。BUSCOに関してインターネットでざっと探したところ、多くの情報がVersion3までの情報であった。Version3も利用できるが、やはり最新バージョンでやりたいというのが気持ちではある。実際最新バージョンでやろうとしたところ、少しトラブったので紹介していきたいと思う。インストール当方はいつものようにminicondaでインストールした。Docker等も利用できる。https://busco.ezlab.org/に他の方法が載っている。今までのBUSCOだとBUSCOとデータベースは別々にダウンロードするとのことだったが、バージョン4ではBUSCOが自動的に必要なデータベースを落としてくれるので、その必要がなくなった。利用可能なデータベースは以下のコマンドで確認可能。BUSCOではデータベースではなくLineageという単語が用いられている。--list-datasets当方はlactobacillales_odb10が該当したので、これを利用する。基本的な利用方法は以下のコマンドの通りになる。lactobacillales_odb10でやることになった。HMMERがあるので注意。コマンドを打ってやってみたが、普段見ないエラーが出てきた。filesと出てきた。調べていくと、どうやら現在開いているファイル数が、ファイルディスクリプタの上限に達してしまっていることが原因らしい。Qiitaでこのトラブルについて説明している人がいたので、この通りにやってみた。当方のパソコンのスクリプトエディタの上限は256だった。lactobacillales_odb10を動かすと、問題なく動き、最後までデータが出力された。Setが含まれていたかということである。当方の場合は100%だったので、問題なく解析を進められそうである。大量にデータを解析した場合は、generate_plot.pyを落とすといい。出力されてくるshort_summary.*.lineage_odb10.XX1.txtを一つのフォルダにまとめる。BUSCO_summariesといyディレクトリを作るとわかりやすいだろう。PATHにしないと動かなかった。1番が公式の説明、2番が当方が動かせたコマンド。1番だと、うまくワーキングディレクトリとして動いてくれずにエラーが出た。学部生の戯言を書いていきます。バクテリアゲノム解析などをやっています。質問、リバイス等勉強になりますので、是非お願いします。upLoginユーザーは見つかりませんでした。