身長を理由にスタメンに選ばれることのなかった空は、高校バスケ部に期待を膨らませて九頭龍高校、通称クズ高に入学。ところがバスケ部はほとんど機能停止状態。バスケをできる環境ではなかった。空はバスケへの熱量で、クズ高バスケ部メンバーとぶつかり合いながらも、共に成長していく。-無気力少年と瓶の中の少女-モンスターの心を癒す力を持つ癒術士の少年・ユウは、幼い頃に父から不思議な瓶をプレゼントされる。ユウが瓶に触れると中から出てきたのは液体状の少女・メルク。ユウと出会う前の記憶がないメルクは自分が何者なのか知りたいと言い、2人はさまざまな国を巡る旅に出た。モンスター恐怖症の見習い癒術士ユウと、瓶詰め少女のメルクが巻き起こす2人のコミカルファンタジー開幕。鋼の錬金術師エドワードとその弟アルフォンスは、幼き日に亡くした母親を思うあまり、死んだ人間を蘇らせるという錬金術最大の禁忌、人体錬成を行ってしまう。錬成は失敗し、エドワードは左足を、アルフォンスは体全てを失う。己の右腕と引き換えに、かろうじて弟の魂を錬成し、鎧に定着させることに成功したが、その代償はあまりにも大きすぎるものであった。エドワードはアルフォンスと共に、失った全てを取り戻すため、絶大な力をもつ「賢者の石」を探す旅に出る。右手と左足を鋼の義肢「機械鎧(オートメイル)」に変えた彼を、人は「鋼の錬金術師」と呼ぶ・・・。