日本からソドー鉄道にやってきた見習い機関士のケンは、慣れない仕事に大忙し。トーマスとパーシーに励まされ、徐々に仕事に慣れていきます。ある日、トップハム・ハット卿の古い友人で考古学者のリビングストン博士から、古いソドー島の地図が届きました。その地図には宝の場所が隠されているようでした。ハット卿から宝物を探す仕事を与えられたトーマスは、地図の謎を解きながら探し始めます。途中で事故を起こして止まれなくなり、見知らぬ線路に迷い込んでしまいます。トーマスが行方不明という知らせを聞いたパーシーやケンたちは、必死になって探しまわり、暗い森の中でついにトーマスを発見しました。