暗殺教室』の続編にして完結編。地球の破壊を宣言する謎の超生物殺せんせーと、人類の命運を託された...。落ちこぼれクラスの生徒たちが暗殺を巡って繰り広げる卒業までの半年間を描く。生徒たちは2学期を迎え、残された時間はあと半年。そんな中、新たな暗殺者が姿を現わす。なんとそれは、殺せんせーの名付け親でもある茅野カエデだった。彼女は自らの正体を元E組担任・雪村あぐりの妹と明かし、隠していた黒い触手で殺せんせーに戦いを挑むのだが...。