木古内駅間を自動閉塞化、同時にCTC化。江差駅間をスタフ閉塞化。同時に日本貨物鉄道(JR貨物)が同区間で第二種鉄道事業を開始し、3年ぶりに貨物営業が復活。[15][13]・「日本海」1・4号[15][13]、急行「はまなす」[13]、快速「海峡」[13]といった本州連絡列車が運行開始。1989年(平成元年)7月21日:臨時寝台特急「トワイライトエクスプレス」運行開始[13]。1990年(平成2年)7月1日:矢不来信号場を新設。江差駅間でワンマン運転を開始[16]。木古内駅間でワンマン運転を開始[16]。1999年(平成11年)7月16日:臨時寝台特急「カシオペア」運行開始[15][13]。2003年(平成15年)3月まで。