日本神話においては、ニニギの天孫降臨の地とされている。アマテラスがこもったとされる天岩戸が町内にある(もっとも、他地域にも天岩戸とされる岩は存在しており、必ずしもその岩が天岩戸と特定されているわけではない)。古代においては、この臼杵郡の高千穂町一帯を上高千穂と呼び、外輪山を含む阿蘇山全てを下高千穂と呼び、千穂は「ちお」と呼ばれていたことが、阿蘇神社縁起や宇佐八幡託宣集などの古文書、あるいは平安時代に書かれた和名鈔で確認できる。