各社は全クレイドルの墜落という危機に一致団結して対処するため、企業統治連合を母体として作る新会社『アライアンス』に各企業が合併される事で一つになる事を合意。その後の調整により、アライアンス発足は4月1日、アライアンスのCEOに王小龍が就任する事が決定する。アライアンス発足より2日後の4月3日、コルセールによりORCAと各企業の首脳陣の密約が全て公開される。これによりアライアンスの首脳陣、特にGAのCEOに就く為にORCAのクレイドル03襲撃を後押しした王小龍に対する不満が爆発し、各地で反乱・暴動が多発する事になる。アライアンスはコルセールの発表した情報を全て虚偽であると否定し参加者を厳しく処罰したが反乱・暴動は一向に収まらず、以後アライアンスは反乱・暴動に悩まされ続ける事になる。続発する反乱・暴動とその鎮圧によって各地のコジマ汚染は急速に進行し、汚染の少ない居住可能地域は徐々に数を減らしていく事になる。4月15日ダン・モロ及びその関係者がアライアンスからラインアークへ亡命。4月21日、コルセールが南北アメリカの反アライアンス勢力を糾合しアライアンス軍を駆逐後、新政府の樹立とアライアンスからの離脱並びにアライアンスへの宣戦布告を新政府の長フランソワ=ネリスの名において宣言する。旧GAの社員が多く元々反アライアンスだった南北アメリカの住人達は新政府並びに新政府の方針を熱狂的に支持する。5月14日、ミセス・テレジアと王小龍以外のカラードの所属する全リンクスがクーデターを起こす為に密かに結成した組織である『バーテックス』がラインアークへクーデターへの協力を依頼。ラインアークは内部で検討を重ねるも、最終的にはアライアンス内部の権力闘争に巻き込まれるのを嫌い、これを拒否する。6月1日、バーテックスによるクーデターが勃発するも、事前に王小龍に察知されていた為失敗に終わる。首魁であるレオハルトをはじめ主だった構成員はほぼその場で射殺され、残る構成員と構成員の家族等の関係者も捕らえられ拷問紛いの厳しい取調べにあった。6月3日、セレブリティ・アッシュが特別収容所を強襲し、捕らえられていたメイ・グリンフィールドや元有沢重工の社長秘書等のバーテックスの残党を奪取。新政府によるアライアンス領への本格侵攻が開始される。ノルマンディーに上陸した新政府軍は、フランソワ=ネリス自ら陣頭に立った事もあり旺盛な士気と旧GAの工場地帯より生み出された豊富な戦力を持っていた為、度重なる反乱とクーデターにより疲弊していたアライアンス軍を撃ち破り1ヶ月でヨーロッパ大陸全土を占領する。急激な占領地域に増加による戦線の拡大による人と物資の不足、BFFの勢力圏であったヨーロッパは親アライアンスであり占領政策が難航した事により、攻勢限界に達し以降の侵攻速度は大幅に低下する。態勢を立て直したアライアンスによる反抗作戦が開始。以降、戦局は一進一退の膠着状態に陥る。それに伴い戦線を中心にコジマ汚染が更に広がる。9月18日、アナトリアの傭兵はフィオナ・イェルネフェルト等と共に汚染の激しい地上に見切りをつけて地下に都市を建設し移住する計画の検討を密かに開始11月13日メイ・グリンフィールドがコジマ汚染と拷問の後遺症により衰弱死。ダン・モロが地下都市移住計画に参加。急激な環境の悪化による社会基盤の破壊によってこれ以上大規模な戦争を続行する事が困難になったアライアンスと新政府は一気に戦争を終結させるべく、動因可能兵力の限界まで動員し大規模な攻勢に出る。ベルザ高原にて激突した両軍は7日に渡って戦闘を繰り広げるが、互いに相手に対して決定打を与える前に戦闘の続行が不可能となり軍を撤退させる。以降、大規模な軍事行動が不可能となった両者は破壊工作を中心に行う事となる。両軍共に最重要の攻撃目標としたアルテリアは次々と破壊されていき、それに伴うコジマ汚染は加速度的に広がっていき、遂には地上に密閉型の都市施設以外は人の住める場所はなくなった。最後のアルテリアであるクラニアムが破壊される。人類の命運が決まったクラニアムの戦いより1年後の3月19日、ロイ・ザーランド死亡。目を覚ますと酔いが覚めていた。濁った意識の中で周囲を漁りまだ酒が入っている酒瓶を探すが、全て空瓶だった。舌打ちして立ち上がり、ふらつきながらリビングに向かい酒の入れてある棚を開けるがこれも空だった。「あのクソ女、酒をきらすんじゃねぇよ。くそ、買いに行くのはダルイし、どうすっかな。踵を返しウィンディーの部屋へと向かい、到着した俺は「入るぞ、ウィンディー」と声をかけて部屋に入った。部屋に入った俺を迎えたのは、吐きそうなくらい甘い肉の腐った臭いと、肉が腐り融け半分以上白骨化しながらも未だに魅力的なウィンディーだった。「今日も可愛いな、ウィンディー」と腐って崩れたウィンディーの唇にキスをすると、どうしようもなく甘い腐汁が口の中に入ってきて、その腐った肉の味に耐え切れずに吐き出し咳き込んでしまう。「あははあはははははははははははははっはは」咳き込みながら何故か解らないが無性におかしくなったので笑っていると、いつの間にか泣いていた。