(解説)──インターポール(国際警察)の依頼で海中に沈んだメカゴジラの残骸を捜索中だった海洋開発研究所の潜水調査船〈あかつき〉が何者かに破壊され、乗組員全員が行方不明となった。最後の通信に「恐龍」という言葉が残されていたことから、調査に乗り出した海洋生物学者の一之瀬と村越捜査官は、かつて恐龍を発見し、意のままにコントロールする研究をしていたとして学会を追放された真船博士の存在を突き止める。その頃、母星滅亡の危機を逃れて地球に移住しようとするブラックホール第3惑星人は天城山中に秘密基地を建設。動物コントロール装置を開発した真船博士と娘・桂の復讐心を利用し、修復改造したメカゴジラ2号と桂が操る水棲恐龍チタノザウルスを使って再び攻撃を開始しようとしていた!前年にゴジラ誕生20周年記念映画として製作された「ゴジラ対メカゴジラ」(福田純監督)に続く��メカゴジラシリーズ第2弾�=B当時シナリオセンターの受講生だった高山由紀子(のち脚本家、映画監督)の脚本をもとに、5年ぶりに劇場映画に復帰した本多監督が改稿を重ねて映像化。