(信長公記)信長はそのまま軍を解き、上洛して妙覚寺に寄宿。そこで吉田兼和(兼見)が信長を訪問しているが、光秀は奏者として取りなしている。(兼見卿記)4月3日。吉田兼右(兼和の父)が信長を訪問した際も、明智光秀が馳走を取りなす。信長は殊の外上機嫌でしばらく雑談を交わし、金子一枚を吉田に与えた。連署で河内国住人の片岡弥太郎へ書状を出す。内容は、来たる4月14日に河内へ出兵する旨を伝え、片岡弥太郎の出勢と合城を厳命するものである。(根岸文書)4月中旬。らとともに2万の軍勢で松永久秀の軍勢が立て籠もる河内騎西(きさい)城を攻囲する。それぞれ銀子320枚、100枚、50枚を徴収する。(奈良興福寺多門院の多聞院英俊は筆まめで、この時期の大和における情勢を細かく記しているが、織田家への敵対心がよく現れていて面白い)5月9日。松永久秀を追い詰め、大和多聞山城を攻めて降伏させた。(多門院日記)7月下旬。浅井家家臣だった林員清(与次左衛門)、元六角家家臣だった山岡玉林(山岡景猶)らを従えて、余呉・木ノ本付近を放火。続いて竹生島にも攻め寄せ、敵対する一向一揆勢を攻め破って田畠を焼き払った。元亀3年(1572)湖北出兵さらに虎御前山(とらごぜやま)と宮部、八相山に砦を築いて、のちの小谷山城攻略に向けて大きな成果を挙げた。幕臣の地位を捨て、足利義昭を見限る同元亀3年(1572)12月下旬。武田信玄が西上を決意し、三方ヶ原の合戦で徳川・織田連合軍を打ち破った。この報せを聞き、大いに喜んだ将軍・足利義昭はついに挙兵。近江の石山・今堅田に城を築いて信長への対決を決断した。三河まで攻め上っていた武田の大軍は甲斐国へと帰っていった。4年(1573)2月。信玄死去の噂に確信を掴んだ信長は、ただちに南近江へ出陣。ともに義昭側近の光浄院暹慶(山岡景友)籠る近江石山城を攻める。石山城をわずか6日で攻め落とし、続いて今堅田城も攻め立てた。光秀は囲い舟で海上より攻撃し、攻め落としている。(信長公記)さらに京へと侵入し、賀茂界隈を放火。足利義昭は降伏し、信長と和睦した。=石山・今堅田の戦い光秀は完全に吹っ切れていると見え、この時期に信長と将軍との狭間で苦悩する書状などは一切見つかっていない。正親町天皇の仲介もむなしく、足利義昭は再び挙兵。信長は直ちに京へ出陣。宇治槙島城を攻め落とし、将軍・足利義昭はついに追放された。(信長公記)この一連の光秀の軍功は大きく、信長はこの両城を与えた。して光秀の知行地は坂本などのある志賀郡だけでなく、高島郡にまで伸びたのである。将軍を追放した信長は、休む暇なく江北に出陣。光秀も従軍し、浅井・朝倉家と対陣する。(信長公記)織田軍は嵐の中、大獄城を奇襲。大獄城の戦い瞬く間にこれを攻め落とし、朝倉義景は戦意を失い越前へと退却した。信長は自ら馬で駆け回り、朝倉軍の追撃を行った。この時、織田家の並居る諸将たちとともに朝倉家の退却を見逃してしまい、光秀は信長の叱責を受けている。織田軍は木の芽峠で逃げる朝倉軍に追いつき、刀根坂で多数の朝倉軍を討ち取った。越前平野になだれ込んだ織田軍に、朝倉義景はもはや抵抗する力は残っておらず、一門にも裏切られて自害。先祖代々の禍根に終止符を打った。この3人は9月のうちに橘屋三郎五郎に諸役を免除したのをはじめ、国衆や寺院に安堵状を発給している。)信長は越前の仕置きを行い、返す刀で小谷山城を攻める。小谷山城も本丸と二の丸の間を預かる中の丸の浅井一族が裏切り、最後の時を迎えた。浅井長政は信長の妹であるお市と娘3人を信長の下に送り届け、自害して果てた。足利義昭を匿った三好義継を滅ぼす同天正元年(1573)9月24日。信長は続いて伊勢長島の一向一揆を攻めているが、この時光秀が従軍したかは不明。この戦いは第二次伊勢長島の戦いとなるが、大きな戦果はなく織田軍が退却している。