デルタフォース”の元隊員ダミアン・スコットに協力を要請し、非情なテロリスト、ラティーフを追跡する。彼らは、ラティーフがニューデリーにいることを突き止めるが、そこには恐ろしい事件が待ち受けていた。後編ニューデリーのホテルがテロリスト集団に占拠され、大勢の人質が恐怖におびえる。スコットとストーンブリッジは、テロリストたちと攻防戦を繰り広げるが、人質を解放するためには大きな危険を冒さなければならなかった。そんな中、ラティーフが捕らえようとしている人物、マフムードの正体が明らかになる。前編セクション20は、ラティーフを追って南アフリカへ向かう。彼らの前に、IRA(アイルランド共和国軍)の元傭兵、ダニエル・コノリーという男が現れる。コノリーは、コンピューター・ハッカーを雇い、武器システム設計者を脅かしていた。スコットは、そのハッカーと自分が入れ替わるという大胆な作戦を実行する。忠誠心を試すコノリーの残忍なテストに生き残ったスコットは、ハッカー役を演じ続けることになる。コノリーは、武器製造会社ATATの大量破壊兵器をラティーフの元に運ぶため、無情な陰謀を企てる。それを知ったスコットとストーンブリッジは、コノリーの兵器移送を阻止しようとある計画を実行する。英国人の医師が、戦争で荒廃するダルフールでテロリストに誘拐される。医師の父親は、ラティーフと取引する国際的な武器ディーラー、ジェラルド・クロフォードだということが判明する。医師を救出するために、ストーンブリッジとスコットは不本意ながらもクロフォードと手を組むことになる。後編ストーンブリッジとクロフォードは、クロフォードの娘である英国人医師、クレア・サマーズビーを救出するため彼女が拉致されているジャンジャウィードのキャンプに向かう。二人はジャンジャウィードからの激しい攻撃に遭い窮地に陥る。入院中のスコットは、病院が健康に害を与えている可能性に気づく。前編ヘロイン王ハサニが、欧州連合の幹部4人を誘拐し人質として拉致する。彼らの命と引き替えに、国際的なテロ攻撃にかかわったとして収監されているラマの解放を要求する。ウィーンにいたセクション20のストーンブリッジとスコットは、ラマを連れてKFOR(コソボ治安維持部隊)の保護の下、コソボの森へと向かう。後編スコットとストーンブリッジが、欧州連合の人質4人と共にコソボの森で捕らわれの身となり、セクション20は彼らの居場所を必死で探す。KFOR(コソボ治安維持部隊)兵士たちと邪悪な麻薬王ハサニの裏切り行為によって、スコットとストーンブリッジは危機に陥り、彼らの前に、ラティーフの闇組織がその正体を現す。前編グラント大佐が、二重スパイの残した情報端末上の文章を解読し、ある地下施設へスコットとストーンブリッジを送り込む。セクション20のラティーフ追跡は、コソボの森からチェチェンへと一気に舞台を変える。彼らが地下施設で発見したのは人間を死に至らしめる秘密の化学兵器を使った恐ろしい実験現場だった。後編スコットとストーンブリッジ、そしてセクション20は、自爆テロを企む2人組を追って、世界安全保障サミットが行われているブダペストに駆けつける。ブダペストでは、大統領候補の元将官が誘拐され、テロリストがサミット会場での爆破を狙う。地下鉄をも駆使した秒読みの追跡が行われ、劇的なシーズンフィナーレが幕を下ろす。