17日の記者会見で「『官邸の最高レベルが言っている』だとか、『首相のご意向と聞いている』といったことは全くない」と説明。「首相からも一切指示はない」と述べた。首相の意向を文科省に伝えたか聞かれ、「そんなことがあるわけない」と否定した。加計学園は、政府の国家戦略特区制度を活用し、愛媛県今治市に岡山理科大の獣医学部の新設を計画。今治市は、学園に対し、所有地を建設予定地として無償譲渡し、施設整備費96億円を助成することを決めている。