2007年(平成19年)3月18日:指定席の8号車が禁煙車化され、喫煙車両は指定席・自由席1両ずつとなる。10月1日:6両または9両編成のうち、指定席12席が女性専用指定席になる。2009年(平成21年)5月:ゴールデンウィークに運転されたのを最後に「ふるさと雷鳥」は以後、設定されなくなる。6月1日:683系4000番台が運転開始。すべての列車が禁煙となる。10月1日:ダイヤ改正により、次のように変更。「サンダーバード」化による所要時間の変更はない。「雷鳥」は6往復になる。「サンダーバード」にも大津京駅・松任駅に停車する列車が設定される。「雷鳥」4往復が「サンダーバード」に置き換えられ、「雷鳥」は1往復に、「サンダーバード」は22往復になる。土曜・日曜運転の「雷鳥」1往復(23・22号)、日曜運転の「雷鳥」1往復(29・42号)が廃止。七尾線に乗り入れる「サンダーバード」が富山駅発着編成との併結運転が中止され、全区間グリーン車が連結された6両編成の単独運転になる。「サンダーバード」3往復が平日のみ9両編成から6両編成に減車、また「雷鳥」は6両編成となり多客期のみ9両編成での運転になる。この改正と同時に「雷鳥」は市販の時刻表上でのエル特急の指定が解除され、荷物便である「雷鳥レールゴーサービス」の取り扱いも廃止される。「雷鳥」が廃止され、列車名が「サンダーバード」に統一される。大津京駅への停車を取りやめる。2014年(平成26年)9月15日:車内販売営業を終了[31]。