用い地球征服をもくるむ暗黒星団帝国のスカルダートと、地球防衛のために迎え撃つ古代進をはじめとするヤマトの乗組員の戦いを描いたシリーズ三作目だが、続篇ということではなく、新しい構想で作られた。西暦二二〇二年のある日、豆粒のような光の点が、もの凄いスピードで地球に迫っていた。謎の光は、巨大なミサイル状の物体で、やがて地球に軟着陸。黒色艦体が押し寄せ、地球防衛軍は劣勢に追い込まれる。アナライザーなど旧ヤマトの乗組員が集まっていた。惑星イカルスの真田と連絡をとり、そこにヤマトのあることを知る。イカルスへ飛ぶため、高速連絡艇のある秘密ターミナルに向かう乗組員。最後を走る雪の背に敵の銃弾が命中。押し寄せる敵に、一行は、傷ついた雪を残し、イカルスに出発する。