-黒の契約者-「地獄門(ヘルズ・ゲート)」が出現した東京。それと呼応するように現れたのは、特別な能力と引き換えに心を失った「契約者」たちだった。BK201「黒の死神」と呼ばれている契約者・黒。敵の契約者たちとの闘い。悲しき過去を持つ女たちとの出会い、そして別れ。「ゲート」をめぐる争いは激しさを増してゆく......。鋼の錬金術師エドワードとその弟アルフォンスは、幼き日に亡くした母親を思うあまり、死んだ人間を蘇らせるという錬金術最大の禁忌、人体錬成を行ってしまう。錬成は失敗し、エドワードは左足を、アルフォンスは体全てを失う。己の右腕と引き換えに、かろうじて弟の魂を錬成し、鎧に定着させることに成功したが、その代償はあまりにも大きすぎるものであった。エドワードはアルフォンスと共に、失った全てを取り戻すため、絶大な力をもつ「賢者の石」を探す旅に出る。右手と左足を鋼の義肢「機械鎧(オートメイル)」に変えた彼を、人は「鋼の錬金術師」と呼ぶ・・・。