MGS3のときとは違い、少しシビアな性格になった。スネークイーター作戦終了後ビッグボスの称号を捨てFOX部隊を除隊していたが、ジーン率いる現FOX部隊から「賢者の遺産」の在処の行方を知る人物とされ、コロンビアのサンヒエロニモ半島へ拉致監禁される。牢屋の相部屋にはグリーンベレー隊員のロイ・キャンベルが監禁されており、彼の仕組んだダクトから脱獄した。脱獄後は元FOX部隊の医療係パラメディック・武器装備担当であったシギントと通信し、ゼロ少佐がCIAに捕らえられたという事とサンヒエロニモ半島メタルギア強奪事件の首謀者がビッグボス自身だとされている事を知る。ロイ・キャンベルの協力と現地のソ連兵を説得して仲間とし事件解決に導くことで、身の潔白を証明した。事件終結後、スネークイーター作戦での経験やジーン達との対決を通じて、ザ・ボスのような『国家に忠を尽くすこと』への懐疑が決定的なものとなり、彼女とは違う生き方を模索するようになる。今作は正規ストーリーに含まれないパラレル作品とされている為に以降の歴史に今作の設定やストーリーはほとんど反映されていない。WALKERサンヒエロニモ半島事件から4年後の1974年、当時39歳。率いて世界を放浪していたところ、コスタリカ平和大学のガルベス教授と生徒のパスから、軍を持たないコスタリカに侵入してきた謎の武装集団を撤退させてほしいという依頼を受け、カズヒラ・ミラー以下MSF隊員達と共に事件の解決に向かう。ネイキッド・スネークのコードネームはこの時点で捨てたと語っており、本作では単にスネークと表記される。ボスと呼ばれることは好んでおらず、隊員からボスと呼ばれるたびにスネークと呼べと訂正しているが、ボス・VICBOSS(勝利のボス)と呼ばれることが多い。顔立ち自体はそれほど変わっていないが、以前よりも髪とヒゲを伸ばしており、仲間や部下からは「まるでチェ・ゲバラのようだ」と言われている。チュートリアルの時点で判明するが、『MGS3』にてザ・ボスの身体にあった縫合痕が、スネークの身体に付いている。ドラマCD「平和とカズヒラのブルース」では、ミラーとの出会いが描かれている。ダンボールについてミラー相手に熱く語っており、MSFの研究開発班がダンボール戦車を開発した際には、「作った奴に直接、礼を言いたい!」とまで言っている。セシールの動物の鳴きマネにノリノリで付き合ったりするなどスネーク・イーター作戦当時ほどではないにしろ茶目っ気が戻っており、さらにサンタクロースを本気で信じていたことが明らかとなった。ロシア語だけでなく、フランス語やネコ語まで使いこなせることも判明。リーダーとしての自分の資質に悩むアマンダを激励する他、泥酔したセシールに絡まれつつも慰めたり、パスに恋したチコの相談に乗ってやったり、カズに泣かされたMSFの女性隊員のためにカズを叱りとばしたりと非常に面倒見の良い一面を見せる。MSF、FOXHOUNDの総司令を務めただけあり、人の才覚や能力を見極める力は確かであり怪我をおして作戦に参加しようとしたアマンダを「前線や現場にいて初めて能力を発揮できる人物」であると考え、あえて参加を許可している。「MGS3」ではオセロットの射撃の癖や動きを短時間見ただけで、その適正や素質を見抜いた上でアドバイスしており「人を見る目」に関しても一級品の腕を持つ。ピースウォーカーの最後の行動から「平和とは叶わない幻想だからこそ、兵士としての本能を超えて戦うことを辞め、銃を捨て、犠牲となって、祈り続ける」ことがザ・ボスの最後の意思だったという結論にたどり着くが、それは彼女に戦士として育てられたスネークにとっては自身の存在を否定されたことと同義であったがために、彼女の意志から決別することを決意。ザ・ボスへの執着の象徴であった遺品のバンダナをニカラグア湖へと投げ捨てた。事件の収束後は自身を『ビッグ・ボス』である事を認め、拡大したMSFの独立と軍事的優位性を守るべく、メタルギアZEKEを開発・建造した。謎の諜報勢力『CIPHER』が介入してきたことを切掛に、彼らと彼らが創りあげようとする世界の『規範』に対抗すべく、その外側にある兵士たちの楽園『アウターヘブン』を築くことを決意。際限無きMSFの拡大へと傾倒していく。その後、EVAから送られたテープでバーチャスミッション以前、スネークの前から姿を消していた時期のザ・ボスの活動の真相を知る事になる。EVAとは互いに進む道が別々だったようだが、関係は完全には切れていたわけではなかった様で、テープを送ってきたあたりにビッグ・ボスの居場所かれこれは把握していた模様。その後の詳細についてはビッグ・ボスを参照。爆弾の戦場へ参戦なんとスーパーボンバーマンRで「ネイキッド・スネークボンバー」としてまさかの参戦。ステージにマザーベースが用意される。このラスボスとビッグ・ボスが出会うという奇跡の展開である。ぐぼす編集する編集履歴カテゴリーゲームキャラクターpixivision控えめな優美さを。19:00:00脱帽の描きこみ。17:00:00青いきらめき。18:00:00滴る色気。