織田信長が足利義昭を奉じて上京し、天下取りとしての力をふるいはじめたのは、石山城再建から四年後の永禄十一年(一五六八)の秋のことである。仏教の持っている迷信性は彼の合理的精神に全く合わなかったし、当時の僧侶の偽善的行為は極端なまでにごまかしと虚偽をきらった彼を刺戟してやまなかったし、仏教諸派の持っている俗権の強大さは彼の抱懐している天下統一の目的の協力な障碍となるものとして考えられたのだ。その上、彼は石山城がほしくてならなかった。要害の堅固さ、近代都市としての最も発展の可能性をもつ立地条件に、彼の欲望ははげしくそそられた。「願わくは石山の地をそれがしにお譲りありたし、貴山の移らるべき代地はお望みにまかせて、いずれなりとも進上申すであろう」と申しこませたが、本願寺側ではこれを峻拒した。信長が怒ったことは言うまでもない。「くそ坊主どもめ、今に見ろ!」と歯がみした。その年六月、信長は北近江の姉川の地で、朝倉・浅井の連合軍と戦って撃破したが、連合軍側の戦略はおそろしく大規模なものであった。北は越後の上杉、東は甲斐の武田、西は中国の毛利、南は阿波の三好一党、中は比叡山・本願寺と連絡をとおて、アンチ信長の包囲体制を形成していたのだ。姉川で朝倉・浅井勢が破れると、阿波の三好一党は鳴門の渦潮をおしわたって本土に来、摂津中ノ島の天神の森にとりでを築いて立てこもり、信長にたいして敵対の色を立てた。兵三万をひきいて出陣、大阪天王寺に陣取った。姉川合戦から二月後の八月二十六日のことであった。三好勢は野田・福島に濠をうがち、矢倉を上げて防戦したが、信長の攻撃は熾烈をきわめ、三好方の掘った濠にも埋草を投げこみ投げこみ押し寄せたので、三好党はじりじりとおされて、全部福島のとりでに引きこもった。織田方は浦江に陣を移し、これを包囲した。この形勢を見た石山本願寺は、福島のとりでが落ちれば、信長の鉾先がこの城に向かうは必定と思った。なっては千悔してもおいつかぬ」そこで、九月十二日の夜半、にわかに早鐘をつき鳴らした。殷々と鳴りひびく鐘の聞こえるかぎりの地域に居住する門徒らは、月影をふんでわれもわれもと馳せ集まり、戦闘準備にかかった。以後十一年にわたる抗戦がつづけられるのであるが、これは後の話。「重ねて織田家から所望あれば、他に適当な換地をもらってご移転あるが万全の策。はじめ寺僧らは、主戦を主張してやまない。重幸もついにこの議に屈して、篭城拒戦の覚悟をきめた。して合戦がはじまったが、点は本願寺に幸いするかに見えた。豪雨がつづいて川筋や沼沢の水量が増しているところへ、十三日の朝から吹き出した風が夜になると暴風化して吹きつのり、満潮時になると高潮となって、淀川へ逆流して来たのだ。織田方は古畳や土俵を積んでこれを防いだが、三好方の忍びの者がこれを切りくずしたので、織田方の陣屋は滔々たる濁水に浸され、胸までつかるばかりとなったと、「足利李世記」は伝える。「石山軍記」によると、この仮堤防を切ったのは、三好方をよそおった本願寺の門徒衆であったともある。本願寺側では、洪水となったと見るや、木津川からまわして来た小船二十艘に軍兵をのせ、鋤や、鍬や、鉄砲をもたせて、くり出し、先ず三ヶ所の堤を切りくずし、織田方が思いもよらぬ濁流の襲来にあわてふためくところを、鉄砲をうちかけた、織田方はどうやら陣屋の屋根や立木によじのぼって応戦したが、進退自由ならず、大損害を受けた。門徒らは桜河岸河口の二塁をおとしいれたばかりか守将小堀大膳亮まで討取ったというのだ。その後も織田方は洪水のため手も足も出ず、水中に矢倉を上げて防備するだけがせい一ぱいであったが、数日たって水もいくらかひいた。二十日のこと、門徒らは森口へんに五千人ほどの軍兵をひきいて埋伏し、その北方には一色常弘がこれまた五百人の鉄砲隊をひきいてひそんでいたのだ。この伏勢にたいして、鈴木重幸は、こう申しわたした。「織田方は先日来の不覚に憤激しきっております。恥を雪がんと、必至の戦いをするでありましょう。千艇の鉄砲全部に二つ玉をこめてうちかけても食いとめんこと難儀であろうと思いますに、実弾は三十艇だけ、あとは空砲をうたせよとは心得ぬお差図」と不審した。「鉄砲はなかなか中らぬものじゃ五百うって五十もあたれば上々としてある。上手のうつ三十発はなみの者のうつ三百発にあたることになる。玉をこめて確実にあてようと狙いをすませば、火蓋を切るまでに暇がかかり、自然敵につけ入られる。空砲ならばあてずともすむのじゃし、火蓋だけこめればよい故、同じ時間で何発でもうてる。四百七十艇の鉄砲がつづけざまに鳴れば、敵には二千艇三千艇の鉄砲と聞こえよう。心すくんでいるところに上手の打つ狙いはずさぬ玉が飛んでくれば、いよいよ恐れて崩れ立つに相違ない。宗門の者としては出来るだけ敵を殺さずして勝つ工夫をしたい。三将には数百本の紙旗をあたえ、木津・難波へんの百姓町人を集め、狼煙を上げるのを合図にこの旗を上げて鬨の声をつくらせよと命じた。城側にこれほどの備えがあろうとは、信長は露知らない。両将を先鋒として森口へ押し出した。門徒兵らは戦いつつ城へさがって行く。佐々も湯浅も聞こゆる猛将だ。勢いこんで殺到して城ぎわに迫ると、忽ち城内から数千艇の鉄砲、つるべ打ちかけた。こめかえこめかえ、天地もくずるるばかりの轟音だ。佐々も湯浅もたじたじとなり、一町ばかり退いた。湯浅の門徒兵らは、この機をはずさなかった。「敵には備えがあるぞ。織田方が狼狽しているところに、一道の狼煙が城内から夕空に立ちのぼると見るや、木津・難波にひかえていた一万余の百姓らは、声のかぎりに鬨をつくり、紙旗をさし上げて打ちふった。数万の軍勢が押寄せて来るかと見えた。織田方が益々肝をひやしていると、城内から打ち出す鉄砲は雨あられのよう。織田方は後陣から崩れ立つ。隊に鉄砲をうちかけた。おりしも暮色は蒼然とせまってくる。織田方の恐怖感は一層つのり、総軍浮足立った。大軍のくせだ、浮足立ってはたまるものではない。くずれて、われ先にと走る。指揮者らはとめようと必死になったが、とまるものではない。大旗をおし立て本陣のありかを味方に知らせ、敗兵を収拾するためであったが、山下の森かげて機会をねらっていた鈴木孫市にとってはこれはこの上ない好餌だ。鉄砲を打ちかけ打ちかけ、すさまじい鬨声をあげて斬りこんで来た。「得たりゃおう!」とばかりに襲来してきたので、題目の大旗も忘れて、いのちからがら逃げのびた。「敵将信長は降参したぞ。その証拠はこの大旗ぞ!」と呼ばわり、帰城の途についた。すると、突然路傍から一人の大男がすっくとあらわれ、門徒兵らの中におどりこむや、題目の旗を持った兵をたたきたおして、旗をうばい取った。門徒兵らはおどろいて、とりまいてひしめいた。軍装せず平服姿のその大男は、門徒兵らをみまわしながら、すばやく旗をはずしてふところに入れ、りゅうりゅうと旗竿をふりまわし、片っぱしから叩きたおし、ひるむ間に、雲を霞と逃げ去った。「甲冑した軍兵の中に、ただ一人平服でおどりこんで来て、旗をうばい返すほどのくせもの、よも人間ではあるまい。天狗だろうというわけだ。織田方の部将佐久間信盛が敗兵をまとめて平野の方へ来ると、路傍で一人の大男が懐中から旗様のものを出して、しきりにおしいただいているのを見つけた。「わしは敵でもなければ味方でもない。三界流転の浪人だ」という。「坊主方がうばいとって城に持って行きつつあったので、うばい返ししたのよ。領主で、慶次郎利大は滝川義太夫の妻が妊ったまま未亡人となり、利久に嫁して生んだ子であった。「慶次郎は前田の血筋であるまい。左に譲れ」と命じて、利家に家督を相続させた。これが不服で、利久は慶次郎を連れて織田家を去ったのであった。このいきさつは、もちろん、信盛は知っている。「ご辺らご父子は気ままを申されて尾州を立ちのかれたのでござるが、今宵のお手柄は抜群でござる。殿がお聞きなされたら、おほめは必定でござる。拙者、おとりなし申す。ご帰参のよき機会でござる」というと、慶次郎はからからと笑った。「拙者には帰参の志は毛頭ござらぬ。戦さ見物にまいったのだが、織田家伝来の大旗がみすみす坊主方にうばわれたのを見るにしのびず、取りかえしてあげただけのこと。ご辺の手柄となさるがよい。さらばでござる」と袖をはらって立去った。この慶次郎は後年忽々斎と号して、世を思うがままにふざけておくり、日本一の奇男子、快男子そ言われた人物であるさて、この戦さが皮切りで、本願寺は信長と合戦をつづけること十一年、決して信長に負けなかった。信長はついに朝廷を動かし、正親町天皇に講和の勅旨を下してもらって、本願寺をして石山城を信長にゆずり、紀州に退去させた。天正八年(一五八〇)のことであった。この時、何ものかの手によって火が放たれ、堂塔伽藍一宇ものこらず消失した。「信長公記」によると、三日三晩燃えつづけ、黒煙空を蔽い、天日のために昏かったという。