.shaderファイルをインポート同様にFBXもインポート新規にマテリアルを作成。マテリアルのShaderに先にインポートした.shaderファイルの名前を選択する。テクスチャ指定領域に貼れる枠が出現するのでそこに任意のテクスチャをD&D。インポートしたモデルをHierarchyへ出現させる。Hierarchyに置いたインスタンスが階層構造になっているのであればメッシュを選択し、Inspectorに作成したマテリアルをD&Dすると適用される。注意インポートしただけのオリジナルデータにはマテリアルを適用できない。一度Hierarchyにインスタンシングさせてから、メッシュに対して割り当てを行わなければならない。それをPrefabにする分には問題ない。インポートしたての生ファイルは_imported_materials等のディレクトリを作ってそこでオリジナルのまま管理するのが望ましいと思われる。