秘書官室と同様ビジネスクラス相当の座席。プレミアムエコノミー相当の座席。マスコミなどの民間人に対しては運賃(金額非公開)が請求されていた。二階席コックピット軍用機であるためIFF・軍用のUHF無線機などが追加。天井の天測用ハッチに国旗を立てることもできた。一部を除き国際線のエコノミークラス相当の座席。一部プレミアムエコノミー相当の座席も設けられていた。座席のグレードは日本航空の基準による。軍用機は民間機に比べて地上待機の時間が長い傾向にある。このことと航空自衛隊の高い整備技術もあって、本機はB747-400の中古機の中でも特に状態の良い機体だという。運用していた貨物型が全機退役していたため)。その後、2号機(20-1102)はアメリカ籍の民間機の機体記号「N7477C」に変更され、アリゾナ州のピナル・エアパークへ回航された。