「イスラエルとイランの関係」も参照2005年10月26日、アフマディーネジャードは反イスラエル発言を含む演説をおこなった。広範に流布された翻訳によると、アフマディーネジャードはアーヤトッラー・ホメイニーの声明とするものに同意し、「占領体制」は除去されるべきであり、これを指して、「イスラーム世界の不名誉な汚れ」を「拭い去らねばならない」と発言している[140]。コフィー・アナンらの批判を招いた[141]。エジプト、トルコ、パレスチナの指導者もアフマディーネジャード発言に不快感を示している[142]。当時のカナダ首相ポール・マーティンは「このイスラエルの存在に対する脅威、ジェノサイドの要求は、イランの核への野望と表裏一体のものであり、全世界の無視できない問題である」と評した[143]。イスラエル系の中東報道研究機関は、イガル・カルモン会長の見解として、「イスラエルの正当な存在権の否定」し、「シオニスト国家・イスラエル」を抹殺し、「ユダヤ人とイスラエル国を悪の権化としてきめつけ」るために行われた発言と批判している[144]。away」とするのがより正確であるとする[145]。away」との訳となっていると指摘している[146]。2006年のイスラエル・レバノン紛争について、アフマディーネジャードはイスラエルの行動を第二次世界大戦時のアドルフ・ヒトラーの行動と比較し、「まるでヒトラーのようだ。シオニスト体制は軍事攻撃の名分を求めている」「まさにヒトラーのように行動している」と述べた[147]。Minutesの記者マイク・ウォーレスのテレビインタビューに応え、その場でイスラエルの「残虐な体制」に対するアメリカの支援およびイスラエルのレバノン侵攻の道義的根拠に疑問を示した[129]。同12月2日のカタル・ドーハでのパレスチナのイスマーイール・ハニーヤ首相との会談で、イスラエルは「地域の支配をねらう傲慢な諸国によって、イスラームの心臓ともいえる地への侵入を可能ならしむるために創られた」のだと発言している。アフマディーネジャードはイスラエルを「脅威」とし、域内に緊張を引き起こし、地域に英米の政策を強要するために建国されたものである、とも述べている[148]。同12日にはホロコースト・グローバルヴィジョン検討国際会議で演説。イスラエルの将来に言及し「イスラエルは崩壊しようとしている。これは神の約束であり、全世界の望みである」「ソ連が消滅したそのとき、誰しもが知ったはずだ。これがシオニスト体制の運命でもある、ということを。人類は自由になるだろう」と述べた[149]。2007年6月3日には、「イスラエル滅亡のカウントダウンが始まった」と発言した。再検討会議の席上、「イスラエルは人種差別主義者の国だ」と発言。このため、親イスラエル派の欧州代表らが罵声を浴びせてゴムボールを投げるなど、抗議して次々と退場するという事態になった。この会議にアメリカやイスラエルなどは欠席している[151]。