現在JavaScriptが無効になっています。Yahoo!知恵袋のすべての機能を利用するためには、javaScriptの設定を有効にしてください。JavaScriptの設定を変更するには「JavaScriptの設定方法」をご覧ください。V3領域の増幅)で増幅し、細菌群集の多様性を調べようとしています。困っておりまして、皆さまのお知恵をお借りしたく、投稿した次第です。通常TaqのPCRキットでの増幅産物は、アガロースゲル電気泳動で約1.5kbのあたりにバンドが出るのですが、サイクル数を40回にしても増幅量は少ないです。そこで、クルードサンプルにも対応したPCRキットを用いたところ、サイクル数を30回にしてもかなりの量の増幅が確認できました。ここで頭を悩ますこととが発生しました。約1.2kbくらいのあたりにも明瞭なバンドが出るようになり、その量は約1.5kbのバンドと同程度くらいあるのです。約1.2kbあたりのバンドが出るサンプルと出ないサンプルがあるのですが、増幅量は明らかに約1.5kbのバンドよりは少ないです。供したところ、アガロースゲル電気泳動で両方とも同じサイズのバンドを確認しました。2nd-PCRでも、同じサイズのバンドを確認しています。ちなみに、2nd-PCR産物を用いた群集解析は、まだ行っていません。2nd-PCR産物の群集解析を行わなければならないと思っているのですが、上記のように、PCRの結果が微妙に異なるキットのどちらを使うべきなのか、アドバイスいただけませんでしょうか。PCR阻害物質が完全に除去されていないことが影響して増幅量が少ないのだと思いますが、クルードサンプル用キットでは阻害物質の影響を受けていないとしても、約1.2kbのバンドが増幅されることが気になります。1st-PCRで、サイクル数が30回より少ない段階のものをいくつか調製し、両方のバンドの増幅具合を調べてみたいとも思っています。プライマーは、大腸菌16Sの塩基位置では、63番目から1494番目を増幅するものなのですが、そのようなプライマーで約1.2kbしか増幅されない細菌がいるのでしょうか。GGRNAサイトで、これらのプライマーで増幅される細菌を検索しても、ヒット数が多すぎて調べきれない状態です。良いアドバイスをいただけますと幸いです。違反報告ベストアンサーに選ばれた回答https://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q13219181648gem********さん2020/1/2509:16:372nd-PCRで同じサイズの増幅産物が得られたのであれば問題ないと思います。質問者man********さん2020/1/2919:22:34やはりそうですよね。2nd-PCR産物の比較を行いたいと思います。16Sと相同性が高く、若干短い配列もあるのか否かは.....もう少し調べてみることにします。ありがとうございました。19:24:26ご指摘のように、2nd-PCR産物の比較を進めたいと思います。ありがとうございました。解析についての質問です。細菌叢ゲノ...「2nd-PCR、1st-PCR」に関する質問PCRを応用したサンガー法ってPCRを利用してDNAを増やしてからサンガー法を用いる...PCRについて質問です。プライマーを入れずにテンプレートとなるDNAとPCR酵...PCRについての質問です。リアルタイムPCRというのは、普通のPCRとは何が違うので...PCRについて。本庶さんとアリソンが共同で受賞しました。一覧を見るなぜ木や紙は燃えやすいのですか?唐揚げや一夜干しなど作る時に、醤油だれに漬け込んだりしますよね。ウイルスの電子顕微鏡写真はどういう...涙と房水は同じですか?区別がはっきりしません。...3唐揚げや一夜干しなど作る時に...4痛風が第1中足趾節関節に多い...5子どもが二重で生まれました。回答数1最近、旦那とイオンモールで食べて...2マホトの復活動画のコメント欄に溢...3嫁の言葉に混乱中です。一緒に住...4今日の飲み会で新入社員を誘いまし...5息子が昨年、5年付き合っていた彼...6辛いです。誰にも話せないのでここ...7vtuberの湊あくあ?さんという方の...8嫁の両親との外食で食べ放題に行き...9携帯の画面に突然「お使いのiPhone...10今日2月18日に公開されたワタナベ...ランキングをもっと見る1貧乏は不幸ですか?お金持ちは幸せ...2自分さえよければ他人なんてどうで...2「海鮮丼」と「カツ丼」どちらの方...2タイトルに「long・ロング・長」を...5家にマスク、何枚ありますか?5タイトルに「est」を含む素敵な曲...5春を感じさせる一曲を教えて下さい...8【大喜利】□を埋めて下さい8旧車はやっぱりある程度は自分で整...8男の人に質問ね。JAPANは、回答に記載された内容の信ぴょう性、正確性を保証しておりません。お客様自身の責任と判断で、ご利用ください。研究機関に提供します。投稿者が誰であるかを知ることはありません。Reserved.「追加する」ボタンを押してください。閉じる※知恵コレクションに追加された質問は選択されたID/ニックネームのMy知恵袋で確認できます。追加する不適切な投稿でないことを報告しました。