directoryどのパッケージに含まれているのかを検索したところ、libc6-dev-i386に含まれているとのこと。http://packages.debian.org/search?searchon=contents&keywords=stubs-32.h&mode=path&suite=stable&arch=anyどうやら、64bitを使用しているときは、32bit版のパッケージが必要みたい。gccのbuild-depではインストールされなかった。libc6-dev-i386をインストールすると解決した。