250Rがフルモデルチェンジを受け2代目となった。スーパースポーツのスタイルを纏う以上、時代の流れに逆らうわけにはいかない、ということだったのだろう。Ninjaシリーズの末弟として、最新のZX-14Rなどに共通するスーパー・スポーツテクノロジーで開発された新デザインのボディが採用され、カワサキ初となるアルミダイキャスト製スリーブレスメッキシリンダーの採用や、新設計のクランクケース、コーティングを施した軽量ピストンの採用など、エンジンの中身も大幅にグレードアップしてのモデルチェンジだった。250Rの発売開始は2008年4月。登場するやいなや多大な注目を集め、250クラスにフルカウルスポーツ旋風を巻き起こしてくれた。その後、人気に支えられて毎年カラーを変更、リフレッシュが行われてきた。そんな中で、2010年には特別なカラー&グラフィックを採用したスペシャル・エディションがリリースされている。2011年6月にもスペシャル・エディションがラインナップされた。ライムグリーンのボディカラーをベースにブラック基調のグラフィックを採用したモデルで、前後にはピンストライプを配したホイール装備で限定400台という内容だった。250R本体の2012年モデルが登場。いってもカラー&グラフィック変更のみで価格、主要諸元に変更無し。2012年は4月になって、その2012年モデルにカラーの追加が行われた。メタリックスパークブラックの車体カラーをベースにグラフィックを配したもので、300台の限定発売だった。2013年の2月、新型へと発展する。250と車名から「R」の文字が無くなった。Editionも登場している。“Ninja一族”のイメージをさらに強調するスタイリング、そしてクラスを超えたパフォーマンスとクオリティを実現したフルフェアリングデザイン。搭載された水冷パラレルツインエンジンは、デュアルスロットルバルブを装備することで全回転域にわたってリニアなレスポンスを手に入れ、低中速回転域ではスムーズかつトルクフル、高速回転域ではパワフルに吹け上がるエンジン特性を実現した。バランサーやラバーマウントを採用することで不要な振動を抑えるとともに、熱気を下方へと逃がす新設計のラジエターファンカバーを搭載し、ライダーの快適性も確保。優れた剛性バランスと耐久性を持つダイヤモンドフレームには高張力鋼を採用。前後サスペンションの設定はスポーツライディング時のしっかりとした車体の安定感と俊敏なハンドリング性能、そして快適な乗り味を両立させていた。Editionもメーターパネルのデザイン変更と、カラー&グラフィック変更が行われた。Editionも新カラー&グラフィックの2017年モデルに発展している。