第5話「鳥の人」です。美しく凄まじい描写が続く本編は、最終話にふさわしい内容でした。気化爆弾の炸裂は密林を吹き飛ばし、「鳥の人」の頭部を地上に露出させた。敵地から脱出して海岸線まで進んでいたサラ・シンとターナー・フォッカーたちは、気化爆弾の爆発に巻き込まれることはなかったが、サラとターナーは「鳥の人」の頭部の回収に現れた反統合同盟軍のSV-51によって頭部と共に連れ去られていった。サラ達は、機動母艦のアウェルシュテットに収容され、そこにはハスフォード博士が待ち受けていた。[鳥の人」に「滅びの歌」を歌わせるわけにはいかないと主張するサラに対し、ハスフォードは滅びと創造は対であり本質は同じであると説いた。歌は単純な空気の振動ではなく、時を超えを場所を超え、あらゆる魂を震わせるものが真の歌と呼ばれるとも。この混乱を「鳥の人」の力で終息させるようサラに求めるのだった。「鳥の人」の血を使った手術と「プキヌハ」の儀式を受けたマオは、「鳥の人」とシンクロできるようになります。その力を使いサラたちの様子をシンに伝えます。サラとマオの感情の変化と合わせるように、「鳥の人」の首と体は活動を始めます。互いに引き合うように、各々を収容している艦隊を空中に浮遊させます。「女のために命を捨てる」ことで連れ去られたサラとターナー博士を取り戻すため、シンとフォッカーは、ゴーストをブースターとして燃料と武装を満載した特別装備のVF-0で出撃します。ノーラとイワノフも特別装備(ブースター付き)のSV-51で出撃します。統合軍も反統合同盟軍もAFOSの力を手中に収めるため、そして相手にその力を手に入れさせないため、狂気の戦闘に臨みます。シンとノーラ、フォッカーとイワノフの可変戦闘機同士の格闘戦が始まりました。ブースターを使った高速戦闘から、コブラ機動による急減速から変形による格闘と、互いの持てる技術をかけての空戦が続きます。マオは自ら命を絶つことで「鳥の人」の復活を止めようとしますが、その時、反統合同盟の潜水空母アウェルシュテットにシンの乗るVF-0が突入する。外郭を破り、バトロイドのVF-0のモニタがサラの姿を映した瞬間、ノーラのSV-51の射撃が頭部を破壊し、VF-0は落下していく。それを見たサラは絶叫し、サラの怒りと悲しみ呼応するように「鳥の人」の頭部がサラをその内部に取り込む。サラを取り込んだ頭部はアウェルシュテットを飛び出し、同時に空母アスカを離脱した本体と合体した。「鳥の人」は稼動を始め、大気中の元素を固定して瞬く間に成長・稼動状態になった。「鳥の人」は人類についてサラに問う。人類に対し、「実験動物」として「失敗作」と判断し、規定の行動基準に則り人類の排除を始めるのでした。その攻撃力はすさまじく、一撃で統合軍の護衛艦数隻を消滅させるのでした。この状況下で統合軍はオペレーション・イコノクラスムを発動し、反応弾を用いた鳥の人の破壊を実行に移します。「鳥の人」からサラを助け出そうとするシンにノーラが、ターナー救出に向かいフォッカーにはイワノフが襲い掛かります。シンの撃墜に執着するあまり、「鳥の人」の射線に入ってしまったノーラは、機体ともども蒸発させられてしまいます。それを見たイワノフは怒りに駆られて「鳥の人」と対決しますが、圧倒的な火力の前に無なしく粉々に破壊されるのでした。サラを助けることで心が敵意に満たされていたシンは、マオの呼びかけで、サラを信じる心を取り戻します。鳥の人の攻撃が殺到するなか、VF-0の武装をパージすることで、サラに自分の存在を気付かせ、サラに手が届くところまで辿り着いたのですが、そのときプロトタイプモンスターの40cm砲から発射された反応弾が鳥の人を襲います。サラと鳥の人は、シンを押し離し、自身で反応弾の爆発と放出物(核の灰)を吸収して何処かに飛び去りました。ターナーを救い出したフォッカーですが、彼女は彼の腕の中で息を引き取ってしまいました。シンのVF-0も制御不能な状態で海面に降下していきますが、海面に着水後、青い光に包まれ何処かに飛んでいくのでした。マオに「やっぱりシンは鳥の人ね」と言われながら。