Uピクミン3の交わりの渓流攻略チャートクモの巣に捕らわれたオニヨンを救出し、羽ピクミンを仲間にする。そのあと、ホコタテ星人から原生生物に襲われているという通信が入り、急いで救出へ向かうことになる。ピクミン3の交わりの渓流攻略チャート(1)八スの葉に乗って向こう岸へ渡る(2)スイショウを壊して橋のカケラを運ばせる(3)電気のカベを壊す(4)橋のカケラを運ばせる(5)黄ピクミン20匹で電球を点けて足場を出す(6)カケラを運ばせて橋を完成させる(7)マリグモを倒してオニヨンを救出(8)羽ピクミンを引っこ抜いて10匹以上にまで増やし、天然ダムを開放する(9)ハスの葉に乗って下流へ進む(10)土のカベを壊す(11)電気のカベを壊す(12)ハスの葉に乗って隊員と羽ピクミンをピョンピョンダケに投げて向こう岸へ渡らせる(13)羽ピクミンに橋のカケラを運ばせる(14)ハスの葉にのって向こう岸へ(15)羽ピクミンでハチスズメを倒す(16)羽ピクミンを連れて水辺を越え、橋のカケラを運ばせる(17)土のかべを壊す(18)羽ピクミンにバッタン板を持ち上げさせて橋のカケラを運ばせ、橋を完成させる(19)(BOSS)タテゴトハチスズメを倒すハチスズメの群れがピクミン3のタテゴトハチスズメのまわりにいる間は、タテゴトハチスズメを攻撃することができない。ハチスズメは、ピクミン連れ去り攻撃のあと、しばらく戻ってこないので、このスキを狙って羽ピクミンで突撃するとよい。ハチスズメによるピクミン連れ去り攻撃の飛行パターンは3種類あり、タテゴトハチスズメの残りHPによってパターンが変化する。非常にやっかいな攻撃ではあるが、3種類のパターンごとのかわし方を身につければ、ピクミンを連れ去られることなく、全ピクミンで一斉攻撃してタテゴトハチスズメを倒すことができる。(20)ホコタテ成人をドレイク号へ運ぶ(21)再会の花園・その2へピクミン3のハチスズメのピクミン連れ去り攻撃のかわし方3種類の攻撃パターンを確認しておきたい。パターン1:背後へ回り込むはじめのうちはボスであるピクミン3のタテゴトハチスズメがあまり動き回らないので、タテゴトハチスズメの下や背後にいるだけで簡単によけることができる。パターン2:外側へ向かってよける円形に回転しながら徐々に迫ってくるパターン。囲まれたあと、外側へ向かってよけるだけでOK。パターン3:カベに沿って逃げる横に広がり隊列を組んで突っ込んでくるパターン。カベ沿いに移動し、残り2列くらいでタテゴトハチスズメに接近して攻撃するとよい。