日本海に浮かぶ隠岐は約2万年前まで山陰本土と陸続きでした。氷河期が終わり本土と離れるまでに隠岐には北方系のオキシャクナゲやオオイワカガミ、大陸系のトウテイランやチョウジガマズミ、南方系のナゴランやヒトモトススキなどの植物が渡りました。海では対馬暖流の影響を受け南方系のマツカサウオやミノカサゴ、そして北限の造礁サンゴが見られます。標本や生態を展示しております。西郷港のフェリー乗り場のそばにある隠岐ポートプラザの2Fに隠岐自然館はあります。島の海や山を歩く前に是非お立ち寄り下さい。1Fのおみやげ店では当館オリジナルグッズも販売しております。隠岐の磯で見られる貝や鳥を展示しています。島後の北端にある無人島の白島にはオオミズナギドリの繁殖地(国指定天然記念物)があり、映像コーナーでその子育ての様子を見ることができます。在来では隠岐最大のけものオキノウサギや隠岐固有のオキサンショウウオ、昆虫、陸貝などを標本や写真で展示しています。