後々練習用で使えそうな機械学習やケモインフォマティクスのデータセットをリストアップしておく。化合物DB化合物の構造情報を含むデータベース群。PubChemPubChemは、化学分子データベースの一つ。数百万の化合物構造および記述のデータセットをFTP経由でダウンロードすることが可能である。PubChemに集積されているのは1000原子および1000結合より少ない小さな分子である。80以上のデータベース供給元がPubChemの増大に寄与している。wikipediahttps://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/CheEMBL医薬品やその候補化合物のデータベース。現在は、180万化合物、1500万例の活性データが収録されている。様々なスクリーニングやアッセイのデータをまとめた54のサブデータセットが使いやすそう。https://www.ebi.ac.uk/chembl/ZINC15データベースもともとはドッキング計算によるバーチャルスクリーニングのための開発された、3D情報を含むdrug-likeな有機化合物のデータセット。7億以上の構造が掲載されている。datasetドッキングシミュレーションの前段階で、化合物の立体配座を生成(計算)する必要があるが、その配座の精度検証のためにベンチマーク用として使われるデータセット。含まれている化合物種はタンパク質結合性リガンドで、5000個弱。小さめのdatasetだが、構造多様性に富んでいるらしい。重すぎず練習用に最適そう。rdkitでもダウンロードして使用できる。Generators化合物データセット化合物とその活性値等なんらかの目的変数を含むデータセット。2014」のデータセット。netMoleculeNetは、機械学習による分子特性予測をテストするために設計されたベンチマーク用データセット。複数のパブリックデータベースに基づいており、以下のデータセットが含まれる。Propertieskaggleコンペにて使われた2原子間のカップリング定数のデータセット。化合物のxyz座標データで与えられている(約13万の化合物、450万の原子の組み合わせとカップリング定数)。chemistory」には上記データセットのいくつかが統合されている。QM9、Tox21、Zincがサポートされている。生命科学系のデータベース一覧をまとめたこんなサイトもあった。化合物だけでなく、ゲノムや生物に関してもある。MB以上)では計算に時間もかかって苦労しました。Tox21あたり、むしろLogPでも全然十分じゃないかという気がしました。コメントをキャンセルメールアドレスが公開されることはありません。