2001年10月、社団法人デジタルラジオ推進協会理事長に就任(2008年6月退任)。2004年、藍綬褒章を受章。2005年1月、ニッポン放送はフジサンケイグループの資本関係を正常化するため、フジテレビからの株式公開買付け提案を受諾する。その直後ライブドアによる市場での株式大量買い付けによる買収騒動が勃発。亀渕は一貫して「ニッポン放送はフジサンケイグループの一員として残る」との姿勢を崩さなかった。収まった2005年6月にニッポン放送社長を退き、同社相談役に就任する。同月、前年に死去した母が保管していた荷物から、『オールナイトニッポン』時代に聴取者が亀渕へ送ったハガキの束を見つける。青春のかけら届けます』を制作。ラジオエンターテインメント番組部門優秀賞を受賞[9]。同番組は文章にまとめられ、翌年書籍化された(後述)。2008年6月、ニッポン放送を退社。私説ロックンロール黄金史」の連載を開始(のちに書籍化、後述)。2009年4月7日より、NHKラジオ『亀渕昭信のいくつになってもロケンロール!』のDJを務める。民間放送局の元経営者がNHKの番組にレギュラー出演するのは史上初のことだった(NHKラジオでは、この後『亀渕昭信のにっぽん全国ラジオめぐり』の終了まで、4年間レギュラー番組を担当した)。デジタルマガジン『ERIS』にて「どうしても聴いておきたいアメリカンポップス1001」の連載を開始[10]。BS2「昭和43年」の回に出演。「深夜放送ラジオ」の証言者として『パックインミュージック』(TBSラジオ)のパーソナリティだった野沢那智と共演。28日)ニッポン放送ビートルズのリマスター盤発売を記念して制作された全5回の特別番組。同番組の枠内で、『亀渕昭信のいくつになってもロケンロール!』の特別番組を担当。(BSジャパン)準レギュラーの「昭和◯◯年グラフィティ」ほか、年数回出演。前述の特別番組の書籍化。前述の『熱風』の連載をまとめたもの。2016年7月30日時点のオリジナル[リンク切れ]よりアーカイブ。2018年2月16日閲覧。当時木曜担当だった高嶋秀武がスポーツ部所属だったため、ナイターシーズンは休演となったための措置。3.0のもとで利用可能です。プライバシーデスクトップ。