1980年代になると急行列車が大幅に削減されたが、本形式はローカル線の普通列車用として多くが転用された。急行・普通列車で運用された。エンジンによる走行性能の余裕を買われ、JR移行前後からジョイフルトレインや特定列車用に特化させる大規模な改造を受けた車両も存在する。その一方で急行列車の削減や車両の老朽化のほかに、保守・点検の面で本形式の大出力エンジンは必ずしも有利とはいえず、ローカル運用には性能過剰な面もあった。トイレを装備しない点や片運転台のため単行運転ができない点、またキサハ34と同様に折戸であるため通勤改造が困難であった点、少数形式で保守部品の調達が困難な点も運用上および整備上の制約となった。これらの背景から比較的早期に淘汰が進み、1990年代後半からは急速に廃車が進行した。この時点においても花輪線や山田線など東北地方には非冷房の山岳路線が数多く残存したが、JR東日本にはDML30エンジンの検査修繕設備がなかったため、譲渡されることはなかった。36は1989年に九州旅客鉄道(JR九州)が四国旅客鉄道(JR四国)から譲り受けたもので、JR四国に在籍していた当時に座席がバケット式の固定クロスシートに取り替えられていた。569ならびにトロッコ車に改造されたトラ70000形と編成を組み運用されていたが、2009年11月29日運用を終了。され、復活急行シリーズなどの運用に投入されていたが、車両検査の期限切れのため「ファイナルひかり」を最後に2010年8月29日をもって運用離脱となった。569と共に展示され、復活急行シリーズで使われたヘッドマーク撮影会も行われた。36は廃車、後日解体され、キハ65形は形式消滅した。1年、更に早岐客貨車区へ再転属した後にシーサイドライナーで活躍したが2001年(平成13年)にキハ66・67、キハ200の両形式の長崎への転属により517は2002年(平成14年)に廃車となり、同時に518は最終配置の熊本運転所へ転属となり、青20号に類似したシーサイドライナー色のままで急行くまがわ、三角線の普通列車の運用に就いていた。検査切れまでの運用を前提していたのか塗装変更も施されず、ヘッドマークステーも取り付けられなかった為、当車が急行くまがわに就いた時はヘッドマークが取り付けられなかった。ように国鉄時代末期から大規模な改造を受けた車両が多く存在する。本項では改造施工を行った会社別に解説を行う。)で改造された2両編成である。グリーン車への格上げにより、形式はキロ65形に改められ、車両番号はトイレ付きが1、トイレなしが1001となった。これは国鉄時代、キハ65形に対する形式番号の変更をともなう唯一の改造例である。先頭部は、キハ59形「アルファコンチネンタルエクスプレス」に準じた形態の高床式の前面展望式に改造、側窓は固定化された。座席もフルリクライニングシートに交換された。金沢間でエル特急「雷鳥」と併結して120km/h走行を行うための装備を設けている点で、485系電車との併結のためジャンパ連結器を装備した上で、密着自動連結器から密着式に、台車がDT39BとTR218Bにそれぞれ交換された。併結時は無動力で牽引され、ブレーキのみ協調した。単独運転時の最高速度は95km/hのままである。塗装は青と白に金の斜線を採用した。分割民営化時にはJR西日本に承継され、引き続き七尾線への直通列車用車両として使用されていたが、七尾線の電化により団体臨時列車用に転用された。その後は、車両故障を起こし1995年3月に廃車された。-伊勢鉄道線津間で1993年4月9日録音この音声や映像がうまく視聴できない場合は、Help:音声・動画の再生をご覧ください。塗装をクリームにオレンジのラインのJR東海色に変更。1989年に1両が急行「かすが」用にキハ58形とともに座席をリクライニングシートに交換し、原番+5000に改番された。1991年快速「みえ」の一部で110km/h運転を行うため、3両が台車枠を交換しC-DT39C形・C-TR218C形となり、キハ58形とともに室内の座席はリクライニングシートに交換され、5000番台に区分された。このため、5508は3001に再度改番。2001年にキハ75形に置き換えられ、消滅した。3・42・68・80の4両に施工された。編成を組むキハ58形が7200番台に改番を行ったのに対し、こちらは改造後も原番号のままであった。1997年に本数削減と運行区間の短縮により急行「つやま」となった際、キハ58形やキロハ28形は引き続き使用されたが、本形式は廃車となった。前出の「ゆぅトピア」の予備および団体臨時列車用として、1987年に改造されたジョイフルトレインである。形式は「ゆぅトピア」同様キロ65形に改められ、トイレ付きが551、トイレなしが1551に改番された。基本的な構成や機能は「ゆぅトピア」に準じるが、角に丸みが付けられ、展望室部分の側窓も屋根肩部に達する曲面ガラスを採用した。塗装はゴールドと白に青とピンクの帯が入っていたが、オレンジと白に変更されている。猪谷間にて運転され、同年12月に運用を離脱した。9]」との併結運転改造が施工された車両で、1988年に鷹取工場で改造された。福知山から宮福鉄道(現在の北近畿タンゴ鉄道)宮福線に乗入れる臨時特急「エーデル丹後」として運用された。展望室部分は角が完全になくなり、側面の窓は階段状の座席に合うように台形にされた。それ以外の部分の窓も座席配置に合わせて拡大され、展望性が向上している。前2車がグリーン車であったのに対し、こちらは普通車であるのが大きく異なるが、特急として運用されるため座席は回転リクライニングシートに交換され、塗装は白にピンクと水色のラインを採用した。本形式だけで編成を組むため1両にトイレが取り付けられ、車両番号はトイレ付きが601、トイレなしが1601に改番された。後に中間車を兼ねるシュプール&リゾート用改造車が落成している(詳細は後述)。北近畿タンゴ鉄道への乗り入れ用として使われた後、「タンゴディスカバリー」(北近畿タンゴ鉄道KTR8000形気動車)に役目を譲り、波動輸送用に転用されたが2010年3月31日付で廃車となった。冬期の「シュプール号」に使用するため、1989年に改造された車両である。シーズン以外は臨時列車としての使用が考慮され、電車との併結機能も備える。多客時は「エーデル丹後」の中間車となることを前提としたため「エーデル丹後」と同様の機器類を搭載するものの、前面は貫通式のままとなっており側窓の拡大も行なわれていない。そのため、新たな番号区分がされた。前面では、前照灯の移設(元の種別表示窓の部分に3灯)や助士席側窓の拡大が行われており、印象は変化している。610番台車は冷房電源が取り外された。2編成4両が本グループに属するが、第2編成となった612・1612の走行装置は改造当初は後述の「エーデル鳥取」と同仕様の712・1712で、1990年の改造により現番号となった。2010年9月14日に全車が米子に回送され[2]、同年10月15日付で全車廃車となった。塗装は第1編成が白に水色とライトグリーンのライン、第2編成が白に黄と水色のラインで連結時に統一感が出るように配慮されている。(現・城崎温泉駅)以西の非電化区間への直通運転用に改造された車両で、外観は「エーデル丹後」に準じるが、こちらは単独運転をすることとなり、電車連結改造はなされていない。5両が改造されたが、このうち展望室が取り付けられたのは2両のみで、残りは原形前面のままで中間車代用とされた。連結器だけは密着式に取り替えられており、「エーデル丹後」や「シュプール&リゾート」と連結することもある。エーデル運用消滅後も団体輸送用や余部橋梁観覧の観光列車「あまるべロマン号」で運用されたが、721は2004年に、701・1701は2010年3月31日付で廃車となった。2010年5月20日に711・1711が後藤総合車両所に回送され[3]、同年9月22日付で廃車された。塗装は白に水色のラインで展望部のみが赤色。車両番号の付番は「エーデル丹後」・「シュプール&リゾート」を踏襲しているが700番台となり、以下の構成となった。1989年に「エーデル鳥取」の増強と「北近畿」の運転区間延長のために鷹取工場で改造された車両。塗装は「エーデル鳥取」の塗色を反転したもので、展望室まわりが青、帯が赤を採用した。車体の改造は、「エーデル鳥取」に準じる。走行機器は全く改造されておらず、最高速度は95km/hのままである。まま存置されており、600番台・700番台の各車との連結はできない。7301を編入しエーデル廃止まで運用された。車両番号は、以下に示す構成となった。しており、その中にはトップナンバーの1も含まれる。せつライナー」に投入されていた(大阪行きのみ)こともあり、正面運転台真下の愛称表示器部分が容易に変更できるよう、バス汎用品を使用した電動式に改造された。エーデル運用終了後は、夜行急行「だいせん」に転用され、通常期は3両程度で運用に就いていたが、2004年10月16日のダイヤ改正で「だいせん」が廃止。その後全車が廃車された。快適性向上のため座席をバケットシート化したもので、塗装はJR四国標準色のクリームと水色に変更。39両に改造施工されたが、改番は行われていない。1998年3月14日のダイヤ改正で「よしの川」がキハ185系に置き換えられたため急行運用は消滅したが、その後も主にキハ58・28とユニットを組む形で普通用として残存した。編成を組むJR四国所属のキハ58・28のうち過去には転換クロスシート・回転クロスシート・回転リクライニングシート設置改造車が存在したほか、2008年時点では一部にロングシート設置改造車があるが、本形式には同種の改造が行われた車両はない。ワンマン運転対応の1000系列気動車の導入および予讃線の電化によって転属したキハ47により淘汰されるようになり、2008年10月をもって定期運転を終了。2009年3月31日付で全車廃車となった。61サウンドエクスプレスひのくに「シーサイドライナー」・「くまがわ」用改造車JR九州発足後から「由布」「火の山」「えびの」などで運用される気動車急行用車両は快適性向上のため、キハ58系と共に回転リクライニングシート化もしくは回転クロスシート化改造が15両に施工された。ベージュ色にオレンジ色の細帯が入る「九州急行色」と呼ばれる専用の物に変更された。後に「くまがわ」を除く急行廃止でこれらの車両の一部は快速「シーサイドライナー(以下SSL)」にも転用された。「くまがわ」は特急列車への格上げに伴い、「SSL」は長崎運輸センターに転入したキハ66・67形やキハ200系と交代で廃車された。ゆふいんの森(I世)1989年に改造。車体は完全に新造のものに取り替え、台車など機器類のみを流用している。そのため、一見で元本形式が種車であることを識別することは困難である。「ゆふいんの森」は4両編成だが本形式を種車とするものは先頭車のキハ71形2両で、中間車キハ70形2両はキハ58形からの改造となっている。2003年に速度向上とエンジンの老朽化のために機関換装工事が施工された。詳しくはJR九州キハ71系気動車の項目を参照のこと。1・2台車のみであるが、2018年現在、日常的に運用される最後のキハ65形を由来とする車両となっている。TORO-Qトロッコ列車の牽引用としてキハ58形と共に改装された。外部は濃緑で列車名のロゴが入る。相方のキハ58系が元「SSL」車から選ばれたのに対し、本形式は一般車を種車としており内装に相違がある。種車の36は全国で原型車体を保持し最後まで在籍した車両でJR四国から購入した内の1両である。2009年11月29日の運転をもって運行を終了。その後は小倉工場(現・小倉総合車両センター)で国鉄色に塗り替えられ、検査切れの2010年8月までイベント列車で運用された。2013年6月に廃車となり小倉工場へ回送されて解体となり、当形式は消滅した。569は、その後保留車として小倉工場で保存されていたが、2015年3月に廃車、解体された。前述のTORO-Q用36のほかにキハ58系とユニットを組む形でジョイフルトレインに改造された車両も存在するが、既に廃車となっている。