東京Vへレンタル移籍。レンタル移籍で加入していた多田大介は鳥取へ移籍した。土岐田洸平(大分)、新井涼平(FC岐阜)のレンタル移籍期間も延長された。京都から片岡洋介が復帰。京都から渡邉大剛、FC東京から金英權、大分から東慶悟、磐田から上田康太が完全移籍で加入し、レンタル移籍だった坪内秀介は完全移籍となり、清水慎太郎が加入した。8月にはCRヴァスコ・ダ・ガマから、7月までC大阪に所属していたホドリゴ・ピンパォンをレンタル移籍で獲得した。リーグ戦は連勝も連敗(3連敗が1度だけ)もないという星取りで、ホームゲームで勝てない(8月27日の第24節・磐田戦でようやく1勝目。12月3日の第34節・甲府戦で2勝目)という状況だったが、11月19日の第32節・鹿島戦前にJ1残留が確定。最終順位は13位と、はじめて浦和レッズより上位でシーズンを終えた。天皇杯は初戦で福岡大学にPK戦で敗退した。12月には選手としての早期復帰が見込めなかった塚本泰史との契約を解除した(翌年1月にアンバサダーに就任)。ホドリゴ・ピンパォン、李天秀が退団。福岡へ、宮崎泰右が湘南にレンタル移籍。富山にレンタル移籍していた福田俊介、大分にレンタル移籍していた土岐田洸平はレンタル移籍期間延長となった。補強としては新潟からチョ・ヨンチョル、川崎から菊地光将、山形から長谷川悠、G大阪から下平匠を完全移籍で獲得。新外国人選手としてサンパウロFCからカルリーニョスを期限付き移籍で獲得し、市川雅彦をレンタル移籍から復帰させた。FIFAワールドカップ・アジア4次予選によるリーグ戦中断直前の第13節終了時点で15位の順位であった。5月、監督の鈴木、ヘッドコーチの石井知幸を解任し、6月に千葉などの元監督のズデンコ・ベルデニックが監督に、ユースコーチだった井上卓也がヘッドコーチにそれぞれ就任した。戦力面では7月にFWラファエルがボタフォゴFRへ移籍した一方、FWノヴァコヴィッチ、ズラタンやDF河本裕之を獲得した。第24節時点で17位に順位を落としたが、第24節・浦和戦(引分)から最終節までリーグ戦11戦連続(5勝6分)、天皇杯を含めて公式戦13試合連続負けなしを記録。第33節の磐田戦に勝利した時点でJ1残留を確定。:「大宮共闘」ベルデニック体制2年目。東慶悟がFC東京に、深谷友基が大分に完全移籍。レンタル移籍していた木原正和(福岡)、土岐田洸平(大分)が完全移籍に移行。河本裕之は期限移籍満了で神戸に復帰。金久保順は福岡に、イ・グノが北九州にレンタル移籍した。リーグ戦は、前年後半からの無敗を継続。第7節浦和戦で鹿島が持っていたJ1連続無敗記録を更新すると、次の柏戦で首位に立ち、第11節仙台戦で敗北を喫するまでにJ1記録を21(13勝8分)に伸ばした。ナビスコカップはグループリーグ敗退。J1リーグ戦でも、コンフェデレーションズカップによる中断明けの7月、第16節から連敗を喫し、5連敗目となった第20節の翌日の8月11日にベルデニックを解任して、小倉勉が監督に就任。カルリーニョスが磐田へ、清水慎太郎が岡山へレンタル移籍したが、仙台から和田拓也、元シドニーFCでオーストラリア代表のニールを補強した。小倉指揮下でもJ1リーグ戦で連敗を止めることができず、結果的に連敗は8まで伸びたが、第24節横浜F・マリノス戦で連敗を止めた。第25節から第32節までシーズン2度目の8連敗を喫したが、第33節・第34節と連勝して最終順位は14位。第34節湘南戦の勝利により、J1通算100勝を達成した。シーズン終了後に小倉が監督を退任した。岡本武行がGM、古矢武士が強化部長をそれぞれ退任した。元FC東京監督の大熊清が監督に就任。群馬へ、福岡へレンタル移籍した金久保順が川崎へ、北九州へレンタル移籍していた李根鎬がJ3・ブラウブリッツ秋田へレンタル移籍、清水慎太郎(岡山)のレンタル移籍期間が延長、ノヴァコヴィッチがレンタル移籍期間満了(後に清水へ移籍)、ニールが退団した。リーグ戦では、開幕2戦で連敗後、第3、4節と連勝し一旦8位まで順位を上げるものの、直後の第5節から4連敗を含む7試合未勝利となり、第12節時点で17位に順位を下げた。12節以降、ワールドカップによる中断期間前まで公式戦勝利から遠ざかる。ワールドカップによる中断中には2010年W杯セルビア代表のムルジャをレッドスター・ベオグラードから、またチョ・ウォニを慶南FCからそれぞれ補強した一方、チョ・ヨンチョルがカタールSC、ジェナン・ラドンチッチが大分トリニータにそれぞれ移籍した。中断期間終了後もリーグ戦10試合連続未勝利となった第24節終了後の8月31日に監督の大熊を解任し、コーチの渋谷洋樹が監督に就任した。渋谷の就任後は11戦で5勝1分5敗であったが降格圏から脱することが出来ず、16位で迎えた最終節はセレッソ大阪に2-0で勝利したものの、15位の清水エスパルスが引き分けたため、J2降格が決定した。塩田仁史がFC東京から、加藤順大を浦和から、河本裕之と大屋翼を神戸から、横谷繁を京都から、播戸竜二を鳥栖からいずれも完全移籍で獲得し、高山和真と小島幹敏が大宮ユースから昇格し、清水慎太郎が岡山から復帰した。北野貴之とチョ・ウォニが退団し、増田誓志はレンタル終了で蔚山現代へ復帰し、江角浩司が富山へ、中村北斗が福岡へ、高橋祥平が神戸へ、橋本晃司が川崎へ、長谷川悠が徳島へそれぞれ完全移籍した。リーグ戦は序盤はもたつき、第2節と第5節は、13位、10位と2桁順位になっていたが、着々と勝ちを積み重ね、第15節からは首位を一度も譲ることがなかった。最終節では、大分トリニータ相手に二失点をしながらも、家長昭博、ドラガン・ムルジャなどの活躍で、逆転した。昇格初年度の目標として「勝ち点48」「年間順位7位から12位」を掲げた。沼田圭悟を讃岐から、岩上祐三を松本から、江坂任を群馬から、奥井諒を神戸から、ネイツ・ペチュニクを千葉から、松井謙弥を川崎から完全移籍で獲得。群馬、川田修平が栃木へレンタル移籍した。開幕から順調に勝ち点を積み上げ、第13節鳥栖戦で江坂のあげたヘディングゴールで、J1通算400ゴールを達成した。家長が日本人選手ではJ1初となる二桁得点を達成した。第28節広島戦で6試合を残してJ1残留を確定。続く第29節の川崎戦も3-2で勝利し、クラブJ1過去最高の勝ち点46以上を確定。今まで勝ちのなかったカシマサッカースタジアムでの第31節鹿島戦でも、3-1の勝利を収めて勝ち点を50に伸ばし、シーズンの目標である勝ち点48を達成した。最終節では、FC東京に1‐0で敗れ、ACLの出場可能性のある4位には届かなかったものの、最終的にJ1では最高成績の5位でシーズンを終えた。2年ぶりに挑んだJリーグカップでは、予選トーナメント2位の成績で2005年以来の決勝トーナメントに進出。前回進出時と同じく横浜・F・マリノスとの準々決勝では、ホームでの第1戦は2-1で勝利するも、アウェーでの第2戦は0-1となり、2戦合計のスコアは2-2もアウェーゴールでは劣るため、準々決勝敗退となった。天皇杯では2005年以来2度目のベスト4まで勝ち上がったが、川崎フロンターレに0-1で敗戦して今シーズンが終わった。