外宇宙に突如現れた正体不明の敵・ガミラスによって投下された遊星爆弾により、人類の大半は死滅してしまう。5年後、西暦2199年。地球は遊星爆弾の放射能によって汚染され、生き残った人間は地上を逃れ、地下で生活していた。エースパイロットとして活躍した古代進も、いまは軍を退いていた。あるとき彼はイスカンダル星から放たれた通信カプセルを発見し、その星には放射能除去装置が存在することを発見する。地球防衛軍は最後の宇宙戦艦ヤマトを建造し、最後の希望=放射能除去装置を手に入れるため、遥かイスカンダルへ向けて出発する。地球滅亡までわずか1年。いま、古代たち乗組員の壮絶なる戦いが始まった。