呼称が「東京ヴェルディ1969」から「東京ヴェルディ」に変更された。FC東京から元日本代表MF福西崇史やGK土肥洋一、横浜FMからDF那須大亮、清水からDF和田拓三を獲得。新外国人としてサンパウロFCからFWレアンドロ、6月に大黒将志を獲得した。前シーズン後に川崎にレンタル復帰していたフッキを開幕後に再度獲得したが、7月にFCポルトに移籍した。初勝利は第5節の神戸戦となるが、フッキ加入後は次第に勝ち星が増え始める。キ退団後には思うように勝てなくなり、9月には4戦全敗を喫する。終盤には、チームの攻撃の核であるディエゴを累積警告と天皇杯での退場による4試合出場停止で欠き、深刻な得点力不足に陥る上に試合終了間際での失点なども増えていき、第33節終了時点で16位。最終節で川崎に敗れ、17位だった千葉が勝利したため最終順位が17位となり、J2自動降格が決まった。柱谷はシーズン終了後に監督を退任した。親会社の日本テレビが37年ぶりに赤字に転落。多くの主力選手と来期の契約を結ばないことを発表(土肥と服部は再契約という形で残留)。日本テレビがほぼ100%保有している株式の譲渡を検討していることが一部マスコミに報じられた。フォーエバー)」クラブ設立40周年となるこの年は、前年コーチを務めた高木琢也が監督に就任。那須が磐田、ディエゴが京都へ移籍。和田もレンタル元の清水へ戻った後、千葉へ移籍。2008年はJ2のクラブへのレンタル移籍であった戸川健太と一柳夢吾も、レンタル先へ完全移籍した。新たに、横浜FCで高木と共にJ1昇格を経験した滝澤邦彦と岩倉一弥、磐田のベテランMF河村崇大、ジュニアユース時代に東京Vに所属していた永里源気を獲得。過去2年レンタル移籍していた弦巻健人とレオナルドが復帰、大黒も残留した。胸スポンサーのサイバーエージェントが撤退後、この年は年間通して胸スポンサーが入らなかった。高木をシーズン途中で解任。ベレーザ前監督、ユース監督の松田岳夫をトップ監督に昇格させたが、1度も昇格争いに絡むことなく7位でシーズンを終えた。天皇杯は初戦でJFL・ホンダロックに敗北。9月に日本テレビが経営から撤退した。らと契約を更新せず、資金難により2009年の大卒新人3人を全員放出。レアンドロ、大黒と攻撃陣の核となっていた選手も放出され、16人がクラブを去った。選手人件費はレンタル移籍している選手を除いて1億3000万円程度となった[6]。ユース所属のままJリーグデビューした。J2へ昇格した北九州に初勝利かつ唯一のシーズン勝利を献上するなど一時は18位に低迷。その後巻き返して4位にまで浮上したが、11月20日に福岡に敗れてJ1昇格を逃し、5位でシーズンを終えた。天皇杯は初戦で町田に敗れ、6年連続の初戦敗退となった。CLUB」へと変更された[7]。前年チーム内で最長出場の柴崎晃誠が川崎フロンターレに、得点数2位の高木俊幸が清水エスパルスに移籍した。小林祐希ら4人をユースより昇格させ、川崎で契約非更新となっていた森勇介や、期限付き移籍で岡山からキムテヨン、喜山康平(4年ぶりの復帰、8月にJFL・讃岐へ移籍)、大宮から市川雅彦、甲府からマラニョンなどを獲得。6月に高木善朗がエールディヴィジ・FCユトレヒトへと移籍した。7月には、元京都の中谷勇介、元アルテ高崎の秋葉勇志を獲得。ジュニアコーチの塗師亮を選手登録し、関西学院大学の梶川諒太を特別指定選手として登録した。8月には、元日本代表の巻誠一郎を獲得した。J1昇格争いに加わっていたが最終的に5位に終わりJ1昇格を逃した。天皇杯は7年ぶりに初戦を突破した。17年在籍していた菅原智が引退。レンタル移籍期間満了となった。千葉から昨シーズンC大阪にレンタル移籍していた中後雅喜、愛媛からジョジマール、吉弘充志、草津からアレックス、磐田から西紀寛、京都から鈴木慎吾、水戸から小池純輝、大分から刀根亮輔、G大阪から太洋一を完全移籍で獲得。仙台から島川俊郎を期限付き移籍で獲得した。昨シーズン特別指定選手だった梶川諒太が加入した。ユースから昇格し、2月に中島翔哉が2種登録選手として登録された。コーチ陣は、元柏監督の高橋真一郎と元京都監督の秋田豊がトップチームコーチに就任した。シーズン開幕後は3月28日に杉本健勇をセレッソ大阪より同年7月17日までの期限付き移籍で、6月1日に練習に参加していたペ・デウォンを獲得した。杉本がC大阪に戻った後、7月26日に柴崎晃誠を川崎より2013年1月31日までの期限付き移籍で、7月28日に日系三世のニコラスがCRフラメンゴより2013年1月1日までの期限付き移籍で、8月13日に松本から木島良輔を完全移籍で、8月14日にジミー・フランサを清水より2013年1月31日までの期限付き移籍で獲得した。6月23日に行われた第20節で千葉に勝利して首位に立ち、リーグ戦前半は2位で折り返した。8月に入ると勝利から遠のくようになり、8月23日にジョジマールとの契約を解除。9月6日に川勝が監督および強化本部長を退任。高橋が監督代行の後、9月11日に監督に就任したが、第41節の横浜FC戦に敗れ、7位以下が確定。プレーオフ進出を逃した。天皇杯は3回戦で清水に敗退。シーズン終了後に高橋が監督を退任した。STANDARD」2012年11月25日、OBで前北九州監督の三浦泰年の監督就任が発表される。ら5選手が北九州からいずれも完全移籍、北九州に在籍した時に三浦監督の元でプレーした柏の福井諒司が完全移籍で復帰、北九州にレンタルしていたキローラン菜入、キローラン木鈴が復帰など北九州に在籍した選手を数多く獲得した。その他福岡から鈴木惇、清水から高原直泰が完全移籍、湘南から石神直哉が期限付きで加入。昇格し、中島翔哉も正式に登録された。町田へそれぞれ完全移籍した。柴崎貴広が横浜FC、田中貴大と北九州に期限付き移籍していた高野光司が町田へいずれも期限付き移籍し、町田に期限付き移籍していた平本一樹は甲府へ期限付き移籍、富山に期限付き移籍中の舘野俊祐は移籍期間1年延長となったため、チームの陣容が大幅に入れ替わることとなった。重傷を負わせ、クラブ公式ホームページに謝罪文を掲載する事態に発展、さらに同試合における三浦の言動も問題視され、「選手を守るためであったとはいえ、決して許される行為ではない」として、三浦はリーグ戦開幕節および第2節のベンチ入り停止、ペは最長3月一杯まで対外試合出場停止というクラブの自主的処分が下された[8]。7月2日、ニコラスが期限付き移籍が終了でフラメンゴに復帰し、7月5日には練習に参加していた三渡洲舞人を獲得した。7月9日、ジュニアからユースまで東京Vに所属していた慶応義塾大学の端山豪を特別指定選手として登録した。リーグ戦は第6節のFC岐阜戦で初勝利を上げた後も勝ち切れない試合を重ねていく。怪我人も相次ぎ、2連勝以上の連勝も一度も無く、最終成績は14勝14分14敗での13位。天皇杯は3回戦で川崎Fに敗退した。アカデミー出身で長年クラブを支え2013年度の主将を務めた飯尾一慶が小池純輝と共に横浜FC、中島翔哉がFC東京(2014年はシーズン途中まで富山へ期限付き移籍)、刀根亮輔が名古屋、巻誠一郎が熊本、西紀寛がポリス・ユナイテッドFCなど2013年度の主力選手が数多く移籍。吉野恭平は広島に完全移籍しレンタルバックの形で残留(8月6日にレンタル期限が終了し、広島に移籍した)。