もと仁和寺の一院であったが、南北朝時代の暦応4年(興国2年・1341)に足利尊氏が夢窓国師を開山として中興し、三条高倉の等持寺の別院とした。延文3年(正平13年・1358)尊氏の死後、その墓所となり、その法名をとって「等持院」と名づけ、のち、等持寺を合併して臨済宗天竜寺派に属するようになった。足利氏の菩提所として堂塔伽藍は衣笠山麓に威容を誇ったが、長禄年間(1457~60)以来、しばしば火災にあって荒廃し、現在の建物は江戸・文政年間(1818~30)の建立である。現方丈は元和2年(1616)に福島正則が妙心寺海福院から移設したもの。(写真では左端)霊光殿には尊氏の念持仏といわれる利運地蔵像を安置し、左右壇上には足利歴代15将軍木像と徳川家康の衣冠等身の木像を安置しています。