尹と2014年までの2年契約を結んだ。2012年度の収入が約14億円となり、2011年からほぼ倍増した[40]。契約満了でDF犬塚友輔、DF守田創が、また期限付き移籍終了でMF岡本知剛(広島に復帰)、DF金根煥(横浜FMに復帰後新潟に完全移籍)、FWトジンが退団した。加えて2012年途中から期限付き移籍していたMF國吉貴博が富山に完全移籍、DF黒木恭平が愛媛へ、MF黒木晃平が熊本へそれぞれ期限付き移籍した。他クラブからの獲得オファーもあった(中には海外からの高額オファーもあったと本人が後日語っている[41])FW豊田陽平と契約を更新。2012年に期限付き加入していたMF高橋義希とMF水沼宏太がそれぞれ完全移籍で加入。このほか、福岡からMF末吉隼也、ミジョナリオスからMFジョナサン、オンセ・カルダスからFWディエゴを完全移籍で獲得し、横浜FMからDF金井貢史、G大阪からDF金正也、サンパウロFCからロニをそれぞれ期限付き移籍で獲得。FW平秀斗が加入した。このうちFWディエゴは家庭の事情で2ヶ月で退団している。守備の軸となっていた岡本・金根煥が抜け、さらには前年までの戦術を各チームに研究されたこともあり[42][43]、開幕3戦目でシーズン初勝利を挙げるも、第4節から6試合勝利なし(2分4敗)で15位まで順位を下げ、FIFAコンフェデレーションズカップによりリーグ戦が中断された第13節終了時点では、2勝4分7敗の勝点10、自動降格圏となる16位の湘南との勝点差は僅か1、最下位の大分との勝点差すら僅か3であった。7月にリーグ戦が再開した後も、8月上旬までの7試合で2連敗2回を含む2勝1分4敗で、16位との勝点差が1から3という状態が続いており、前半戦だけで前年の総失点数を上回る40失点(リーグ最多)を喫するなど、調子は必ずしも上向かなかったが、7月後半に入り、FWロニとの期限付き移籍契約を解除し、MFニルソンをブラジル・メトロポリターノから完全移籍で、MF菊地直哉を新潟から、FW播戸竜二をC大阪からいずれも期限付き移籍で相次いで獲得。なったところで、急遽清水からGK林彰洋を期限付き移籍で獲得した。林獲得直後の第21節ホーム大宮戦で勝利し連敗を止めた後、3連勝2連勝各1回を含む6戦負けなしで一気に16位との勝点差を10に広げる。直後に3連敗した(うち2敗は菊地・林がそれぞれ契約で出場できない新潟戦、清水戦)ものの、その後のリーグ戦最終5節を4連勝を含む5戦負けなしで終え、結局13勝7分14敗の勝点46で12位となった。ヤマザキナビスコカップではBグループ6位の成績。天皇杯はクラブ史上初となるベスト4の成績(準決勝で横浜FMに敗退)。