進める新政府にとって持て余し気味の存在となっていた過激尊攘派の不平分子らの懐柔を目的に、彼らを多く採用したいきさつがあり、したがって新政府の改革政策に反対する方針を採ることもしばしばであったため、他の官庁との対立が深まった。監察機関であるがゆえに政府内での彼らの権限は小さく、主流派から外された弾正台の尊攘派は、府藩県・各省の幹部の非違を糾すという名目で彼らの政敵たる開国派をやり玉に挙げる程度で満足しなければならなかった[4]。明治4年5月13日(1871年6月30日)には神戸でキリスト教の禁教を犯した罪で市川栄之助が逮捕される事件が起こった。弾正台に送られた市川は、拷問によってキリスト教信者であるか否かの取り調べを受けたのち、弾正台廃止後の明治5年11月25日(1872年12月24日)に獄内で秘密裏に処刑されたが、公式発表は牢死とされた。